Prezydencja Lincolna trwała około czterech lat. Trwało ono od 4 marca 1861 roku do momentu, gdy został zastrzelony przez sympatyków Konfederacji i zmarł 15 kwietnia 1865 roku. Prawie cały jego czas urzędowania został pochłonięty przez wojnę domową. Od wyboru przez Kolegium Wyborcze 15 lutego do inauguracji 4 marca, Lincoln miał niewiele czasu na zebranie gabinetu.
Gabinet Lincolna
Gabinet Lincolna był unikalny w historii Ameryki. Obejmowała ona wszystkich jego głównych rywali w nominacji republikańskiej z 1860 roku. W ramach politycznych negocjacji, które doprowadziły do nominacji, niektórym z nich obiecano stanowisko w gabinecie. Nie była to grupa harmonijna, ponieważ większość z nich nie lubiła siebie nawzajem. Mieli różne wyobrażenia o rządzeniu krajem, różne etyki i różne osobowości. W szczególności, Simon Cameron, został zmuszony do pracy w Lincoln przez umowę zawartą z delegatami z Pensylwanii na Konwencie Republikańskim. Miał już reputację niekompetentnego i skorumpowanego. Zgodnie z umową był sekretarzem wojny Lincolna.
Włącznie z członkami:
- Hannibal Hamlin, pierwszy wiceprezes Lincolna (1861-1865).
- Andrew Johnson, drugi wiceprezydent Lincolna (1865-1865) i 17. prezydent Stanów Zjednoczonych.
- Łosoś P. Chase, Sekretarz Skarbu Stanów Zjednoczonych. W 1864 roku został przewodniczącym Sądu Najwyższego.
- Simon Cameron, sekretarz wojny (1861-1862).
- Edwin Stanton, sekretarz ds. wojny (1862-1865).
- William H. Seward, sekretarz stanu (1861-1865).
- Gideon Welles, sekretarz marynarki wojennej (1861-1865).
- Montgomery Blair, Poczmistrz Generalny (1861-1864).
- Edward Bates, prokurator generalny (1861-1864).
Sprawy wewnętrzne
Administracja Lincolna miała za zadanie poprowadzić kraj przez jego najciemniejsze dni. Problemy odziedziczył po swoim poprzedniku, prezydencie Jamesie Buchananie. W swoim własnym przemówieniu inauguracyjnym cztery lata wcześniej, Buchanan nazwał kwestie niewolnictwa "szczęśliwą, ale mało praktyczną sprawą". Buchanan stanął na stanowisku, że nie jest w stanie nic zrobić w sprawie zbliżającej się wojny domowej. Powiedział: "Przywrócenie pokoju i harmonii między stanami nie leży w gestii żadnego z prezydentów, bez względu na jego polityczne skłonności". Mądrze ograniczony i powściągliwy, tak jak jego władza wynika z naszej Konstytucji i praw, tylko on może osiągnąć niewiele dla dobra lub zła w tak doniosłej kwestii". W miarę zbliżania się wojny domowej, pod prezydenturą Buchanana, kraj pogrążył się w recesji.
Zamiast ignorować lub akceptować sytuację, Lincoln musiał naprawić złamany naród lub zobaczyć go rozerwanego na strzępy. W okresie między wyborami prezydenckimi a jego inauguracją, siedem państw, które się odłączyły, utworzyło Konfederacyjne Stany Ameryki. Ich konstytucja była wzorowana na konstytucji Stanów Zjednoczonych z czterema różnicami. Wspierała suwerenność stanów. Zagwarantowała, że niewolnictwo będzie zawsze istniało w konfederackich stanach. Nie pozwalała Południowemu Kongresowi na ustanowienie taryf ochronnych. Ograniczyła również kadencję prezydenta Konfederatów do 6 lat. Jefferson Davis został wybrany na prezydenta CSA. Był właścicielem niewolników z Missisipi, senatorem Stanów Zjednoczonych, a także sekretarzem wojny pod rządami prezydenta Franklina Pierce'a. CSA objęło kilka stanowisk filozoficznych, które różniły się od stanowisk zajmowanych w Stanach Zjednoczonych. Zakładała, że Stany Zjednoczone są jedynie stowarzyszeniem suwerennych państw, ponieważ były one objęte statutem Konfederacji przed przyjęciem Konstytucji Stanów Zjednoczonych. Utrzymywały one, że jako takie, każde państwo ma prawo opuścić związek państw. Północ postrzegała Unię jako państwo stałe. Lincoln wskazał, że każde państwo zrezygnowało z własnej suwerenności, gdy ratyfikowało i zaakceptowało Konstytucję. Argumentował również, że żadne państwo nie miało prawa do buntu przeciwko swojemu krajowi, Stanom Zjednoczonym Ameryki. Ale Lincoln milczał na temat CSA od ich utworzenia do inauguracji. Powtórzył obietnicę swojej kampanii, że jako prezydent nie podejmie żadnych kroków, aby zatrzymać lub ograniczyć niewolnictwo w tych stanach, w których ono już istniało. Nie zaakceptował jednak propozycji przedstawionych przez Komisję Pokoju. Demonstrując swoje pokojowe intencje, jego przemówienie inauguracyjne miało na celu uniemożliwienie innym państwom południowym przyłączenia się do CSA. Nie były one wrogami. Nie zaatakowałby CSA, ale zatrzymałby i zachował cały majątek rządu Stanów Zjednoczonych, który istniał w południowych stanach.
Dzień po inauguracji, Lincoln otrzymał przesyłkę od majora Roberta Andersona. Był dowódcą Fort Sumter, w porcie Charleston. Poinformował Lincolna, że jeśli fort nie zostanie wkrótce ponownie zaopatrzony, on i jego ludzie będą musieli odejść. Lincoln pomyślał o sposobie na uzupełnienie zapasów fortu bez rozpoczynania walk. Wysłałby nieuzbrojone statki zaopatrzeniowe do Fortu Sumter. Poinformował prezydenta CSA Davisa o swoich zamiarach. W ten sposób Stany Zjednoczone nie rozpoczną żadnych walk, ale utrzymają fort, tak jak obiecał Lincoln. Natychmiast Davis wysłał generała P.G.T. Beauregarda, by zmusił fort do kapitulacji, zanim statki zaopatrzeniowe dotrą do Fortu Sumter. O 4:30 rano, 12 kwietnia 1861 roku, działa Konfederacji rozpoczęły bombardowanie Fortu Sumter. Po 33 godzinach, major Anderson poddał się fortowi. To był początek wojny domowej.
Wojna trwała przez cztery lata. Północ nie spodziewała się, że Południe będzie walczyć prawie do ostatniego człowieka w obronie swojej "wolności". Południe nie miało pojęcia, że Północ, pod przywództwem Lincolna, wykaże żelazną wolę zachowania Unii za wszelką cenę.
Sprawy zagraniczne
Jedną z wojskowych strategii Lincolna była blokada portów Południa i około 3500 mil (5600 km) linii brzegowej. Na początku wojny, mając tylko kilka statków, było to niemożliwe. Do końca wojny Unia zdobyła lub zniszczyła 1500 biegaczy z blokadami. Ale ponieważ prawie 5 z 6 sklepów było w stanie ominąć blokadę, Wielka Brytania twierdziła, że nie jest ona uznawana przez prawo międzynarodowe, ponieważ jest to "papierowa blokada". W czasie wojny Konfederacja była w stanie wysłać tylko niewielką część swoich głównych zbiorów bawełny do Anglii. Trzy lata przed wojną Południe wysyłało 10 milionów bel bawełny rocznie. W czasie wojny wysłali w sumie tylko 500,000 bel. Ale przed wojną angielscy producenci zgromadzili duże ilości bawełny z Południa, pochodzącej z ogromnego eksportu. To co mieli pod ręką niosło je przez większą część wojny.
W 1861 roku zarówno Konfederacja, jak i Unia chciały pomocy Wielkiej Brytanii. Północ liczyła na nich ze względu na ich potępienie niewolnictwa. Konfederacja liczyła na ich pomoc ze względu na ogromne znaczenie, jakie ich bawełna miała dla brytyjskiej gospodarki. Zatem obie strony utrzymywały stosunki dyplomatyczne z Wielką Brytanią. Południe potrzebowało pomocy Wielkiej Brytanii, aby wygrać wojnę. Ponadto, bez pomocy Wielkiej Brytanii, Francja nie odważyłaby się wtrącać, mimo że była już przyjaźnie nastawiona do Południa. 4 maja 1861 r. królowa Wiktoria wydała proklamację, w której ogłosiła neutralność Wielkiej Brytanii w wojnie i uznała Konfederację za wojowniczą w konflikcie. To wściekłe Lincoln. Seward, jego sekretarz stanu, wydał już instrukcje nowemu ministrowi w Wielkiej Brytanii, aby zrezygnował i wrócił do domu, jeśli królowa uzna Konfederację. Podobną deklarację złożyła Francja, która również uznała CSA za naród. Seward ostrzegł oba narody przed możliwością wojny ze Stanami Zjednoczonymi w tej sprawie.
Brytyjski premier lord Palmerston wysłał na zachodni Atlantyk flotę okrętów wojennych w ramach przygotowań do ataku z zaskoczenia na Nowy Jork. Zamierzali wykorzystać największy okręt świata, SS Great Eastern, jako transport wojskowy. Widzieli, że strajk przeciwko Nowemu Jorkowi będzie strajkiem przeciwko amerykańskiemu centrum handlowemu. Ale wiosną 1862 roku, Brytyjczycy dowiedzieli się o okręcie wojennym Union ironclad, USS Monitor. To anulowało wszelkie plany inwazji. Podczas gdy brytyjska marynarka wojenna miała żelazne okręty wojenne, do żeglugi wymagały one głębokiej wody. Monitor i okręty północne, takie jak on, mogłyby zniszczyć brytyjskie statki, gdyby próbowały zablokować porty północne. Rosja również obawiała się, że Brytyjczycy i/lub Francuzi mogą wkroczyć. Latem 1862 roku koalicja narodów rozważała wkroczenie na drogę mediacji w wojnie. Były to Wielka Brytania, Francja, Prusy, Austria i Rosja. Jednak jesienią 1863 r. car Rosji Aleksander II wysłał swoją marynarkę wojenną, aby chronić Stany Zjednoczone przed inwazją Wielkiej Brytanii i Francji. Ich bałtycka flota zaczęła przypływać do portu w Nowym Jorku 24 września 1863 roku. Rosyjska flota dalekowschodnia została wysłana do San Francisco.
Przez resztę wojny większość krajów europejskich miała niewiele do zyskania, uznając Konfederację za suwerenny naród. Lincoln był dyplomatą w swoim postępowaniu z dwoma konfederatami, którzy zostali aresztowani na brytyjskim statku Trent. Kazał ich obu uwolnić. Awarie upraw w Europie sprawiły, że unijne produkty rolne stały się popularne. Egipt i Indie były w stanie dostarczyć bawełnę, która przed wojną była kupowana z południa. Unia była również dobrym odbiorcą ręcznej broni strzeleckiej i innych produkowanych towarów z Europy. Jednak dziesiątki blokad i okrętów wojennych zostało zbudowanych w czasie wojny dla Konfederacyjnej Marynarki Wojennej przez angielskich stoczniowców.