Pierwsze Narody Kanady żyły na Point Pelee przez długi czas. Było to jeszcze przed przybyciem Europejczyków, którzy skolonizowali ten obszar. Ludzie uważają, że ludzie żyli na największym stanowisku archeologicznym, które zostało znalezione na Point Pelee między 700 a 900 rokiem naszej ery. Point Pelee został nazwany przez dwóch księży w 1670 roku. Byli to ojcowie Dollier i Galinee. Słowo pelée jest francuskim słowem oznaczającym łysinę.
Przyrodnicy i myśliwi chcieli chronić ten obszar. Uważali, że bioróżnorodność ptaków wymaga ochrony przed zabudową tego terenu. Przed utworzeniem parku powstała grupa o nazwie Great Lakes Ornithological Society (Towarzystwo Ornitologiczne Wielkich Jezior). Badali oni migracje ptaków w tym rejonie. W 1915 roku zarekomendowali, aby Point Pelee stał się parkiem narodowym. Był to pierwszy park narodowy, który został utworzony w celu ochrony tego obszaru. To zmieniło sposób tworzenia parków narodowych. Kiedy park został utworzony, w okolicy było jeszcze wiele domków letniskowych i dwa hotele. Było tam również wiele gospodarstw i szkoła.
Wiele domków budowano jeszcze po utworzeniu parku narodowego. Po krachu na Wall Street w 1929 roku nie sprzedawano już więcej ziemi w parku. W latach 20-tych park miał plan rozwoju. Na terenie parku miała powstać autostrada. Począwszy od lat 60-tych, do parku zaczęło przyjeżdżać dużo ludzi. Point Pelee stał się parkiem narodowym, do którego pojechało najwięcej ludzi. W 1963 roku do Point Pelee wybrało się prawie 781 000 osób. Ponieważ wiele osób odwiedziło park, wiele z przyrody i dzikich zwierząt zostało zniszczonych. Rząd Kanady stwierdził, że z tego powodu Point Pelee nie powinien już być parkiem narodowym.
Po latach 80-tych rząd Kanady zaczął bardziej chronić ten obszar. Przestano pozwalać samochodom na dojeżdżanie do wierzchołka. Zamiast tego uruchomiono transport wahadłowy do wierzchołka. Zaczęto kupować wszystkie domki w parku i usuwać je. Usunięto ponad 350 budynków. Usunęli również dwie drogi. W 1989 roku, polowanie na kaczki nie było już dozwolone w parku. W 1991 roku rząd zaczął zabijać niektóre z jeleni w parku, aby chronić rośliny. Od tego czasu zabijano jelenie jeszcze kilka razy.
Point Pelee stał się rezerwatem ciemnego nieba w 2006 roku. Był to pierwszy park narodowy w Kanadzie, który stał się rezerwatem ciemnego nieba. W 2006 roku, fale z jeziora Erie zmyły wierzchołek. Po tym wydarzeniu, w 2007 roku, czubek pojawił się ponownie. Stało się tak, ponieważ poziom wody w jeziorze Erie obniżył się. Czubek zmienia się każdego roku, wydłużając się lub skracając. W 2017 roku pożar w Point Pelee spalił część terenów bagiennych. Spaleniu uległo około 125 hektarów.
