Po ataku Stany Zjednoczone obwiniały Al-Kaidę, którą Stany Zjednoczone uważały za grupę terrorystyczną. Prezydent George W. Bush powiedział, że rozpocznie "Wojnę z Terroryzmem". Miał na myśli, że Stany Zjednoczone zrobią więcej rzeczy, aby spróbować powstrzymać terroryzm w przyszłości. Bush powiedział, że ma to na celu ochronę Amerykanów i ich własności przed terrorystami. Na przykład, amerykański rząd zostałby zreorganizowany. Wzmocniono bezpieczeństwo i kontrolę w miejscach publicznych, zwłaszcza na lotniskach. Amerykanom codziennie mówiono, czy istnieje poważne zagrożenie terrorystyczne. Robiono to poprzez nadawanie koloru na dany dzień. Kolor czerwony oznaczał wysokie ryzyko, zielony niskie ryzyko, a pomiędzy nimi było wiele poziomów).
Wojna z terroryzmem również doprowadziła do prawdziwych wojen. Przywódca Al-Kaidy, Osama bin Laden, mieszkał w Islamskim Emiracie Afganistanu. Stany Zjednoczone powiedziały rządowi Afganistanu, zadzwonił do talibów, by przekazał im bin Ladena. Talibowie nie zrobiliby tego. Przywódca talibów, mułła Muhammad Omar, zażądał przedstawienia dowodów przez rząd Stanów Zjednoczonych. Gdyby nie dostarczono dowodów, mułła Omar powiedział, że nie przekaże bin Ladena. Prezydent George W. Bush powiedział, że nie musi przedstawiać dowodów. Stany Zjednoczone poszły wtedy na wojnę z Afganistanem. Talibowie zostali odsunięci od władzy, powołano nowy rząd, a nowy prezydent został wybrany przez ludność Afganistanu.
Kiedy to się działo, rząd Stanów Zjednoczonych zmienił się na kilka sposobów. Departament Transportu Stanów Zjednoczonych (DOT) stworzył Agencję Bezpieczeństwa Transportu (TSA). Przed 11 września ochrona na amerykańskich lotniskach była zapewniana przez linie lotnicze. TSA sprawiła, że zadaniem rządu było zapewnienie bezpieczeństwa na lotniskach. Nowi oficerowie zostali zatrudnieni przez TSA do pracy na lotniskach i latania na samolotach jako marszałkowie lotnictwa. TSA zapewnia również ochronę w amerykańskich pociągach i metrze. Utworzono również nowy Departament Bezpieczeństwa Wewnętrznego. Jego zadaniem stała się ochrona Amerykanów i ich mienia na terenie Stanów Zjednoczonych. Kiedy powstał ten departament, TSA przeniosła się z DOT do Homeland Security.
Po pokonaniu talibów, prezydent George W. Bush uznał, że Stany Zjednoczone powinny zaatakować Irak. Uważał, że Irak pomaga grupom terrorystycznym, w tym Al-Kaidzie. Powiedział, że ma dowody na to, że Irak również produkuje broń masowego rażenia. Wysłał sekretarza stanu Colina Powella do ONZ, aby pokazał im niektóre z dowodów. W marcu 2003 roku Stany Zjednoczone rozpoczęły swoją inwazję na Irak. (Uczestniczyły w niej również cztery inne kraje, w tym Wielka Brytania, Australia, Polska i Dania). Rząd Iraku został obalony, a naród iracki wybrał nowy rząd. W Iraku nie znaleziono żadnej broni masowego rażenia.
W dniu 2 maja 2011 r. amerykańska marynarka wojenna SEALs zabiła przywódcę Al-Kaidy Osamę bin Ladena, który przewodził m.in. zamachom z 11 września 2001 r., a także zamachom terrorystycznym.
