Samochody jednomiejscowe
W 1986 roku, Formuła 3000 została wprowadzona w Japonii. Mugen połączył siły z Hondą, aby zbudować silnik do F3000. Został on wprowadzony w sezonie 1987 i wydzierżawiony 14 zespołom. W 1988 roku, Mugen zdobył cztery z pięciu czołowych miejsc w japońskich mistrzostwach F3000. W 1989 roku Mugen rozpoczął starty w europejskich mistrzostwach F3000 z silnikiem MF308. Wygrał mistrzostwa z Jeanem Alesi prowadzącym Reynarda. W tym samym roku firma wyprodukowała swój własny prototypowy silnik 3,5 L V8 Formuły 1 o nazwie kodowej MF350.
W 1988 roku firma Mugen zaczęła tuningować silniki Hondy do użytku w Formule 3. Z Akihiko Nakayą wygrali japońską serię, a w 1990 roku rozszerzyli działalność na Europę. Firma Mugen zdobyła swoje pierwsze tytuły mistrzowskie w Formule 3 w Europie. Zdobyli tytuł we Francji z Ericiem Hélary oraz w Wielkiej Brytanii z Miką Häkkinenem. W 1991 roku tytuł zdobył również Rubens Barrichello.
Formuła 1
W 1991 roku firma Mugen zbudowała silniki Honda V10 dla Tyrrella. W 1992 roku zmieniono nazwę silnika na Mugen MF351H. Silnik ten był używany przez zespół Footwork w 1992 i 1993 roku.
W 1994 roku Mugen przeniósł się do Team Lotus z nowym Lotusem 109. Zespół był niedofinansowany, a podwozie 109 dotarło do niego z opóźnieniem. Samochód i jego silnik zdobył tylko jeden punkt. Pod koniec roku, Lotus został zamknięty.
W 1995 roku Mugen przeszedł do zespołu Ligier. W 1996 roku Mugen wygrał swój pierwszy wyścig Formuły 1. Silnik o pojemności 3,0 L, o nazwie kodowej MF301H, zwyciężył w 1996 roku w Grand Prix Monako, za kierownicą Oliviera Panisa.
Ligier został przejęty przez Alaina Prosta w 1997 roku i zmienił nazwę na Prost Grand Prix. Kiedy Prost zmienił silniki Peugeota w 1998 roku, Mugen zawarł dwuletnią umowę z Jordan Grand Prix. Sezon 1998 przyniósł 1-2 finisz na torze Spa-Francorchamps z Damonem Hillem i Ralfem Schumacherem.
W 1999 roku Heinz-Harald Frentzen wygrał dwa razy, a Jorden zakończył mistrzostwa konstuktorów na trzecim miejscu. W 2000 roku, Honda Motor Company ogłosiła, że powróci do Formuły 1. Honda będzie dostarczać własne silniki w 2000 roku z British American Racing. Pod koniec sezonu 2000, Mugen wycofał się z F1.
Wyścigi samochodów sportowych
W 1998 roku firma Mugen rozpoczęła wyścigi samochodów sportowych. Zbudowano kilka samochodów wyścigowych NSX. W 2000 r. zespół Mugen/Dome został mistrzem.
W 2001 roku, w JGTC, Mugen NSX wygrał dwa wyścigi. W czerwcu firma ogłosiła nowy silnik 4.0 L V8. Model MF408S został zbudowany dla głównej klasy prototypów w 24-godzinnym wyścigu Le Mans i American Le Mans Series.