W 1941 roku Heinrich Himmler, najwyższy urzędnik nazistowski, udał się na masową strzelaninę do grupy Einsatzgruppen. Dowódca grupy powiedział mu, że strzelanie do tak wielu osób wyrządza psychiczną krzywdę żołnierzom, którzy do nich strzelają. Himmler uznał, że naziści muszą znaleźć inny sposób zabijania ludzi. Po wojnie pamiętnik komendanta obozu Auschwitz Rudolfa Hössa pokazał, że wielu Einsatzkommandosów - zabójców - albo oszalało, albo zabiło się. Pisał, że robili to, ponieważ byli psychicznie "niezdolni do wytrzymania dłużej błądzenia we krwi".
Naziści dowiedzieli się z ich programu T-4, że mogą zabijać ludzi za pomocą tlenku węgla. Uważali jednak, że wysyłanie tlenku węgla do obozów zagłady byłoby zbyt kosztowne.
W sierpniu 1941 r. zastępca Hössa, Karl Fritzsch, wypróbował pewien pomysł. W Oświęcimiu ubrania zainfekowane wszami zostały opatrzone kryształkami kwasu świerkowego (cyjanowodoru). Marka kryształów nosiła nazwę Cyklon B. Zostały one wykonane na zamówienie przez firmę chemiczną IG Farben. Po otwarciu pojemnika, kryształy Cyklonu B w powietrzu uwalniały śmiertelny gaz cyjanowodorowy. Fritzch uważał, że gaz ten może być wykorzystywany do zabijania więźniów. W celu wypróbowania efektów zamknął niektórych jeńców radzieckich w piwnicy bunkra i zagazował ich. Zginęli.
Zagazowanie Cyklonem-B stało się sposobem na eksterminację ludzi w Auschwitz. Byłoby ono również wykorzystywane na Majdanku i w innych obozach. Poza gazowaniem, strażnicy obozowi nadal zabijali więźniów poprzez masowe strzelaniny, głód, tortury i maltretowanie.
Gassings
W czasie wojny nazistowski urzędnik Kurt Gerstein opowiedział szwedzkiemu dyplomacie o życiu w obozie zagłady. W dniu 19 sierpnia 1942 r. Gerstein przybył do obozu zagłady w Bełżcu, który posiadał komorę gazową z tlenkiem węgla. W tym czasie rozładowywano 45 wagonów kolejowych, w których znajdowało się 6 700 Żydów. Wielu z nich zginęło podczas tej podróży. Reszta została przemaszerowana nago do komór gazowych. Tam Gerstein powiedział:
[Nazistowscy strażnicy] czynili wielkie wysiłki, aby uruchomić silnik. Ale on nie działa. ... Mój stoper pokazał to wszystko, 50 minut, 70 minut, a [[silnik]] nie odpalił. Ludzie czekają w komorach gazowych. Na próżno. Słychać ich płacz, "jak w synagodze" - mówi profesor Pfannenstiel, oczy przyklejone do okna w drewnianych drzwiach. Wściekły, kapitan Wirth [[[bicz]] ukraiński [więzień zmuszony do pomocy] dwanaście, trzynaście razy, w twarz. Po 2 godzinach i 49 minutach - stoper wszystko nagrał - rozpoczął się diesel. Do tego momentu ludzie zamknięci w tych czterech zatłoczonych komorach jeszcze żyli, cztery razy 750 osób, w czterech razy 45 metrów sześciennych. Minęło kolejne 25 minut. Wielu z nich było już martwych, co widać było przez małe okienko, ponieważ elektryczna lampa w środku na kilka chwil oświetliła komorę. Po 28 minutach, tylko kilka osób pozostało przy życiu. W końcu, po 32 minutach, wszyscy byli już martwi... Dentyści [wtedy] wybijali złote zęby, mosty i korony. Wśród nich stał kapitan Wirth. Był w swoim żywiole, a pokazując mi dużą puszkę pełną zębów, powiedział: "Sami zobaczcie, jaki ciężar ma to złoto! To dopiero z wczoraj, i to poprzedniego dnia. Nie wyobrażasz sobie, co znajdujemy każdego dnia - dolary, diamenty, złoto. Zobaczysz na własne oczy!" - Kurt Gerstein
Aby powstrzymać ludzi przed paniką i walką, hitlerowcy powiedzieli więźniom, że idą wziąć prysznic i obmyć się (usunąć wszy). Więźniowie Sonderkommando zostali zmuszeni do pomocy w komorach gazowych i wokół nich. Zachęcali Żydów do rozebrania się, nie wiedząc, co ma się wydarzyć. (Jeśli Sonderkommando ostrzegłby więźniów, to i oni zginęliby.) Komory gazowe miały wyglądać jak kabiny prysznicowe (ze sztucznymi dyszami wodnymi i ścianami z płytek). Sonderkommando rozmawiał z ofiarami o życiu w obozie, aby nie wzbudzać w ludziach podejrzeń. Pomagali także rozebrać się starszym i bardzo młodym ludziom. Sonderkommando pocieszało również starsze dzieci, które mogły płakać "z powodu dziwności rozebrania się w ten sposób".
Gdy komora gazowa była pełna ludzi i drzwi zostały zamknięte, hitlerowscy strażnicy zrzucili Cyklon B przez specjalne otwory w dachu.
W ramach szkolenia niektórzy wysoko postawieni przywódcy partii nazistowskiej i oficerowie SS zostali wysłani do Auschwitz-Birkenau na obserwację gazowania. Höss donosił, że "wszyscy byli pod głębokim wrażeniem tego, co zobaczyli... [ale niektórzy] ... którzy wcześniej mówili najgłośniej o [potrzebie] tej eksterminacji, zamilkli, gdy zobaczyli "ostateczne rozwiązanie problemu żydowskiego"".
Niszczenie trupów
Po zagazowaniu, Sonderkommando usunął zwłoki z komór gazowych, a następnie wyjął z nich złote zęby. Na początku ofiary były grzebane w masowych grobach. Później ciała ofiar były kremowane. Prochy były albo pochowane, albo rozrzucone, albo wyrzucone do pobliskiej rzeki.
W swoim pamiętniku komendant Auschwitz Höss napisał, że Sonderkommando musi:
- Spalić zwłoki w dołach ognia
- Utrzymać ogień w ruchu
- Odsączyć dodatkową tkankę tłuszczową ze zwłok, oraz
- Odwróć "górę płonących trupów... tak, aby przeciąg [powietrze] mógł rozpalić płomienie"
Hess napisał, że był pod wrażeniem tego, jak ciężko pracował Sonderkommando, mimo że wiedział, że w końcu też zostanie zabity.
Ostatecznie naziści zamordowali w Auschwitz-Birkenau tak wiele osób, że mieli trzy budynki z krematoriami zaprojektowanymi przez specjalistów z Topf und Söhne. W Auschwitz więźniowie pracowali w każdej godzinie dnia, aby zniszczyć zwłoki. Jednak ludzie byli gazowani tak szybko, że nie każde ciało mogło zostać zniszczone w krematoriach. Niektóre zwłoki spalano również w otwartym ogniu.
W Sobiborze, Treblince, Bełżcu i Chełmnie spalono zwłoki na stosach.
