Podczas tej ery zmiany klimatyczne były tak poważne, jak żadne inne w historii Ziemi. Z globalnej wysokiej temperatury na początku, nastąpiły trzy potężne epoki lodowcowe, z lodem głęboko w tropikach.
Spadek metanu
Istnieją wyraźne przesłanki, że w tej epoce nastąpił spadek metanu w atmosferze:
"Upadek metanu z dawniej wysokich poziomów w atmosferze archeanu prawdopodobnie odgrywa dużą rolę, nie tylko w historii utleniania, ale także w występowaniu paleoproterozoicznych epok lodowcowych. Dane wskazują na 2,4-2,3 mld lat temu jako gospodarza 'Wielkiego Zdarzenia Utleniania', podczas którego środowisko powierzchni Ziemi zmieniło się głęboko i nieodwracalnie".
Gromadzenie się tlenu
Tlen był produkowany przez sinice, ale w większości był zużywany przez chemiczne pochłaniacze. Były to nieutlenione siarka i żelazo. Do około 2,3 miliarda lat temu, tlen był prawdopodobnie tylko 1% do 2% jego obecnego poziomu. p323
Formacje żelaza pasmowego, które dostarczają większości rud żelaza na świecie, powstały w wyniku tworzenia przez tlen związków z żelazem; większość akumulacji ustała po 1,9 miliarda lat temu. Czerwone pokłady, które są zabarwione hematytem, wskazują na wzrost tlenu atmosferycznego po 2 miliardach lat temu; nie występują w starszych skałach. str. 324
Epoki lodowcowe
Były trzy wielkie epoki lodowcowe, z lodem sięgającym głęboko w tropiki. Niewątpliwie nastąpiły one w wyniku zmniejszenia ilości gazów cieplarnianych w atmosferze i wzrostu produkcji tlenu.
Istnieje to, co naukowcy nazywają "zagadkowy przedział ~ 1400 milionów lat bez zweryfikowanych zlodowaceń pomiędzy wczesnymi paleoproterozoicznymi zlodowaceniami w 2400-2200 mya w Ameryce Północnej, Południowej Afryce, Skandynawii i Australii a neoproterozoicznymi zlodowaceniami, które dotknęły wszystkie kontynenty w 800-600 mya".
Uderzenia meteorytów
Podczas tej ery miały miejsce duże uderzenia bolidów, z których dwa spowodowały największe kratery uderzeniowe na Ziemi. Istnieją również trzy mniejsze (o średnicy równej lub większej niż 30 km) w przedziale czasowym od 3,0 do 1,2 miliarda lat temu.