W 1860 roku wybory prezydenckie wygrała Partia Republikańska, której przewodził Abraham Lincoln. Południowcy byli oburzeni wyborem Lincolna, który sprzeciwiał się niewolnictwu na terytoriach i w nowych stanach. Po wyborach siedem południowych stanów dokonało secesji i ogłosiło swoją niezależność od Unii. Utworzyły one Konfederackie Stany Ameryki, jeszcze zanim Lincoln został prezydentem 4 marca 1861 roku. Ustępujący prezydent USA, James Buchanan, powiedział, że było to wbrew prawu, ale nie zrobił nic, aby ich powstrzymać. Lincoln i jego partia republikańska traktowali tę secesję jako rebelię.
Walki rozpoczęły się, gdy Konfederaci zbombardowali Fort Sumter, fort armii Unii. Lincoln wezwał 75.000 ochotników na okres 90 dni. Ustanowił też blokadę południowego wybrzeża i portów. Lincoln miał nie więcej niż 40 nadających się do użytku okrętów wojennych i musiał zacząć rozbudowywać swoją marynarkę wojenną. Miało to na celu uniemożliwienie Południu eksportu bawełny i importu materiałów wojennych potrzebnych do prowadzenia wojny. Północ potrzebowała również zbudować flotę okrętów wojennych dla "marynarki na brunatnych wodach". Miała ona wspierać armię Unii w operacjach wokół głównych rzek, takich jak Missisipi.
Stocznia w Norfolk
W 1861 r. Wirginia przystąpiła do Konfederacji. Obawiając się, że Konfederaci przejmą kontrolę nad zakładem, komendant stoczni Charles Stewart McCauley nakazał spalenie stoczni. W tym czasie nosiła ona nazwę Gosport Navy Yard. Pomimo sprzecznych rozkazów Sekretarza Marynarki Wojennej, rezygnacji wielu oficerów i odejścia większości pracowników stoczni, jego pozostali ludzie zaczęli niszczyć stocznię. Statki, które nie mogły opuścić stoczni o własnych siłach, zostały spalone. Wśród nich znalazł się unijny okręt wojenny USS Merrimack. W końcu dwóch mężczyzn, którzy podkładali ładunki wybuchowe w celu wysadzenia suchego doku, zostało schwytanych, zanim zdążyli dokończyć swoją pracę. Konfederatom udało się naprawić Gosport i uczynić z niego ponownie działającą stocznię.
Zdobycie stoczni umożliwiło dostanie się w ręce Konfederatów ogromnej ilości materiałów wojennych. W sumie Konfederaci zdobyli i wykorzystali 1195 ciężkich dział. Były one używane w wielu miejscach od Hampton Roads aż po Fort Donelson Tennessee. Po opuszczeniu stoczni, siły Unii wycofały się do Fortu Monroe po drugiej stronie Hampton Roads. Był to jedyny teren w tym rejonie, który pozostał pod kontrolą Unii.
Na początku 1862 r. konfederacki okręt wojenny CSS Virginia został odbudowany z wykorzystaniem spalonego kadłuba USS Merimack. W pośpiechu, w jakim opuszczono stocznię, Merrimack został zniszczony tylko powyżej linii wodnej. Na spalonym kadłubie Konfederaci zbudowali pancerną nadbudówkę. W marcu i kwietniu 1862 r. konfederackie żelazne okręty były bliskie zniwelowania przewagi marynarki Unii. W Hampton Roads "Virginia" zaczęła niemal bez opamiętania zatapiać blokujące okręty wojenne Unii. Flotę uratowało pojawienie się unijnego okrętu USS Monitor, który zaangażował Virginię w bitwę o Hampton Roads. Jednak po wielogodzinnej walce żaden z okrętów nie był w stanie pokonać drugiego. Oba okręty wyszły z walki, twierdząc, że zwyciężyły. Ale Konfederatom nie udało się przełamać blokady. Kiedy w maju 1862 roku Norfolk upadło, CSS Virginia została zniszczona przez swoją załogę, aby nie dostała się do niewoli. Marynarka Konfederacji miała w budowie jeszcze dwa żelazne okręty. Zanim jednak zdołano je ukończyć, flota Unii zajęła port i miasto Nowy Orlean, gdzie je budowano.
Handlarze
Marynarka Konfederacji zdała sobie sprawę, że Marynarka Unii miała więcej statków, dział i ludzi, których miała przy swoich ograniczonych zasobach. To wymagało zmiany strategii. Najpierw zbudowali forty, by strzec swoich kluczowych rzek i portów. Aby wspomóc ten wysiłek, budowali kanonierki. Po drugie, Południe stworzyło flotę okrętów wojennych, które miały atakować unijne statki handlowe na morzu. Do pomocy w tych działaniach zatrudniali także prywatnych marynarzy.
Nie była to nowa koncepcja. Amerykanie odnosili sukcesy w rajdach handlowych przeciwko brytyjskim statkom handlowym podczas amerykańskiejwojnyrewolucyjnej. Pokonani przez marynarkę Unii zdali sobie sprawę, że budowa lżejszych i szybszych krążowników pozwoli im wyprzedzić większe okręty wojenne i zaatakować wolniejsze i zazwyczaj nieuzbrojone statki handlowe. Ponieważ Południe miało niewielkie możliwości budowy okrętów, zleciło ich budowę w Wielkiej Brytanii. Było to technicznie nielegalne, ponieważ Wielka Brytania była krajem neutralnym. Statki te musiały więc być budowane w tajemnicy.
Niektóre z bardziej udanych i sławnych konfederackich rajderów handlowych były:
- CSS Florida, był pierwszym z commerce raiderów zbudowanych w Anglii. Wypłynął z Liverpoolu jako Orto, a 17 sierpnia 1862 roku na Bahamach został przemianowany na CSS Florida. Zdobyła 37 statków handlowych, a dwa z nich przekształciła w ścigacze handlowe. Razem zajęły kolejne 23 statki. Została nielegalnie zdobyta przez USS Wachusett w neutralnym porcie Bahia w Brazylii.
- CSS Alabama, w ciągu 22 miesięcy zdobyła 65 statków handlowych. Spaliła 52 z nich, 10 sprzedała, a jeden przerobiła na kolejny ścigacz handlowy, USS Tuscaloosa. Zatopiła także amerykański kanonierkę USS Hatteras, jedyny statek Unii stracony na otwartym morzu na rzecz konfederackiego rajdera. Został zatopiony w bitwie z USS Kearsarge przed portem Cherbourg we Francji.
- CSS Jefferson Davis, jeden z najskuteczniejszych najeźdźców, który w ciągu dwóch miesięcy odbił dziewięć północnych statków handlowych. Był to 187-tonowy były statek niewolniczy. Davis został zatopiony w wichurze u wybrzeży St. Augustine na Florydzie wraz ze wszystkimi, oprócz dwóch, zdobycznymi statkami.
- CSS Sumter, był krążownikiem parowym zbudowanym w Filadelfii w 1859 roku. Został zakupiony przez rząd Konfederacji w Nowym Orleanie w 1861 roku i otrzymał nazwę Sumter. W ciągu sześciu miesięcy zdobyła 18 amerykańskich statków handlowych. Spośród nich spaliła 8, a uwolniła lub związała 9. Została zablokowana przez amerykańskie okręty wojenne w porcie Gibraltar. W tym czasie kilka amerykańskich okrętów wojennych na zmianę uniemożliwiało jej opuszczenie portu. Sprzedano ją na aukcji 19 grudnia 1862, ale nadal służyła jako konfederacki ścigacz blokadowy, przemianowany na Gibraltar i pływający pod brytyjską banderą. Utrzymywała wiele amerykańskich okrętów wojennych na uwięzi, które polowały na nią i utrzymywały ją w porcie.
Privateers
Konfederacja wystosowała również list gończy do każdego prywatnego kapitana statku, który chciał zarobić na napadach na statki handlowe Stanów Zjednoczonych. Początkowo ryzyko było niewielkie, a statki i ich ładunki były tak samo wykorzystywane jak przez piratów. Właściciel i załoga dzielili się dużymi zyskami. Unikali walki z okrętami wojennymi Unii i zazwyczaj byli wystarczająco szybcy, by je wyprzedzić.
Był tylko jeden problem z tym programem. W Deklaracji Paryskiej dotyczącej prawa morskiego podpisanej w 1865 roku, prywatnictwo zostało zdelegalizowane. Wszystkie prywatne statki zostały uznane za piratów i podlegały karze śmierci, gdy zostały schwytane. Mimo że Stany Zjednoczone nie podpisały tej umowy, prezydent Lincoln ogłosił, że konfederaccy szeregowcy są piratami, a piraci podlegają karze śmierci. Nie powstrzymało to wielu przedsiębiorczych południowców przed wyposażeniem statku i zaangażowaniem się w piractwo na pełnym morzu. Jeden z pierwszych zajętych statków przyniósł szkodę Południu. Był to ładunek owoców zmierzający do portu w Nowym Orleanie.
Wkrótce nielegalne jednostki prywatne zaczęły zajmować statki towarowe w Zatoce Meksykańskiej oraz na całym wschodnim wybrzeżu Stanów Zjednoczonych. Wczesnym zwycięstwem Unii było zdobycie CSS Savannah, który był na morzu zaledwie od dwóch dni. Załoga szybko stanęła przed sądem za piractwo. Konfederaci grozili, że jeśli załoga zostanie stracona, powieszą schwytanych marynarzy z Północy. Ostatecznie sąd Unii wycofał oskarżenie o piractwo i uznał załogę za jeńców wojennych. Załoga została później wymieniona w ramach wymiany więźniów.
Służba torpedowa
Nowoczesna torpeda to cygarowate, samobieżne, podwodne urządzenie wybuchowe przeznaczone do niszczenia innego statku lub okrętu podwodnego. Podczas wojny secesyjnej to, co wtedy nazywano torpedą, najlepiej opisać jako minę morską.Konfederacki prezydent Davis był przeciwny ich użyciu. Uważał je za tchórzliwą broń i nieetyczne było używanie ich przeciwko komukolwiek. Pomimo sprzeciwu Davisa, Kongres Stanów Konfederacji uchwalił ustawę zezwalającą na nagrody dla każdego, kto wymyśli nowe sposoby wysadzania wrogich statków za pomocą łodzi podwodnych i min.
Louis, Missouri Konfederaci ukrywali materiały wybuchowe w drewnie opałowym używanym do zasilania kotłów unijnych parowców na rzekach Mississippi i Missouri. W 1861 r. Matthew Fontaine Maury po raz pierwszy użył min jako broni przeciwko statkom wroga. W Wirginii jego "piekielne maszyny" uczyniły rzekę James niemal całkowicie nieprzejezdną.
Kolejnym wynalazkiem była torpeda węglowa. W przebraniu przypominającym bryłę węgla eksplodowała po wrzuceniu do kotła. Innym wynalazkiem była "torpeda horologiczna". Posiadała ona zegar, który pozwalał na opóźnienie eksplozji. Opracowywano także lepsze zapalniki i mocniejsze materiały wybuchowe.
Podwodne miny były używane przez obie strony. Konfederaci odnieśli więcej sukcesów. W 1862 roku konfederackie miny zatopiły unijny żelazny okręt USS Cairo. Zniszczyły one lub uszkodziły dziesiątki innych okrętów Unii, podczas gdy unijne miny torpedowe zatopiły tylko około sześciu konfederackich okrętów wojennych.