Atmosfera Słońca składa się z pięciu warstw. Chromosfera, obszar przejściowy i korona są znacznie gorętsze niż zewnętrzna powierzchnia fotosfery Słońca. Uważa się, że fale Alfvéna mogą przechodzić przez nie i ogrzewać koronę.
Strefa minimalnej temperatury, najchłodniejsza warstwa Słońca, znajduje się około 500 kilometrów (310 mil) powyżej fotosfery. Jej temperatura wynosi około 4 100 K (3 830 °C; 6 920 °F). Ta część Słońca jest wystarczająco chłodna, aby mogły się w niej tworzyć proste cząsteczki, takie jak tlenek węgla i woda. Cząsteczki te można zobaczyć na Słońcu za pomocą specjalnych przyrządów zwanych spektroskopami.
Chromosfera jest pierwszą warstwą Słońca, którą można zobaczyć, szczególnie podczas zaćmienia Słońca, kiedy Księżyc zasłania większą część Słońca i blokuje najjaśniejsze światło.
Słoneczny obszar przejściowy to część atmosfery Słońca, pomiędzy chromosferą a zewnętrzną częścią zwaną koroną. Można go zobaczyć z kosmosu za pomocą teleskopów wyczuwających światło ultrafioletowe. Przejście znajduje się pomiędzy dwiema bardzo różnymi warstwami. W dolnej części styka się z fotosferą i grawitacja kształtuje jej rysy. Na górze warstwa przejściowa styka się z koroną.
Korona jest zewnętrzną atmosferą Słońca i jest znacznie większa niż reszta Słońca. Korona stale rozszerza się w przestrzeń tworząc wiatr słoneczny, który wypełnia cały Układ Słoneczny. Średnia temperatura korony i wiatru słonecznego wynosi około 1.000.000-2.000.000 K (1.800.000-3.600.000 °F). W najgorętszych regionach wynosi ona 8 000 000-20 000 000 K (14 400 000-36 000 000 °F). Nie rozumiemy, dlaczego korona jest tak gorąca. Można ją zobaczyć podczas zaćmienia Słońca lub za pomocą instrumentu zwanego koronografem.
Heliosfera to cienka zewnętrzna atmosfera Słońca, wypełniona plazmą wiatru słonecznego. Rozciąga się ona poza orbitę Plutona aż do heliopauzy, gdzie tworzy granicę, na której zderza się z ośrodkiem międzygwiazdowym.