Pierwszymi ludźmi w Japonii był lud Ainu i inne ludy Jōmon. Byli oni bliżej spokrewnieni z Europejczykami lub Arabami. Później zostali podbici i zastąpieni przez lud Yayoi (pierwsi Japończycy i mieszkańcy wysp Ryukyu). Yayoi byli starożytną grupą etniczną, która migrowała na archipelag japoński głównie z południowo-wschodnich Chin w okresie Yayoi (300 p.n.e.-300 n.e.). Współcześni Japończycy mają głównie przodków Yayoi, średnio 97%. Z drugiej strony rdzenne ludy Ryukyuan i Ainu mają więcej przodków Jōmon.
Najwcześniejsze wzmianki o Japonii pochodzą z chińskich dokumentów. Jeden z tych dokumentów mówił, że było wiele małych krajów (w Japonii), które toczyły między sobą wojny, a później jeden kraj, rządzony przez królową, stał się najsilniejszy, zjednoczył innych i zaprowadził pokój.
Japończycy zaczęli pisać swoją własną historię po V i VI wieku, kiedy to ludzie z Korei i Chin nauczyli Japończyków chińskiego systemu pisma. Sąsiedzi Japonii nauczyli ich również buddyzmu. Japończycy zmienili buddyzm na wiele sposobów. Na przykład, japońscy buddyści używali idei takich jak Zen bardziej niż inni buddyści.
Japonia miała pewne kontakty z Europejczykami w XVI wieku. Pierwszymi Europejczykami, którzy odwiedzili Japonię byli Portugalczycy. Później Hiszpanie, Anglicy i Holendrzy przybyli do Japonii w celach handlowych. Przywieźli też chrześcijaństwo. Japońscy przywódcy początkowo przyjęli ich z radością, ale ponieważ Europejczycy podbili wiele miejsc na świecie, Japończycy obawiali się, że podbiją również Japonię. Więc Japończycy nie pozwolili Europejczykom więcej przybywać do Japonii, z wyjątkiem małego obszaru w mieście Nagasaki. Wielu chrześcijan zostało zabitych. W końcu tylko Chińczycy, Koreańczycy i Holendrzy mogli odwiedzać Japonię i byli pod ścisłą kontrolą rządu japońskiego. Japonia została ponownie otwarta dla turystów w 1854 roku przez komodora Matthew Perry'ego, kiedy Amerykanie chcieli wykorzystać japońskie porty dla amerykańskich łodzi wielorybniczych. Perry przyprowadził parowce z działami, co przestraszyło Japończyków i skłoniło ich do zawarcia z nim porozumienia.
Ten nowy kontakt z Europejczykami i Amerykanami zmienił japońską kulturę. Restytucja Meiji z 1868 roku zatrzymała niektóre stare sposoby i dodała wiele nowych. Powstało Cesarstwo Japonii, które stało się bardzo potężnym narodem i próbowało najeżdżać sąsiednie kraje. Najechało i zaanektowało Królestwo Ryukyu, Tajwan i Koreę. Toczyło wojny z Chinami i Rosją: pierwszą wojnę chińsko-japońską, powstanie bokserów, wojnę rosyjsko-japońską i drugą wojnę chińsko-japońską, która stała się częścią II wojny światowej, gdy Japonia sprzymierzyła się z nazistowskimi Niemcami i faszystowskimi Włochami.
W 1941 r. Japonia zaatakowała Pearl Harbor na Hawajach, bazę wodną Stanów Zjednoczonych, i zniszczyła lub uszkodziła wiele statków i samolotów. Zapoczątkowało to zaangażowanie Stanów Zjednoczonych w II wojnę światową. Siły amerykańskie i japońskie walczyły ze sobą na Pacyfiku. Kiedy bazy lotnicze zostały założone w zasięgu japońskiego lądu, Ameryka zaczęła wygrywać i zaczęła zrzucać bomby na japońskie miasta. Ameryka była w stanie zbombardować większość ważnych miast i szybko przybliżyła Japonię do klęski. Aby zmusić Japonię do poddania się, Stany Zjednoczone zrzuciły dwie bomby atomowe na miasta Hiroszima i Nagasaki, zabijając 150 000 japońskich obywateli. Wkrótce potem Związek Radziecki rozpoczął walkę z Japonią, a japońska armia w Mandżurii przegrała. Japonia poddała się i oddała wszystkie miejsca, które zajęła od innych państw, przyjmując Proklamację Poczdamską. Stany Zjednoczone okupowały Japonię i zmusiły ją do napisania nowej konstytucji, w której obiecywała, że nigdy więcej nie będzie prowadzić wojny.
