Floryda jest stanem biologicznie zróżnicowanym, z 3.500 rodzimymi roślinami naczyniowymi i 1.500 kręgowcami, wyższa liczba niż wszystkie z wyjątkiem trzech innych stanów. W badaniu przeprowadzonym w 2003 roku przez Organizację Narodów Zjednoczonych ds. Wyżywienia i Rolnictwa stwierdzono, że Cieśnina Floryda charakteryzuje się największą bioróżnorodnością w Oceanie Atlantyckim i jest domem dla 25 gatunków endemicznych.
Flora
Czerwony przypływ był również problemem na południowo-zachodnim wybrzeżu Florydy. Chociaż wiele osób zgadywało przyczynę zakwitu toksycznych glonów, nie ma dowodów na to, że jest on spowodowany zanieczyszczeniem lub że zwiększyła się długość lub częstotliwość występowania ognisk czerwonego przypływu.
Szkodniki kwiatowe
Rdzenna flora jest zagrożona przez różne rośliny inwazyjne, w tym pieprz brazylijski (Schinus terebinthifolius). Posiadanie i uprawa tego drzewa jest nielegalna. Duża liczba ochotników wycina tych najeźdźców, szczególnie wzdłuż dróg wodnych. Sosna australijska (Casuarina spp.) jest aktywnie atakowana.
Inne obce szkodniki to m.in. chrząszcz azjatycki (Xyleborus glabratus), który zagraża lokalnemu przemysłowi awokado i drzewom laurowym (Persea borbonia).
Nielegalny jest import gigantycznych afrykańskich ślimaków lądowych (achatina fulica). Zagrażają one budynkom, 500 rodzajom lokalnych roślin i niosą zapalenie opon mózgowych.
Fauna
Endemiczne gatunki na Florydzie to Florida Scrub Jay (Aphelocoma coerulescens), Miami blue (Cyclargus thomasi bethunebakeri), Okaloosa darter (Etheostoma okaloosae) i Key Deer (Odocoileus virginianus clavium).
Floryda jest popularnym celem obserwacji ptaków, ze względu na wiele gatunków, które można znaleźć w tym stanie w różnych porach roku. Towarzystwo Ornitologiczne Florydy prowadzi oficjalną państwową listę ptaków Florydy, która obecnie zawiera 498 gatunków. Badania opublikowane w 2003 r. przez Florida Fish and Wildlife Conservation Commission udokumentowały 196 gatunków ptaków, których rozmnażanie zostało potwierdzone w stanie, z dodatkowymi 19 gatunkami wymienionymi jako możliwe lub prawdopodobne hodowcy. Szlak Ptasiego Szlaku Wielkiej Florydy, o długości 2.000 mil (3.200 km), składa się z 489 miejsc w całym stanie, które są doskonałymi miejscami obserwacji.
Na Florydzie popularne jest również wędkowanie sportowe; na Florydzie można znaleźć ponad 250 różnych gatunków ryb (w tym 73 gatunki nierodzime). W wodach przybrzeżnych Florydy znajduje się ponad 1 000 gatunków ryb.
W 2010 r. NOAA, powołując się na ustawę Magnusona-Stevensa, zakazała połowów lucjanowatych czerwonych do czasu, gdy ludność będzie miała czas na odbudowę.
Atlantyckie wybrzeże Florydy jest domem dla jedynej rozległej rafy koralowej w kontynentalnych Stanach Zjednoczonych i trzeciej co do wielkości na świecie. Cały system rafowy w Florida Keys jest częścią Florida Keys National Marine Sanctuary, a duże części rafy są chronione jako część Biscayne National Park.
W 1977 roku rząd federalny umieścił aligatory na liście gatunków zagrożonych. Zostały one usunięte z listy gatunków zagrożonych w 1987 roku, a Floryda zezwoliła na polowania selektywne w 1988 roku.
Siedliska ptaków i żółwi
W 1987 r. w hrabstwie Brevard na Florydzie gościł ostatni członek wygasłego dziś wróbla z Dusky Seaside Sparrow. Odkąd w 1973 r. rozpoczęto wpisywanie zagrożonych gatunków na listę, wyginęły tylko dwa gatunki ptaków. Wydarzenie to stanowiło wyzwanie dla zapewnienia szybkiego rozwiązania innych problemów środowiskowych.
Floryda Scrub Jay jest od wielu lat uważana za zagrożoną, ponieważ gatunek ten ma charakter terytorialny i nie może przenieść się na lepsze tereny, gdy jego siedlisko jest zagrożone.
Gnieżdżące się plaże żółwi morskich głowonogów są chronione.
