Prezydencja Abrahama Lincolna rozpoczęła się 4 marca 1861 roku, gdy objął on urząd 16. prezydenta Stanów Zjednoczonych. Jego kadencja zakończyła się jego śmiercią 15 kwietnia 1865 roku. W czasie urzędowania Lincoln rozszerzył zakres władzy wykonawczej bardziej niż jakikolwiek jego poprzednik, roszcząc sobie w praktyce więcej praw i uprawnień federalnych — między innymi przez zawieszenie habeas corpus w niektórych regionach, wprowadzenie blokady portów południa oraz masowy zaciąg ochotników i powołań do armii. Te decyzje znacząco zwiększyły znaczenie i wpływ urzędu prezydenta w okresie wojny.

Kiedy Lincoln wygrał wybory prezydenckie w 1860 r., uczynił to bez poparcia któregokolwiek z południowych stanów. Idea secesji była obecna na Południu już od lat 30. XIX wieku (secesja), lecz po wyborach 1860 r. konflikt stał się bezpośredni i nieunikniony. Między wyborami a inauguracją Lincolna w marcu 1861 r. siedem stanów odłączyło się od Unii i utworzyło nowe państwo — Konfederacyjne Stany Ameryki. Gdy 12 kwietnia 1861 r. Konfederaci zaatakowali Fort Sumter i następnego dnia zdobyli go, rozpoczęła się wojna secesyjna, największy konflikt zbrojny w historii USA.

Lincoln, mimo że miał niewielkie formalne doświadczenie wojskowe, pełnił aktywną rolę jako najwyższy zwierzchnik sił zbrojnych i wykazał się zdolnością do decyzji strategicznych, kontroli kadr i współpracy z dowództwem wojskowym. Jego praktyczne kierownictwo oraz umiejętność podejmowania trudnych decyzji w warunkach kryzysu przyczyniły się do ostatecznego zwycięstwa Unii i dlatego bywa on oceniany jako wielki prezydent wojenny.

Proklamacja Emancypacyjna (Proklamacja Emancypacyjna) ogłoszona przez Lincolna w 1863 roku formalnie nadała wolność niewolnikom przebywającym na terenach kontrolowanych przez Konfederację — była to przede wszystkim decyzja wojskowa i akt polityczny mający osłabić gospodarkę i morale przeciwnika. Proklamacja nie objęła jednak niewolników w przybrzeżnych i lojalnych wobec Unii stanach granicznych, dlatego pełne i ustawowe zniesienie niewolnictwa w całych Stanach Zjednoczonych nastąpiło dopiero wraz z ratyfikacją 13. poprawki do Konstytucji po zakończeniu wojny. Ogłoszenie emancypacji pozwoliło także na zwiększony udział Afroamerykanów w armii Unii, co miało istotne znaczenie militarne i społeczne.

Pod koniec 1863 roku Lincoln wygłosił swoje krótkie, lecz niezwykle wymowne orędzie zwane gettysburskim, które stało się jednym z najważniejszych przemówień w historii Ameryki. W kilku zdaniach Lincoln podkreślił znaczenie rządu „z ludu, przez lud i dla ludu” oraz poświęcenie poległych, nadając wojnie nowy wymiar moralny i narodowy.

W kwietniu 1865 roku, gdy wojna dobiegała końca i Unia osiągała zwycięstwo, Lincoln został zastrzelony przez Johna Wilkesa Bootha, sympatyzatora Konfederacji, podczas pobytu w Ford's Theatre; zmarł wkrótce potem 15 kwietnia 1865 roku. Jego śmierć uczyniła Lincolna męczennikiem dla sprawy Unii i wolności, co jeszcze wzmocniło jego pozycję w zbiorowej pamięci narodowej.

Pamięć o Lincolnie obejmuje zarówno ocenę jego roli w zachowaniu jedności kraju, jak i wkład w zniesienie instytucji niewolnictwa oraz kształtowanie silniejszego rządu federalnego. Dlatego jest on powszechnie uznawany za jednego z największych prezydentów w historii Stanów Zjednoczonych, a jego dziedzictwo pozostaje przedmiotem licznych analiz historycznych, literackich i politycznych.