Mikropaleontologia (czasami określana również jako mikropaleontologia) jest działem paleontologii zajmującym się badaniem mikroskamieniałości. Mikroskamieniałości to skamieniałości na ogół nie większe niż cztery milimetry, zwykle poniżej jednego milimetra. Do ich obserwacji i identyfikacji używa się mikroskopu. W zapisie mikroskopowym reprezentowane jest niemal każde królestwo organizmów. Analiza mikroskamieniałości bywa pomocna przy rekonstrukcji dawnych środowisk i układów stratygraficznych.
Osoby zajmujące się tymi badaniami nazywane są mikropaleontologami. W mikropaleontologii istotne są metody systematyczne, na przykład taksonomia, oraz techniki ilościowe i analizy statystyczne, w tym zastosowania statystyki.
Mikroskamieniałości występują najczęściej w osadach powstających pod wodą, zwłaszcza w środowiskach oceanicznych oraz w wodach jeziornych. Bardzo stare mikroskamieniałości można znaleźć także w skamieniałościach i skałach osadowych (skale). Do oddzielania i oczyszczania mikroskamieniałości od matrycy stosuje się techniki mechaniczne i chemiczne. Na przykład skorupy okrzemków i niektórych innych organizmów są zbudowane z krzemionki; mniej trwałe składniki skały można czasem usunąć kwasem, pozostawiając odporne elementy kopalne.
Mikropaleontologię można podzielić na obszary badawcze w zależności od składu materiału kopalnego. Różne działy stosują odmienne techniki separacji i analizy, ponieważ mikroskamieniałości powstają z różnych minerałów:
- Dwutlenek krzemu, na przykład w powłokach okrzemków,
- Kreda, na przykład w łupinach kokolitów i foraminiferów,
- Fosforan, na przykład w kościach kręgowców,
- Związki organiczne, na przykład w pyłkach i zarodnikach.
Badania nad pyłkami i zarodnikami, obejmujące również ich formy kopalne, prowadzi specjalistyczna dziedzina zwana palynologią.
