Mikrobiologia medyczna, znana również jako '''mikrobiologia kliniczna''', zajmuje się badaniem mikrobów, takich jak bakterie, wirusy, grzyby i pasożyty, które wywołują choroby u ludzi, oraz ich rolą w chorobie.

Mikroby i gałąź mikrobiologii są najbardziej zbadane ze względu na ich wielkie znaczenie dla medycyny.

Mikrobiologia lekarska zajmuje się badaniem rozwoju i postępu choroby zakaźnej u pacjenta i w populacji ludzkiej (epidemiologia). Związana jest z badaniem patologii chorób i immunologii. Jest działem medycyny i mikrobiologii i obejmuje pięć nauk: bakteriologię, wirusologię, parazytologię, immunologię i mikologię.