Komórki zostały odkryte przez Roberta Hooke'a (1635-1703). Użył on mikroskopu złożonego z dwoma obiektywami, aby przyjrzeć się strukturze korka, a także liściom i niektórym owadom. Robił to od około 1660 roku i opisał to w swojej książce Micrographica w 1665 roku. Komórki nazwał od łacińskiego słowa cella, oznaczającego pokój. Zrobił to, ponieważ uważał, że komórki wyglądają jak małe pokoje.
Wielu innych przyrodników i filozofów wypróbowało nowy instrument. Strukturę roślin badali Nehemiah Grew (1641-1712) i Marcello Malpighi (1628-1694). Głównym dziełem Grew'a była Anatomia roślin (1682). Nie jest jasne, kto pierwszy zobaczył komórki zwierzęce: Malpighi, Jan Swammerdam (1637-1680) czy Antonie van Leeuwenhoek (1632-1723). str. 17
Odkrycia Leeuwenhoeka i jego rysunki "małych animalcules" otworzyły przed przyrodnikami zupełnie nowy świat. Odkryto pierwotniaki i ogólnie mikroorganizmy, a odkrycia na ich temat trwają do dziś. Christian Gottfried Ehrenberg w swojej książce Die Infusionsthierchen podsumował to, co było znane w 1838 roku. Lorenz Oken (1779-1851) w 1805 roku napisał, że infusoria (mikroskopijne formy) są podstawą wszelkiego życia.
Pomysł, że komórki są podstawą większych form życia, pojawił się w XVIII wieku. Ustalenie, kto wykonał tę pracę, zajęło trochę czasu:
"Prace Czecha Jana Purkyniego (1787-1869) oraz jego ucznia i współpracownika Gabriela Valentina (1810-1883) zostały niesłusznie oczernione przez nacjonalistycznych Niemców. Mają oni roszczenie do pewnego pierwszeństwa w teorii ogniw". Rozdział 9 Johannes Müller (1801-1858) również wniósł wielki wkład. "To jednak jego uczeń Theodor Schwann (1810-1882) i Matthias Schleiden (1804-1881) przypisują sobie zasługi w teorii komórki, mimo że niektóre z ich obserwacji nie były poprawne, a ich zasługi dla poprzednich pracowników były "parodią"". str. 97
Teoria komórki zawiera te ważne idee:
- Wszystkie żywe istoty zbudowane są z komórek.
- Komórka jest podstawową jednostką struktury i funkcji wszystkich organizmów.
- Każda komórka pochodzi od innej komórki, która żyła przed nią.
- Jądro jest głównym elementem komórki.