W 1961 r. Honecker kierował budową muru berlińskiego. W 1971 roku rozpoczął polityczną walkę o władzę. Poparli go Sowieci, więc Honecker został nowym przywódcą, czyli sekretarzem generalnym Socjalistycznej Partii Jedności, zastępując Waltera Ulbrichta. W 1976 roku został również przewodniczącym Rady Państwa (Staatsratsvorsitzender).
Pod rządami Honeckera nastąpiła znaczna poprawa poziomu życia, mimo że NRD miała najwyższy poziom życia w krajach bloku wschodniego. Udostępniono więcej dóbr konsumpcyjnych i przyspieszono budowę nowych domów.
Chociaż Honecker był bardziej troskliwy wobec ludzi w kwestii dóbr i mieszkań, nie pozwalał na krytykę rządu. Najbardziej oczywistym sposobem, w jaki to pokazano, był mur berliński. Około 125 obywateli Niemiec Wschodnich zostało zabitych w tym okresie podczas próby przekroczenia granicy z Berlinem Zachodnim.
W stosunkach zagranicznych Honecker nigdy nie dopuściłby do powstania zjednoczonych Niemiec. Był bardzo lojalny wobec ZSRR, ale akceptował détente (czyli zaprzyjaźnienie się z krajami zachodnimi). Pod jego rządami Niemcy Wschodnie stały się nawet bardziej przyjazne dla Niemiec Zachodnich. We wrześniu 1987 r. został pierwszą wschodnioniemiecką głową państwa, która odwiedziła Niemcy Zachodnie.
W późnych latach 80-tych radziecki przywódca Michaił Gorbaczow wprowadził głasnost i pierestrojkę, reformy mające na celu liberalizację komunizmu. Honecker i rząd wschodnioniemiecki odmówili jednak wprowadzenia podobnych reform w DDR. W miarę jak ruch reformatorski rozprzestrzeniał się w Europie Środkowej i Wschodniej, dochodziło do demonstracji przeciwko rządowi wschodnioniemieckiemu. Największą z nich były poniedziałkowe demonstracje w Lipsku w 1989 roku. Pozostali przywódcy DDR postanowili pozbyć się Honeckera i zmusili go do rezygnacji 18 października 1989 roku. Egon Krenz przejął władzę w jego miejsce.
