Karol Darwin (1809-1882) był pierwszym, który stworzył ewolucyjne drzewo życia. Był bardzo ostrożny co do możliwości rekonstrukcji historii życia. W O pochodzeniu gatunków (1859) w rozdziale IV przedstawił abstrakcyjny diagram teoretycznego drzewa życia dla gatunków nienazwanego dużego rodzaju (patrz rysunek).
Według słów Darwina: "W ten sposób małe różnice, odróżniające odmiany tego samego gatunku, będą stale miały tendencję do zwiększania się, aż dojdą do zrównania się z większymi różnicami między gatunkami tego samego rodzaju, a nawet odrębnych rodzajów".
Jest to wzór rozgałęzienia bez nazw nadanych gatunkom, w przeciwieństwie do bardziej liniowego drzewa Ernsta Haeckela, które powstało wiele lat później.
W swoim podsumowaniu do sekcji zmienionej w 6. wydaniu z 1872 roku Darwin wyjaśnia swoje poglądy na temat drzewa życia:
Pokrewieństwo wszystkich istot z tej samej klasy było czasami przedstawiane jako wielkie drzewo. Wierzę, że to porównanie w dużej mierze mówi prawdę. Zielone i pączkujące gałązki mogą reprezentować istniejące gatunki, a te, które powstały w poprzednich latach, mogą reprezentować długą sukcesję wymarłych gatunków...
Kończyny podzielone na wielkie gałęzie, a te na mniejsze i mniejsze gałęzie, same były kiedyś, gdy drzewo było młode, pączkującymi gałązkami; a to połączenie dawnych i obecnych pąków przez rozgałęziające się gałęzie może dobrze przedstawiać klasyfikację wszystkich wymarłych i żyjących gatunków w grupach podrzędnych do grup.
Z wielu gałązek, które kwitły, gdy drzewo było zwykłym krzewem, tylko dwie lub trzy, teraz urosłe w wielkie gałęzie, jeszcze przetrwały i rodzą inne gałęzie; tak samo z gatunkami, które żyły podczas dawno minionych okresów geologicznych, bardzo niewiele pozostawiło żywych i zmodyfikowanych potomków. Od pierwszego wzrostu drzewa, wiele kończyn i gałęzi zbutwiało i odpadło; a te opadłe gałęzie różnej wielkości mogą reprezentować całe rzędy, rodziny i rodzaje, które nie mają obecnie żyjących przedstawicieli i które są nam znane tylko w stanie kopalnym.
Tak jak tu i ówdzie widzimy cienką, zwłóczoną gałązkę wyrastającą z rozwidlenia nisko w drzewie, a która przez jakiś przypadek była uprzywilejowana i jest wciąż żywa na swoim szczycie, tak od czasu do czasu widzimy zwierzę takie jak Ornithorhynchus (Platypus) lub Lepidosiren (południowoamerykańska płucnica), które w jakimś małym stopniu łączy przez swoje pokrewieństwo dwie duże gałęzie życia, i które najwyraźniej zostało ocalone od śmiertelnej konkurencji przez zamieszkanie w chronionej stacji.
Tak jak p±czki rodz± przez wzrost ¶wieże p±czki, a te, je¶li s± energiczne, rozgałęziaj± się i przewyższaj± na wszystkie strony wiele słabszych gałęzi, tak też, jak s±dzę, z pokolenia na pokolenie było z wielkim Drzewem Życia, które wypełnia swymi martwymi i połamanymi gałęziami skorupę ziemi i pokrywa powierzchnię swymi wiecznie rozgałęzionymi i pięknymi rozgałęzieniami.