Amerykańska wojna domowa toczyła się na trzech ważnych obszarach lądowych, czyli "teatrach". Teatr wschodni obejmował wszystkie tereny na wschód od Apallachów. Teatr zachodni obejmował wszystkie tereny pomiędzy Appalachami a rzeką Mississippi i wzdłuż rzeki. Teatr Trans-Mississippi obejmował obszar na zachód od rzeki Mississippi.
Zarówno Stany Zjednoczone jak i Konfederacja miały swoje stolice we wschodnim teatrze. Waszyngton był stolicą Stanów Zjednoczonych od 1800 roku. Gdy ustąpiło Południe, najpierw nazwano je Montgomery w Alabamie, ale wkrótce zmieniono je na Richmond w Wirginii jako stolicę Konfederacji. Richmond i Waszyngton są oddalone od siebie tylko o około 90 mil (145 km). Jedna z pierwszych bitew wojny toczyła się w Wirginii. Ta pierwsza bitwa o Bull Run miała miejsce 21 lipca 1861 roku. Konfederaci wygrali tę bitwę. Następnie, wiosną 1862 roku, Armia Unii Potomaków próbowała zdobyć Richmond na Półwyspie Helskim. W tym czasie Robert E. Lee objął dowództwo nad Armią Północnej Wirginii i pokonał armię Unii. Następnie wygrał drugą bitwę pod Bull Run w sierpniu 1862 roku. Lee próbował wygrać wojnę, najeżdżając Maryland. Kiedy przegrał bitwę pod Antietam, wycofał się z powrotem do Wirginii.
W amerykańskiej wojnie domowej toczyło się wiele wojen morskich, ale marynarka wojenna Unii była znacznie silniejsza. Lincoln postawił konfederatów pod blokadą, co oznaczało, że marynarka wojenna Unii nie wpuszczała do południowych portów ani nie wypuszczała z nich żadnych statków. Konfederaci używali okrętów zwanych blokadami, by sprowadzać rzeczy z Europy. Rzeczy, które Konfederaci przywozili, zawierały broń. Marynarka wojenna każdej ze stron również walczyła na rzekach. Na statkach znajdowały się żelazne okładziny, które były chronione żelazem po ich bokach, oraz okładziny bawełniane, które wykorzystywały bawełnę po jej bokach. Podczas bitwy pod Hampton Roads, Konfederacja Wirginia z żelaznymi obrusami walczyła z Union ironclad Monitor. Był to pierwszy raz w historii świata, kiedy dwie obrusy żelazne walczyły ze sobą.
W teatrze zachodnim większość walk toczyła się wzdłuż rzeki Mississippi. Ulysses S. Grant był ważnym generałem Unii na zachodzie. Konfederaci próbowali wysłać swoich żołnierzy do stanu Kentucky latem 1861 roku. W pierwszych miesiącach 1862 roku, armia Unii zmusiła Konfederatów do odwrotu z Kentucky i zachodniego Tennessee. Konfederaci próbowali odzyskać zachodnie Tennessee atakując armię Granta w bitwie pod Shiloh. Grant wygrał tę bitwę. Następnie Konfederaci próbowali wysłać swoich żołnierzy do wschodniego Kentucky jesienią 1862 roku. Opuścili Kentucky po przegranej bitwie pod Perryville.
Północ zdobyła kontrolę nad prawie całą rzeką Mississippi. Miało to miejsce poprzez zdobycie miast wzdłuż rzeki jesienią 1862 roku i wiosną 1863 roku. Jednak Konfederacja nadal posiadała Vicksburg, ważne miasto i fort. Jeśli posiadali oni miasto, konfederaci mogli przenosić żołnierzy i zaopatrzenie z jednej strony rzeki na drugą. Grant rozpoczął oblężenie Vicksburga w maju 1863 roku. Oblężenie trwało przez długi czas. 4 lipca 1863 r. Konfederaci w Vicksburgu poddali się Grantowi. Był to jeden z punktów zwrotnych w wojnie, ponieważ podzieliła ona Konfederację na dwie części.
Były też walki na zachód od doliny rzeki Mississippi, w teatrze Trans-Mississippi. Na przykład, dwie ważne bitwy to Bitwa pod Wilson's Creek i Bitwa pod Pea Ridge. Konfederaci próbowali zaatakować Nowy Meksyk w lutym i marcu 1862 roku, ale zostali pokonani w bitwie o przełęcz Glorieta. Po zajęciu Vicksburga przez Związek, obszar ten został oddzielony od reszty konfederackich stanów. Po zdobyciu Vicksburga miały miejsce inne bitwy na tym terenie.
Podczas oblężenia Vicksburga na zachodzie, kolejny punkt zwrotny nastąpił na wschodzie. Po wygraniu kilku bitew, Lee postanowił ponownie zaatakować Północ. Lee i jego Armia Północnej Wirginii wkroczyli do Pensylwanii. Skonfederowana Armia spotkała Armię Unii pod Gettysburgiem, w Pensylwanii. Obie armie walczyły w bitwie pod Gettysburgiem. Ta bitwa trwała trzy dni: od 1 do 3 lipca 1863. Pod Gettysburgiem zginęło więcej żołnierzy niż w jakiejkolwiek innej bitwie wojny domowej. Unia wygrała tę bitwę. To powstrzymało inwazję Konfederatów na Północ. Lee i jego wojska zostały zepchnięte z powrotem na Południe.
Po tym, prezydent Lincoln zdecydował, że Grant jest jego najlepszym generałem. Powierzył Grantowi kontrolę nad wszystkimi armiami Unii. Lincoln uczynił również Williama T. Shermana generałem kierującym wojskami Unii w Gruzji. Grant prowadził wiele ataków na armię Lee. Te bitwy złożyły się na kampanię Overland. Tymczasem Sherman spalił Atlantę i Savannah. Zrobił to, by osłabić Południe i utrudnić mieszkańcom Południa zaopatrzenie armii Konfederacji w żywność i inne artykuły pierwszej potrzeby. Następnie Sherman przemaszerował na północ przez Południową i PółnocnąKarolinę. Konfederacyjny generał Joseph E. Johnston zaatakował Shermana w bitwie pod Bentonville. Sherman wygrał tę bitwę.
Lee trzymał się tak długo, jak mógł w Wirginii. Ostatecznie zdecydował, że ma zbyt mało żołnierzy, by dalej walczyć z Unią, która ma więcej żołnierzy i zapasów. Lee poddał się Grantowi 9 kwietnia 1865 roku, w pobliżu Appomattox Court House. Po poddaniu się Lee poddało się również wiele innych konfederackich armii. Ostatnim konfederackim generałem, który się poddał, był generał brygady Stand Watie. Poddał się 23 czerwca 1865 roku w Oklahomie.
Po zakończeniu wojny, prezydent Lincoln ułaskawił wszystkich żołnierzy Konfederacji. Oznaczało to, że Konfederacyjni żołnierze nie zostaną aresztowani ani ukarani za walkę z Unią. Południowe stany mogłyby ponownie wstąpić do Stanów Zjednoczonych. Jednak niektórzy Konfederaci nie chcieli wracać do Stanów Zjednoczonych. Niektórzy z tych ludzi przenieśli się do Meksyku lub Brazylii.