Archeolodzy uważają, że gatunek ten przetrwał na Flores co najmniej do 12 000 lat temu. To czyni go najdłużej żyjącym nienowoczesnym człowiekiem. Żył on również dłużej niż neandertalczycy (H. neanderthalensis), którzy wyginęli około 24 000 lat temu.
Ze względu na głęboką, sąsiednią cieśninę, Flores pozostała odizolowana podczas ostatniej epoki lodowcowej. Z tego powodu odkrywcy H. floresiensis uważają, że gatunek ten, lub jego przodkowie, musieli dotrzeć na odizolowaną wyspę drogą wodną około 100 000 lat temu (lub, jeśli są to H. erectus, około 1 miliona lat temu).
Lokalna geologia sugeruje, że erupcja wulkanu na Flores około 12 000 lat temu była odpowiedzialna za koniec H. floresiensis i zwierząt, które żyły na wyspie. Słoń Stegodon również wyginął w tym czasie.
Opowieści o późniejszym przetrwaniu
Istnieją lokalne opowieści o tym, że na wyspie żyła mała rasa ludzi. Ebu Gogo byli małymi, włochatymi, ubogimi w język mieszkańcami jaskiń. Mówi się, że byli tam w czasie przybycia pierwszych portugalskich statków w XVI wieku. Twierdzi się, że istoty te istniały jeszcze pod koniec XIX wieku. Gerd van den Bergh, paleontolog pracujący ze skamieniałościami, zgłosił, że słyszał o Ebu Gogo dziesięć lat przed odkryciem skamieniałości. Na pobliskiej wyspie Sumatra pojawiły się doniesienia o humanoidzie o wzroście 1-1,5 m, Orang Pendek, który może być spokrewniony z H. floresiensis.