Handel między mieszkańcami Mogadiszu a innymi obszarami wzdłuż somalijskiego wybrzeża Afryki rozpoczął się już w I wieku. W X wieku na te tereny przybyli muzułmańscy kupcy z Półwyspu Arabskiego. Dzięki handlowi z nimi, islam rozprzestrzenił się w Somalii. Portugalczycy próbowali przejąć kontrolę nad miastem, ale im się to nie udało. W 1871 roku Barghash bin Said, sułtan Zanzibaru, przejął kontrolę nad miastem.
W 1892 roku Ali bin Said zezwolił Włochom na użytkowanie miasta. Włochy kupiły miasto w 1905 roku. Uczynili Mogadiscio (po włosku Mogadishu) stolicą Somalilandu Włoskiego. Włosi przejęli kontrolę nad terenami wokół miasta w 1919 roku po niewielkim oporze. Włoskie Mogadiscio z małej wioski z 1000 mieszkańców w 1890s do nowoczesnej stolicy w 1940 roku z prawie 100.000 osób (z których ponad 1/3 byli Włosi), że był drugi tylko do Asmara w Erytrei dla rozwoju wewnątrz Imperium Włoskiego.
Siły brytyjskie, które znajdowały się w Kenii podczas II wojny światowej, zdobyły Mogadiszu 26 lutego 1941 roku. Brytyjczycy rządzili miastem do czasu, gdy w 1952 roku ponownie oddali je pod kontrolę Włochom. Somalia stała się niepodległa w 1960 roku, a Mogadiszu było jej stolicą.
Siły rebeliantów wkroczyły do miasta i zajęły je w 1990 roku. Zmusiły one prezydenta Mohameda Siad Barre do rezygnacji i opuszczenia kraju w styczniu 1991 roku. Udał się on do Lagos w Nigerii. Niektórzy z rebeliantów powiedzieli, że nowym prezydentem został Ali Mahdi Muhammad. Inni mówili, że prezydentem został Mohamed Farrah Aidid. 9 grudnia 1992 roku w pobliżu Mogadiszu wylądowała grupa amerykańskich marines. Byli oni pierwszą częścią sił pokojowych ONZ podczas operacji "Przywrócić nadzieję", która udała się do kraju.