Kres imperium babilońskiemu położył ostatecznie Cyrus Wielki z Persji.
W 549 r. p.n.e. Cyrus położył kres imperium Medów. Trzy lata później Cyrus został królem imperium Achemenidów (Persji) i był zaangażowany w kampanię w północnej Mezopotamii.
W 539 BC Cyrus najechał na Babilonię. W czerwcu pod Opis doszło do bitwy, w której Babilończycy zostali pokonani, a zaraz potem Sippara poddała się najeźdźcy. Dwa dni po zdobyciu Sippary "żołnierze Cyrusa wkroczyli do Babilonu bez walki". Cyrus przybył dopiero 3 marca (październik), a Gobryas zastępował go pod jego nieobecność. Gobryas został teraz namiestnikiem prowincji Babilon.
Cyrus twierdził teraz, że jest prawowitym następcą starożytnych królów babilońskich i mścicielem ich boga Bel-Marduka. Inwazja Cyrusa na Babilonię była bez wątpienia ułatwiona przez obecność zagranicznych przymusowych wygnańców, takich jak Żydzi, którzy zostali zasadzeni w środku kraju.
Jednym z pierwszych aktów Cyrusa było pozwolenie tym wygnańcom na powrót do swoich domów, z obrazami ich boga i świętymi naczyniami. Pozwolenie to zostało zawarte w proklamacji, w której zdobywca starał się uzasadnić swoje roszczenia do tronu babilońskiego. Wciąż silne było przekonanie, że nikt nie ma prawa rządzić zachodnią Azją, dopóki nie zostanie poświęcony na ten urząd przez Bela i jego kapłanów; dlatego Cyrus przyjął cesarski tytuł "króla Babilonu".