Wyspy są biedne, a gospodarka przeżywa kłopoty. Zanzibarianie żyją bardzo ciężko w porównaniu z kontynentem. W 2000 r. roczny dochód na głowę mieszkańca wynosił 220 USD.
W maju i czerwcu 2008 r. na Zanzibarze doszło do poważnej awarii systemu energetycznego, w wyniku której wyspa była pozbawiona prądu przez prawie miesiąc. Kolejna przerwa w dostawie prądu miała miejsce w okresie od grudnia 2009 r. do marca 2010 r. z powodu problemu z kablami podmorskimi i lokalną elektrownią. Doprowadziło to do poważnego i ciągłego wstrząsu dla kruchej gospodarki wyspy, która jest w dużym stopniu uzależniona od turystyki zagranicznej.
Goździki
Gospodarka Zanzibaru opiera się głównie na produkcji goździków (90% upraw na wyspie Pemba), które są głównym źródłem dochodów dewizowych. Eksport ucierpiał w wyniku spadku koniunktury na rynku goździków.
Goździk, pochodzący pierwotnie z Wysp Moluccan (Indonezja), został wprowadzony na Zanzibar przez sułtanów Omanu w pierwszej połowie XIX wieku. Zanzibar, głównie wyspa Pemba, był niegdyś wiodącym producentem goździków na świecie, ale od lat 70. roczna sprzedaż goździków spadła o 80%. Przemysł goździkowy na Zanzibarze został sparaliżowany przez szybko zmieniający się rynek światowy i międzynarodową konkurencję.
Nieudany eksperyment Tanzanii z socjalizmem w latach 60-tych i 70-tych, kiedy to rząd kontrolował ceny i eksport goździków, jest również czynnikiem. Obecnie Zanzibar zajmuje odległe trzecie miejsce, a Indonezja dostarcza 75% światowych goździków w porównaniu z 7% Zanzibaru.
Inne opcje
Zanzibar eksportuje przyprawy, wodorosty i delikatną rafię. Posiada również duże rybołówstwo i produkcję czółen.
Turystyka jest jednym z głównych źródeł dochodu w walutach obcych. W ostatnich latach powstało wiele nowych hoteli i ośrodków wypoczynkowych.
Rząd Zanzibaru zalegalizował kantory wymiany walut na wyspach. Efektem tego było zwiększenie dostępności towarów konsumpcyjnych. Rząd ustanowił również strefę wolnego portu. Stymuluje to handel i usługi pomocnicze. Istnieje system zarządzania reeksportem towarów.
Istnieje również możliwość poszukiwania ropy naftowej w Zanzibarze na wyspie Pemba. Ropa pomogłaby pobudzić gospodarkę Zanzibaru, ale istnieją spory dotyczące dywidendy pomiędzy kontynentalną częścią Tanzanii a Zanzibarem, przy czym ten ostatni twierdzi, że ropa powinna być wyłączona w sprawach unijnych. Norweski konsultant został wysłany do Zanzibaru, aby zbadać jego potencjał naftowy. []