Po przeprowadzce do Los Angeles, Whedon otrzymał swoją pierwszą pracę pisarską przy serialu telewizyjnym Roseanne. Po kilku latach pracy nad scenariuszami filmowymi, powrócił do telewizji, gdzie stworzył trzy seriale. Joss miał kilka cameos (krótkich "zabawnych" występów) w swoich serialach Buffy, Angel i Firefly. Pojawił się także w jednym z odcinków Veronica Mars.
Mówi się, że Whedon jest pierwszym na świecie scenarzystą telewizyjnym w trzecim pokoleniu. Jego ojcem jest Tom Whedon, scenarzysta The Electric Company w latach 70. i The Golden Girls w latach 80. Jego dziadkiem jest John Whedon, scenarzysta The Donna Reed Show w latach 50. Jego brat, Zack Whedon, jest scenarzystą serialu HBO "Deadwood".
Buffy Pogromca Wampirów
Film Buffy the Vampire Slayer, nakręcony przez reżysera Frana Rubela Kuzui według scenariusza Whedona, nie został dobrze przyjęty przez krytyków i publiczność. Po latach Whedon ponownie podchwycił pomysł i przekształcił go w cieszący się ogromnym powodzeniem serial telewizyjny, również pod tytułem Buffy the Vampire Slayer.
Odcinek "Hush" (napisany przez Whedona) otrzymał nominację do nagrody Emmy za najlepszy scenariusz w serialu dramatycznym w 2000 roku. Innym odcinkiem, który otrzymał nominację do nagrody Emmy był "Once More, With Feeling", napisany i wyreżyserowany przez Whedona. Był to odcinek muzyczny, w którym aktorzy śpiewali i tańczyli.
Seria emitowana na The WB Network przez pięć sezonów, a następnie przeniósł się do UPN na jego ostatnich dwóch sezonów. Był to pierwszy serial w historii telewizji, który zmieniał sieci między sezonami bez anulowania, a następnie podchwycony przez inną sieć. Choć Buffy po raz pierwszy emitowany w poniedziałki o godzinie 21:00, od połowy drugiego sezonu prowadził we wtorki o godzinie 20:00. W odcinku muzycznym, Buffy czyni komentarz, "Dawn jest w tarapatach. Musi być wtorek."
Angel
Angel był spin-offem serialu Buffy the Vampire Slayer. Serial został nazwany po chłopaku Buffy, wampirze z duszą. Został stworzony przez Whedona i Davida Greenwalta. Tim Minear również pomagał w niektórych momentach. Po raz pierwszy pokazany we wrześniu 1999 roku na WB, seria była na po Buffy na wtorkowe wieczory. Kiedy Buffy zmieniła sieci w 2001 roku, Angel emitowany w różnych przedziałach czasowych. Ostatni odcinek serii miał więcej osób oglądających niż ostatni odcinek Buffy. Joss Whedon był krótko w serii jako postać "Numfar" w drugim sezonie. WB anulował serię w maju 2004 roku, gdy był w swoim piątym sezonie. Ponieważ Whedon nie planował zakończenia Angel, musiał zmienić fabułę i zakończenie zarówno ostatniego sezonu, jak i całego serialu.
Firefly
Serial Firefly nie poszedł gładko. Fox anulował go w 2002 roku, po wyemitowaniu tylko 11 z 14 odcinków i wyemitowaniu ich poza kolejnością. Oryginalny dwugodzinny pilot był ostatnim wyemitowanym odcinkiem. Kontrakt z Foxem nie pozwalał na pokazanie serialu przez inną sieć. Ze względu na sposób, w jaki Fox potraktował Firefly, Whedon powiedział, że nie będzie ponownie współpracował z Fox, pod żadnym pozorem.
Whedon pisał scenariusz filmowy o serialu Firefly dla Universal Studios. Kiedy serial telewizyjny ukazał się na DVD, jego sprzedaż była na tyle dobra, że film mógł zostać wyprodukowany. Na początku 2004 roku Whedon powiedział, że film o Firefly został zaakceptowany przez Universal, a zdjęcia rozpoczęły się w lipcu 2004 roku. Film, zatytułowany Serenity, trafił do kin w Stanach Zjednoczonych 30 września 2005 roku. Został on dobrze przyjęty przez krytyków i fanów, ale nie zarobił zbyt wiele pieniędzy w kinach.
Domek dla lalek
Chociaż Whedon powiedział, że nie będzie już pracował z Foxem, 1 listopada 2007 roku ogłoszono, że to się zmieniło. Whedon został zatrudniony do stworzenia siedmiu odcinków nowego serialu o nazwie Dollhouse z Elizą Dushku w roli głównej. Dushku i Whedon pracowali już wcześniej razem nad Buffy. Seria jest o ludziach, którzy mają wspomnienia, umiejętności, a nawet kompletne osobowości umieszczone w ich umysłach do specjalnych zadań. Po wykonaniu zadania ich umysły są wymazywane aż do następnego. Dollhouse opowiada historię postaci Dushku, Echo, która zaczyna przypominać sobie różne rzeczy o sobie, mimo że jej umysł jest ciągle wymazywany. Serial opowiada o tym, jak bohaterka stara się dowiedzieć, kim naprawdę jest.
Dollhouse został wyemitowany po raz pierwszy 13 lutego 2009 roku.