Wczesne panowanie
William zdecydował się na koronację w Boże Narodzenie. Było to częściowo spowodowane tym, że uważał, iż Anglicy będą mniej skłonni do zamieszek w tym dniu. Był to również dobry wybór, ponieważ wierzył, że wolą Bożą jest, aby został królem. Jako król, Wilhelm spędził kilka miesięcy w Anglii. Następnie wrócił do Normandii, zostawiając Anglię w rękach dwóch zdolnych ludzi. Byli to jego przyrodni brat Odo, biskup Bayeux, oraz William FitzOsbern. Odo został hrabią Kentu, podczas gdy FitzOsbern został hrabią Hereford. Pozostali trzej angielscy earlowie pozostali na swoich miejscach. Kiedy Wilhelm odpłynął do Normandii, towarzyszyło mu wielu jego zwolenników. Wielu z jego żołnierzy, którzy zostali opłaceni i inni, których chciał śledzić. W szczególności byli to angielski arcybiskup Stigand i Edgar Atheling. Przyprowadził także swoich pozostałych trzech angielskich earlów: Edwina, Morcara i Waltheofa. Dzięki temu żaden z nich nie mógł wszcząć buntu podczas jego nieobecności. Wilhelm miał swoje obowiązki w domu, którymi musiał się zająć. Również wielu jego żołnierzy musiało wrócić, aby zapewnić bezpieczeństwo księstwu.
Kiedy William wrócił do Londynu w grudniu 1067 roku, zaczął dowiadywać się, jakie problemy pojawiły się, gdy go nie było. Hertfordshire zostało najechane przez Mercjan. Następnie Exeter nie zaakceptował rządów nowego króla. Wilhelm zebrał pieniądze z tych części Anglii, które chciały zapłacić. Wezwał też angielskie wojsko. Exeter poddało się po tym, jak jeden z jego zakładników został oślepiony. Po opanowaniu Devonu i Kornwalii wszystko wydawało się spokojne. W Winchesterze Wilhelm posłał po swoją żonę Matyldę, która została tam koronowana na królową Anglii w Zielone Świątki.
Do lata wybuchło więcej buntów. W tym samym czasie inni uciekali z Anglii. Edgar Atheling wraz z matką i siostrami wyjechał do Szkocji, gdzie zostali mile przyjęci. Na północy silne grupy antynormańskie zbierały się wokół Yorku. Hrabia Edwin i jego brat Morcar opuścili dwór Wilhelma, by dołączyć do buntowników na północy. Wilhelm zbudował wtedy zamek w Warwick. To skłoniło hrabiów i innych do poddania się Wilhelmowi. W ślad za nim poszły inne zamki. Następnie Wilhelm wkroczył do Yorku, gdzie inni poddali się mu. Następnie negocjował z królem Szkotów, by zapobiec inwazji na Anglię z północy. Ale jego kampania na północy nie była tak skuteczna, jak mu się wydawało. W 1069 r. drugie powstanie przerodziło się w wojnę. Ludzie, którym William pozostawił dowództwo, zostali zabici. Niewielkie siły Normanów utrzymywały się w Yorku, gdy Wilhelm przyszedł im z pomocą. Po wybudowaniu kolejnego zamku Wilhelm pozostawił hrabiego Williama FitzOsberna na stanowisku. Przez następne pięć miesięcy na północy panował spokój. Ale przywódcy północnych Anglików wysłali wiadomość do duńskiego króla Sweina, oferując mu koronę, jeśli pokona Normanów. Swein wysłał duńską flotę do Anglii.
Latem 1069 r. duńska flota pojawiła się u wybrzeży Kentu. Posuwała się w górę wybrzeża w kierunku północnym, dokonując najazdów. Wilhelm i jego armia znajdowali się na południu, strzegąc przed wszelkimi najazdami. W końcu flota dołączyła do angielskich buntowników na brzegu rzeki Humber. Wszyscy pozostali angielscy hrabiowie opuścili Wilhelma i dołączyli do połączonych sił angielsko-duńskich. Ruszyły one przeciwko normańskiemu garnizonowi w Yorku i zabiły wszystkich oprócz kilku kobiet i dzieci. William Malet, Norman, który mieszkał w Anglii przed rokiem 1066, również został oszczędzony.
Harrying of the north
Północna armia Wilhelma została zmieciona z powierzchni ziemi, a York legł w gruzach. W tym samym czasie w Walii i południowo-zachodniej Anglii wybuchały mniejsze rebelie. Wilhelm wiedział, że ma kłopoty. Zaczął od zwołania wszystkich swoich dowódców i oddziałów, by połączyć siły. Król wiedział, że z mniejszą armią musi poradzić sobie z jedną grupą rebeliantów na raz. Wysłał Williama FitzOsberna i Briana z Bretanii, by zajęli się Exeter. Sam Wilhelm walczył z armią nacierającą ze wschodu. W obu przypadkach armie normańskie były zwycięskie. Teraz ruszył na północne armie, które zniszczyły York. Nie udało mu się jednak dotrzeć dalej na północ niż do Pontefractu. Po kilku tygodniach prób Wilhelm przekupił duńską flotę, by wycofała się z Yorku na zimę. Ci zgodzili się i wrócili do ujścia rzeki Humber, by tam przezimować. Wilhelm mógł teraz ruszyć w kierunku Yorku. Odbudował tam zamki. Następnie kazał swoim siłom rozproszyć się i zniszczyć wszystko, co było przydatne do wyżywienia armii angielskiej i duńskiej. Skutkiem tego był powszechny głód, a mieszkańcy tych terenów albo wyjechali, albo umarli z głodu. To było niesławne nękanie północy przez Wilhelma. Rezultatem tego wszystkiego było poddanie się jego angielskich hrabiów i większości rebeliantów w Anglii. Nieliczne pozostałe grupy zostały szybko rozgromione przez armię Wilhelma. Ale jedna grupa okazała się bardziej uparta. Znajdowała się ona w Chester i po forsownym marszu w zimie William zaskoczył ich, zanim byli gotowi. Po ich kapitulacji zbudował tam jeszcze dwa zamki, po czym wrócił do Winchesteru.
Rządzenie Anglią i Normandią
Wilhelm już nigdy więcej nie musiał pustoszyć hrabstwa, jak to uczynił z Yorkshire. Poradził sobie z głównymi zagrożeniami dla jego rządów, ale niektóre z nich zostały rozwiązane tylko częściowo. Duńska flota powróciła w 1070 r., tym razem pod wodzą króla Swena. Dołączyli oni do małej grupy rebeliantów na wyspie Ely, którym przewodził Hereward the Wake. Wilhelm ponownie przekupił Duńczyków, by odeszli, a następnie rozprawił się z buntownikami. O Herewardzie nigdy więcej nie słyszano.
Wilhelm musiał teraz rządzić zarówno Anglią, jak i Normandią. Przekonał się, że musi być obecny, by utrzymać wszystko pod kontrolą. Gdy był w Normandii, w Anglii często wybuchały kłopoty. Kiedy jednak był w Anglii, Normandią rządziła jego żona Matylda. Ale Fulk Rechin, nowy hrabia Anjou, wyrwał Maine spod kontroli Wilhelma. Wilhelm musiał je odzyskać w 1073 roku.
W 1082 r. Wilhelm aresztował swojego przyrodniego brata Odo, biskupa Bayeux i hrabiego Kentu. Powody są niejasne, ale Odo próbował zebrać armię do marszu na Rzym. Planował zostać następnym papieżem. Wilhelm postawił go przed sądem na wyspie Wight. Poza innymi przestępstwami, Odo próbował także zebrać armię wśród żołnierzy Wilhelma. Jak podkreślił Wilhelm, byli oni potrzebni do obrony Anglii. Odo zaprotestował, że nawet król nie może go osądzić. Jako biskup mógł to zrobić tylko papież. Wilhelm odparł, że nie aresztuje biskupa, tylko swojego earla, którego pozostawił pod swoją nieobecność. Odo został uwięziony w Normandii do końca życia.
W 1083 r. królowa Matylda zmarła i została pochowana w Caen. Oboje byli sobie bardzo bliscy i nie zgadzali się jedynie w sprawie swojego syna Roberta Curthose. Robert wielokrotnie buntował się przeciwko swojemu ojcu, jednak utrzymywał kontakt z matką. To spowodowało rozdźwięk między nimi. Filip I z Francji uważał, że jego wasalowi trudno jest zostać królem jak on sam i dlatego żywił urazę do Wilhelma. Nie był wystarczająco silny, by samemu walczyć z Wilhelmem, więc gdy Robert Curthose zbuntował się przeciwko ojcu, król Filip mu pomógł.
Latem 1085 r. Wilhelm dowiedział się, że Kanut IV z Danii przygotowuje flotę do wyprawy przeciwko Anglii. Wilhelm powrócił do Anglii jesienią z wieloma żołnierzami. Musiał im zapłacić i nakarmić ich, co wiązało się z ogromnymi kosztami. Być może właśnie w tym czasie zdał sobie sprawę, że nie ma żadnych dokumentów dotyczących tego, co było mu należne jako królowi. Nie wiedział, czy zbiera wszystkie należne podatki.
Domesday Book
W 1085 r. na swoim bożonarodzeniowym dworze w Gloucester Wilhelm poprosił o przeprowadzenie wielkiego sondażu we wszystkich częściach Anglii. Król chciał wiedzieć, ilu ludzi mieszka w jego [królestwie|[realm]]. Chciał znać wielkość każdej posiadłości, wartość każdej z nich i wysokość dochodów, jakie przynosiła. Nigdy wcześniej w Anglii nie przeprowadzono takiego badania. Była ona wyjątkowa w swoich szczegółach i wkładzie w historię Anglii. Domesday Book była pierwszym publicznym zapisem w Anglii.
Tekst książki zmieścił się w dwóch tomach. Pierwszy z nich obejmował trzydzieści jeden hrabstw. Ze względu na swoje rozmiary nazwano go "Great Domesday". Drugi tom obejmował hrabstwa Essex, Norfolk i Suffolk i został nazwany "Little Domesday". Fakty były rejestrowane przez kilka paneli składających się z biskupów i earlów. Każdy panel zbierał informacje na temat kilku hrabstw. W dniu 1 sierpnia 1086 r. Wilhelm otrzymał duży zbiór pisemnych zapisów. Stało się to "Domesday Book", choć nie została ona oprawiona w księgi przez prawie kolejne stulecie.
Ostatnie lata
Wilhelm zmarł w Rouen we Francji na skutek obrażeń, które odniósł po upadku z konia, którego był właścicielem.
