Duża część ludności Niezależnego Państwa Chorwackiego nie była Chorwatami, głównie z powodu włączenia do niego Bośni. Była to znaczna populacja Serbów (około 19% ówczesnej ludności Chorwacji, ponad 30% ludności NDH), bośniackich muzułmanów (największa grupa ludności Bośni w tym czasie, ponad 10% ludności NDH), Niemców, Węgrów i innych. Katolicy (głównie Chorwaci, Niemcy i Magjarzy) stanowili nieco ponad 50% z 6,3 mln mieszkańców. Mile Budak, polityk i minister NDH - również chorwacki pisarz - natychmiast skorzystał z okazji, aby ogłosić muzułmanów "braćmi" i chciał zmusić ich do przejścia na chrześcijaństwo. Wielu Chorwatów zgadza się z tezą, że większość bośniackich muzułmanów to w rzeczywistości Chorwaci, którzy przeszli na islam podczas inwazji Turków w XV wieku.
Wielu bośniackich muzułmanów przyjęło NDH (w wielu przypadkach byli do tego zmuszani pod karą przejścia na chrześcijaństwo lub egzekucji) i natychmiast zaangażowało się w działania. Najbardziej niesławną z islamskich ustaskich dywizji była 13 Dywizja Górska Waffen SS Handschar. W hołdzie żołnierzom wyznania muzułmańskiego wybudowano w Zagrzebiu - stolicy Chorwacji - meczet znany jako "Poglavnikova dzamija" lub Meczet Poglavnika. Pomimo zapewnień Pavelića o równości z Chorwatami, wielu muzułmanów szybko stało się niezadowolonych z chorwackich rządów. Muzułmański przywódca doniósł, że ani jeden muzułmanin nie zajmował wpływowego stanowiska w administracji. Ostre walki wybuchły między Ustaše, Chetniks i Jugosłowiańskich Partyzantów na terytorium NDH. Niektóre oddziały milicji Ustaše były przekonane, że muzułmanie są sympatykami komunistów, palili ich wioski i mordowali wielu cywilów.
Ustase prawie natychmiast uchwalił prawa rasowe, które odzwierciedlały akceptację ideologii nazistowskich Niemiec i faszystowskich Włoch, z naciskiem na chorwackie kwestie narodowe.
Pierwszy "Porządek prawny obrony narodu i państwa" z 17 kwietnia 1941 roku nakazywał karę śmierci za "naruszenie honoru i żywotnych interesów narodu chorwackiego oraz przetrwania Niezależnego Państwa Chorwackiego". Wkrótce po tym ukazał się "Porządek prawny ras" i "Porządek prawny ochrony krwi aryjskiej i honoru narodu chorwackiego" z 30 kwietnia 1941 roku, a także "Zarządzenie o utworzeniu i określeniu komitetu rasowo-politycznego" z 4 czerwca 1941 roku. Egzekwowanie tych aktów prawnych odbywało się nie tylko za pośrednictwem zwykłych sądów, ale również nowych sądów poza kolejnością, jak również mobilnych sądów wojennych o rozszerzonej jurysdykcji.
Normalne więzienia nie były w stanie dłużej wytrzymać napływu nowych więźniów i rząd Ustazy zaczął przygotowywać teren, na którym w lipcu 1941 r. miał powstać obóz koncentracyjny Jasenovac. Reżim miał ostatecznie utworzyć obozy koncentracyjne w jedenastu różnych miejscach.
Ustaše zaczęli prowadzić celową kampanię masowych mordów, deportacji i przymusowej konwersji religijnej w celu usunięcia Serbów. Żydzi i Cyganie byli narażeni na całkowitą zagładę, tzn. na masowe mordy i, w mniejszym stopniu, deportacje.
Obóz koncentracyjny w Jasenovacu stał się miejscem kaźni nawet stu tysięcy ludzi (niektórzy szacują, że był to trzeci co do wielkości obóz II wojny światowej). Ogólna liczba ofiar śmiertelnych w Ustazie szacowana jest na około 600 000 osób, ale wszystkie dokumenty pisane zostały zniszczone, aby zatuszować ten fakt.
Stan permanentnego terroru, masowych mordów, gwałtów na kobietach i grabieży mienia swoich ofiar w Niezależnym Państwie Chorwackim zmusił przede wszystkim Serbów do buntu. Według raportów Glaise von Horstenau, Hitler był zły na Pavelića, którego polityka zaogniła bunt w Chorwacji - przez co Hitler stracił możliwość zaangażowania sił Niezależnego Państwa Chorwackiego na froncie wschodnim. Ponadto Hitler został zmuszony do zaangażowania swoich sił w stłumienie rebelii. Z tego powodu Hitler 23 września 1942 roku wezwał Pavelića do swojej kwatery wojennej w Winnicy (Ukraina). Pavelić zastąpił swojego ministra sił zbrojnych, Slavko Kvaternika, mniej gorliwym Jure Franceticiem. Przed spotkaniem z Hitlerem, aby uspokoić opinię publiczną, Pavelić opublikował "Ważne ogłoszenie rządu" ("Važna obavijest Vlade"), w którym groził tym, którzy rozpowszechniali wiadomości "o nieistniejących groźbach rozbrojenia jednostek ustaszowskich przez przedstawicieli jednego z obcych mocarstw, o zastąpieniu armii chorwackiej przez obcą armię, o możliwości przejęcia władzy w Chorwacji przez obce mocarstwo ..." (Hrvatski narod, 3 września 1942 r.).
Hans Helm, mianowany szef Gestapo dla Niepodległego Państwa Chorwackiego, w swoim poufnym raporcie - (pod tytułem "Podstawy zagrożenia partyzanckiego" - przesłanym do generała Kasche) z 14 stycznia 1943 roku, napisał: "Większość szeregów partyzanckich pochodzi od Serbów - ze względu na fakt, że są oni najbardziej nikczemnym sposobem prześladowania.... nowy reżim w Chorwacji rozpoczął programy unicestwienia i zniszczenia Serbów, które (programy) są publicznie popierane przez najwyższe rangi chorwackiego rządu i (programy) przyjęte jako główny cel rządu. Fakt, że z oficjalnej strony ustaszowskiej - pod naciskiem rebelii i w związku z biegiem wydarzeń - dochodziło do odmiennych rozmów - mówiono nawet o pojednaniu - nie pozostawia możliwości wyrównania krzywd wyrządzonych np. przez dr Mile Budaka, aktualnego (chorwackiego) ministra w Berlinie ..." Mianowany generał Horstenau napisał w swoim raporcie: "Ruch ustaszowski jest ze względu na popełnione błędy i okrucieństwa oraz korupcję tak skompromitowany, że należy oddzielić od niego rządową władzę wykonawczą (straż domową i policję) - nawet za cenę zerwania wszelkich możliwych związków z rządem ..."
