Stacje metra znajdują się na Manhattanie, Brooklynie, Queens i Bronxie. Około 40% torów znajduje się na powierzchni ziemi, a pozostałe 60% pod ziemią. Każdego dnia około 5,076,000 osób korzysta z przejazdów metrem. 463 z 468 stacji systemu są zawsze otwarte.
Wiele stacji posiada "antresole". Są to poziomy stacji, na których płaci się opłatę za przejazd przed wejściem na perony metra. Każdy musi zapłacić opłatę za przejazd, aby wejść do systemu metra. Zazwyczaj znajdują się one pomiędzy poziomem ulicy a poziomem peronu.
Przy wielu wejściach i wyjściach ze stacji znajdują się latarnie. Na ich szczycie znajdują się kolorowe kule. Zielone kule zazwyczaj wskazują, że stacja jest otwarta przez cały dzień. Czerwone kulki mogą wskazywać na dwie rzeczy. Latarnia wejściowa z czerwoną kulą może wskazywać, że można na nią wejść tylko w ciągu dnia. Istnieją również czerwone lampy wyjazdowe, które wskazują, że stację można tylko opuścić. Niektóre kule nie pokazują właściwej informacji o wejściu lub wyjściu.
Większość stacji metra posiada perony dla oczekujących, które mają od 480 do 600 stóp (150 do 180 m) długości. Na tych peronach ludzie czekają na pociągi.
Wszystkie nowe stacje posiadają perony z klimatyzacją.
Na wielu stacjach znajdują się również dzieła sztuki na ścianach stacji metra.
Większość stacji zbudowano przed 1990 rokiem. Wtedy to nowe prawo mówiło, że wiele nowych budynków, takich jak stacje metra, powinno mieć windy i rampy, aby osoby na wózkach inwalidzkich mogły do nich wjechać.
MTA prowadzi program "Music Under New York" (MUNY) w metrze od 1987 roku. Ludzie muszą konkurować, aby otrzymać pozwolenie na granie muzyki na stacji. Obecnie w systemie metra jest ponad 100 muzyków i wykonawców.
Na 77 stacjach systemu znajduje się tylko 129 otwartych toalet.
Na niektórych peronach znajdują się również stoiska z gazetami. Sprzedają one wiele rzeczy, w tym gazety i żywność. Na niektórych stacjach znajdują się również sklepy.
