Na początku lat 50. uczył w École Normale. Następnie zaczął wykładać psychologię na Uniwersytecie w Lille. W 1954 roku Foucault opublikował swoją pierwszą książkę Maladie mentale et personnalité. W połowie lat 50. pracował na Uniwersytecie Warszawskim i na Uniwersytecie w Hamburgu.
W 1960 roku wrócił do Francji, gdzie został profesorem filozofii na Uniwersytecie w Clermont-Ferrand. W połowie lat 60-tych Foucault przeniósł się wraz z kochanką do Tunisu (w Afryce Północnej) i podjął pracę wykładowcy na Uniwersytecie w Tunisie. W 1966 roku opublikował książkę Les Mots et les choses (Porządek rzeczy), która cieszyła się dużą popularnością. W 1968 roku wrócił do Francji, gdzie opublikował L'archéologie du savoir (Archeologia wiedzy).
Pod koniec lat 60-tych, po wielkich protestach i zamieszkach studenckich we Francji, rząd francuski utworzył nowy eksperymentalny uniwersytet w Vincennes. Foucault został pierwszym kierownikiem jego wydziału filozofii. Foucault przyłączył się do studentów, którzy zajęli budynki administracji i walczyli z policją.
W 1970 roku Foucault został profesorem historii systemów myślowych w Collège de France. Jego zaangażowanie polityczne teraz wzrosło. Jego kochanek Defert wstąpił do ultra-maoistycznej Gauche Proletarienne (GP). Foucault napisał wtedy Surveiller et Punir (Dyscyplinować i karać), o więzieniach i szkołach.
