Selekcja równoważąca odnosi się do procesów selektywnych, dzięki którym różne allele (różne wersje genu) są utrzymywane w puli genowej populacji z częstotliwością wyższą niż w przypadku mutacji genu.

Dzieje się tak zazwyczaj wtedy, gdy heterozygota dla danego genu ma wyższą względną sprawność niż homozygota. W ten sposób polimorfizm genetyczny jest zachowany.

Dowody na równoważącą się selekcję można znaleźć w liczbie alleli w populacji, które są utrzymywane powyżej częstotliwości mutacji. Wszystkie współczesne badania wykazały, że ta znacząca zmienność genetyczna jest powszechna w populacjach panmikularnych. Z doświadczeń Darwina, Wallace'a i innych wynika, że naturalne populacje żyjące na wolności są niezwykle zróżnicowane. Kolekcje muzealne pojedynczych gatunków opowiadają tę samą historię.

Istnieje kilka sposobów równoważenia selekcji w celu utrzymania polimorfizmu. Dwa główne i najczęściej badane to przewaga heterozygoty i selekcja zależna od częstotliwości.