Organ wodny lub hydrauliczny jest rodzajem organów piszczałkowych. Podobnie jak w przypadku organów piszczałkowych, dźwięk jest wytwarzany przez powietrze wydmuchiwane przez piszczałki, ale moc do wytwarzania podmuchu powietrza nie pochodzi z mieszków ani z prądu, jak w nowoczesnych organach, ale z wody, na przykład z wodospadu.
Hydraulika to wczesny rodzaj organów piszczałkowych, które były zasilane wodą. Został on wynaleziony w III wieku p.n.e., prawdopodobnie przez hellenistycznego naukowca Ctesibiusa z Aleksandrii. Był to pierwszy na świecie instrument klawiszowy. Wiele wieków później rozwinął się w nowoczesne organy piszczałkowe.
Działanie organów wodnych polega na tym, że woda i powietrze przenikają razem do aeolis kamery (komory wiatrowej). Tutaj woda i powietrze oddzielają się od siebie, a sprężone powietrze jest wpychane do wiatrołapu na górze aeolis kamery, aby wydmuchać piszczałki organów. Dwie perforowane "płyty rozpryskowe" lub "membrany" powstrzymują strumień wody przed przedostaniem się do piszczałek organów.
Woda, oddzielona od powietrza, opuszcza aeolis kamery z taką samą prędkością, z jaką wchodzi. Następnie napędza koło wodne, które z kolei napędza cylinder muzyczny i załączone ruchy. Aby uruchomić organy, włącza się kran nad piszczałką wejściową, a przy ciągłym przepływie wody organy grają aż do ponownego zamknięcia kranu.
W okresie renesansu wiele włoskich ogrodów posiadało organy wodne. Najsłynniejsze organy wodne z XVI wieku znajdowały się w Villa d'Este w Tivoli. Miał on około 6 metrów wysokości i zasilany był pięknym wodospadem. Potrafiły one grać automatycznie na trzech kawałkach, ale istniała też klawiatura.
