Koniugacja bakteryjna to przenoszenie materiału genetycznego pomiędzy komórkami bakteryjnymi poprzez bezpośredni kontakt komórka-komórka lub poprzez połączenie mostkowe pomiędzy dwoma komórkami.
Koniugacja jest mechanizmem horyzontalnego transferu genów, podobnie jak transformacja i transdukcja, chociaż te dwa inne mechanizmy nie obejmują kontaktu komórka-komórka.
Koniugacja bakterii została odkryta przez laureatów Nagrody Nobla Joshuę Lederberga i Edwarda Tatuma. Wykazali oni, że bakteria Escherichia coli wchodzi w fazę płciową, podczas której może dzielić się informacją genetyczną.
Koniugacja bakterii jest często błędnie uważana za odpowiednik rozmnażania płciowego, ponieważ wiąże się z wymianą materiału genetycznego. Podczas koniugacji komórka dawcy dostarcza koniugatywny lub mobilizowalny element genetyczny, którym najczęściej jest plazmid lub transpozon. Większość plazmidów koniugacyjnych posiada systemy zapewniające, że komórka biorcy nie zawiera już podobnego elementu.
Przekazywana informacja genetyczna jest często korzystna dla biorcy. Korzyści mogą obejmować oporność na antybiotyki, tolerancję na ksenobiotyki lub zdolność do wykorzystywania nowych metabolitów. Takie korzystne plazmidy mogą być uważane za endosymbionty bakteryjne. Inne elementy mogą być jednak postrzegane jako pasożyty bakteryjne, a koniugacja jako mechanizm wyewoluowany przez nie w celu umożliwienia ich rozprzestrzeniania się.
