Klawiatury i Pedalboardy
Najczęściej spotykane organy Hammonda posiadają dwie klawiatury, które są nazywane przez organistów manuałami. Są one mniejszymi wersjami klawiatur fortepianowych, które są ułożone jedna na drugiej. Dzięki temu organista może grać na obu klawiaturach jednocześnie. Klawisze w manuałach organów Hammonda są lżejsze i łatwiejsze do naciśnięcia niż klawisze fortepianu. Ułatwia to organistom szybsze granie nut.
Pedalboard w organach Hammonda wygląda jak bardzo duża klawiatura fortepianu. Gra się na niej stopami i wydobywa się z niej bardzo nisko brzmiące dźwięki, tzw. nuty basowe.
Oba manuały i pedał mogą być grane w tym samym czasie, co ułatwia tworzenie złożonych dźwięków na organach.
Dyszle
Dźwięki wydawane przez manuały i pedalboard są kontrolowane za pomocą przełączników zwanych drawbarami. Możesz je wyciągnąć, aby dźwięk był głośniejszy, lub wcisnąć, aby dźwięk był cichszy. Każdy manuał ma dziewięć dyszli, które sterują różnymi częściami dźwięku. Dyszle po lewej stronie kontrolują niższe dźwięki, a dyszle po prawej stronie kontrolują wyższe dźwięki. Pedalboard posiada dwa dyszle i oba kontrolują niskie dźwięki.
Perkusja
Organy Hammonda posiadają funkcję zwaną "percussion", która pozwala na dodanie melodyjnych kliknięć do granej muzyki. Jest ona kontrolowana przez przełączniki znajdujące się w lewym górnym rogu organów. Perkusja dodaje harmoniczne do granych przez Ciebie melodii.
Vibrato i Chorus
Aby jeszcze bardziej zmienić brzmienie organów, istnieje pokrętło, które dodaje vibrato lub chorus do muzyki w zależności od tego jak jest obrócone. Vibrato jest bardzo małą zmianą wysokości dźwięku, która sprawia, że nuty brzmią jakby były "chybotliwe". Chorus dodaje dodatkowe nuty do nut, które grasz, aby dźwięk był bardziej "pełny".