Stopień pułkownika
W Kongresie Sickles sprzymierzył się z południowymi demokratami i sam był demokratą popierającym niewolnictwo. Ale po wybuchu wojny Sickles nagle stał się prounijny. Jego ostatnia sesja w Kongresie zakończyła się w marcu, więc gdy wybuchła wojna, Sickles był z powrotem w Nowym Jorku, praktykując prawo. W późniejszych wersjach swoich motywów wstąpienia do armii Unii stwierdził, że sądził, iż najlepiej przysłuży się Unii, wychowując pułk. Republikański prezydent Lincoln potrzebował poparcia Demokratów i najwyraźniej widział w Sicklesie kogoś, kogo mógłby wykorzystać. Po utworzeniu pułku, a następnie brygady, którą nazwał Brygadą Excelsior, Sickles założył, że otrzyma stopień generała brygady (pułkownik dowodził pułkiem, a generał brygady brygadą). Oficjalnie jednak pozostał pułkownikiem pierwszego pułku, mimo że dowodził całą brygadą. Gubernator Nowego Jorku Edwin D. Morgan uznał, że w Nowym Jorku jest zbyt wiele pułków i nakazał Sicklesowi rozwiązać niektóre z nich. W rezultacie Sickles nie otrzymałby nominacji na generała brygady. Obchodząc gubernatora, Sickles udał się do Waszyngtonu na spotkanie z Lincolnem. Prezydent zgodził się zaciągnąć rozwiązane regimenty jako United States Volunteers. Ostatecznie 20 lipca 1861 roku otrzymali oni rozkaz zgłoszenia się do Harpers Ferry w Zachodniej Wirginii. We wrześniu Sickles został nominowany na generała brygady ochotników, ale jego zatwierdzenie było przez kilka miesięcy opóźniane przez Senat Stanów Zjednoczonych. Większość 1861 roku brygada Sicklesa spędziła w dolnym Marylandzie. W tym czasie Sickles często odwiedzał Lincolnów w Waszyngtonie. W marcu 1862 roku jego dowództwo zostało przyłączone do Armii Potomaku generała Josepha Hookera. W tym samym miesiącu Senat odrzucił wniosek Sicklesa o nadanie mu stopnia generała brygady. W tym samym miesiącu Excelsiorzy po raz pierwszy stanęli do walki. Sickles osobiście poprowadził rekonesans. 6 kwietnia wyruszył z Excelsiors do Waszyngtonu, aby zaprotestować przeciwko nie przyznaniu mu stopnia generała brygady. Podczas gdy jego jednostka walczyła w Kampanii Półwyspu, Sickles pozostał w Waszyngtonie. Lincoln ponownie nominował go na generała i 3 maja 1862 roku Senat potwierdził jego kandydaturę.
Generał brygady
24 maja, "generał brygady" Sickles otrzymał rozkaz zameldowania się u Hookera. Powierzono mu dowództwo 2. brygady Hookera. Sickles po raz pierwszy wziął udział w bitwie pod Seven Pines. Następnie Sickles brał udział w bitwie w Siedmiu Dniach. Wyprawa Hookera nie przebiegała pomyślnie, częściowo dlatego, że brygada Sicklesa miała trudności z przejściem przez bagna i napotkała silny opór Konfederatów. Kiedy część jego ludzi złamała się i uciekła na tyły, Sickles był w stanie zmusić do powrotu tylko kilku z nich. Mimo to, raport Hookera odnotował waleczność Sicklesa w próbach zmobilizowania swoich ludzi. Nie pozostał długo i przegapił drugą bitwę pod Bull Run i bitwę pod Antietam, będąc w Nowym Jorku i rekrutując ludzi do swojej brygady. Kiedy Ambrose Burnside zastąpił George'a B. McClellana na stanowisku dowódcy Armii Potomaku, zarówno Hooker, jak i Sickles zostali przesunięci do dowodzenia większymi jednostkami. Sickles wciąż nie miał prawie żadnego doświadczenia na polu bitwy, ale dowodził teraz starą drugą dywizją Hookera w III Korpusie. Sickles był zajęty pozyskiwaniem nowojorskich gazet i waszyngtońskich insiderów, by promowali jego wizerunek jako zaprawionego w bojach generała.
W grudniu 1862 roku, w bitwie pod Fredericksburgiem, brygada Sicklesa nie widziała bitwy aż do trzeciego dnia. On i jego żołnierze obserwowali, jak wojska Unii walczyły pod górę z konfederatami Lee. Po godzinie 14:00 Sickles otrzymał w końcu rozkaz ruszenia na front. Prowadząc swoich ludzi stwierdził, że na ich odcinku bitwa jest już w większości zakończona. Zabezpieczyli swoje pozycje przed ograniczonym ostrzałem snajperów i kilkoma potyczkami, ale poza tym nie widzieli żadnych walk.
Generał dywizji
Kiedy Burnside został zastąpiony na stanowisku dowódcy Armii Potomaku, Hooker został przesunięty na jego miejsce. W ramach nowych przydziałów wynikających z tej zmiany, mimo że miał niewielkie doświadczenie bojowe, Sickles otrzymał tymczasowe dowództwo III Korpusu. Senat jednak ponownie nie zatwierdził jego awansu na generała dywizji. W końcu, 9 marca (z datą nadania stopnia 29 listopada), Senat potwierdził jego awans. Do końca marca Sickles był oficjalnie generałem majorem. W przeciwieństwie do wcześniejszych bitew, w bitwie pod Chancellorsville Sickles był świadkiem akcji. Gdy Sickles obserwował manewr oskrzydlający konfederackiego generała Stonewalla Jacksona, bez rozkazu ruszył do przodu z dwiema trzecimi swojego korpusu, by ruszyć za konfederatami. W ten sposób XI Korpus po jego prawej stronie został całkowicie odizolowany. Konfederaci Jacksona przeprowadzili wtedy miażdżący atak na XI Korpus. Opuszczenie przez Sicklesa wyznaczonej mu pozycji było głównym czynnikiem zwycięstwa Konfederatów. Zapoczątkowało to waśń pomiędzy Hookerem i Sicklesem, która trwała do bitwy pod Gettysburgiem. Hooker obwiniał Sicklesa za porażkę pod Chancellorsville.
Gettysburg
27 czerwca Hooker zrezygnował z funkcji dowódcy Armii Potomaku. Wśród dowódców korpusów proponowanych do zastąpienia go, New York Herald zasugerował Sicklesa jako najlepszego dowódcę na to stanowisko. 28 czerwca, na trzy dni przed bitwą pod Gettysburgiem, Lincoln mianował generała George'a G. Meade'a na miejsce Hookera. 1 lipca, pierwszy dzień zakończył się zwycięstwem Konfederatów. Meade pracował nad szybkim przygotowaniem swoich sił do bitwy następnego dnia. Wczesnym rankiem 2 lipca Meade wysłał wiadomość do Sicklesa z instrukcją, aby jego 12-tysięczny korpus znalazł się na Cemetery Ridge. W szczególności otrzymał rozkaz połączenia się z II Korpusem generała Winfielda Scotta Hancocka po swojej prawej stronie i przedłużenia swojej linii do Little Round Top po swojej lewej stronie.
Sickles, nie był pod wrażeniem swojego nowego dowódcy ani jego rozkazów. Około 11:00 pojechał do kwatery głównej Meade'a i czekał na spotkanie z Meade'em. Dowódca był jednak w tym czasie zajęty. Czując się zignorowany Sickles wrócił do swoich oddziałów. Zdecydował, że nie podobają mu się jego rozkazy. Milę od jego frontu znajdowała się Emmitsburg Road, która była wyżej położona niż ta, którą miał zająć. Nie podobało mu się również to, że wśród jego linii były skały i drzewa. Sickles, bez rozkazu i bez poinformowania dowódców innych korpusów, przesunął swój korpus o milę do przodu. Pozostawiło to lewą flankę Hancocka całkowicie otwartą i dużą przerwę w linii, w której miał znajdować się jego korpus. Nowa pozycja, którą wybrał, była szersza niż ta, którą porzucił, a nie miał wystarczająco dużo ludzi, by ją całkowicie pokryć. Środek jego linii tworzył salient (kąt prosty w linii, który mógł być atakowany z dwóch kierunków). Generał brygady Henry Hunt, szef artylerii, obejrzał wraz z Sicklesem nową pozycję i wskazał na problemy. Powiedział, że musi sprawdzić u Meade'a, czy rozkazy, które wydał Sicklesowi, mogą zostać zmienione. Sickles i tak wykonał ruch. W ciągu godziny cały jego III Korpus został niemal zmieciony z powierzchni ziemi przez korpus konfederackiego generała Jamesa Longstreeta. Sam Sickles został trafiony kulą armatnią, która strzaskała mu nogę. Został zniesiony z pola walki, a kilka godzin później amputowano mu prawą nogę. Kontuzja być może uchroniła go przed sądem wojennym za niewykonanie rozkazów, ale jego dni jako dowódcy polowego dobiegły końca.
