Chris Martin, wokalista Coldplay powiedział, że inspiracją do napisania "Trouble" było jego własne zachowanie. Martin powiedział, że "w naszym zespole działy się złe rzeczy ... piosenka jest o złym zachowaniu wobec kogoś, kogo naprawdę kochasz, a ja z pewnością robiłem to w stosunku do niektórych członków zespołu." Czterej członkowie Coldplay są przypisywani jako współautorzy utworu "Trouble". Jednak, był on oparty na pomyśle Martina.
Brytyjski producent płytowy Ken Nelson wyprodukował wraz z zespołem utwór "Trouble" na ich pierwszy album Parachutes. Piosenka została nagrana cztery razy, zanim zespół otrzymał nagranie, które najbardziej im się podobało. Zespół zdecydował, że pierwsze trzy wersje nie "działają". Ostatnie ujęcie zostało nagrane w Pro Tools z użyciem shakera. Zostało to zrobione w celu nadania rytmu utworowi. Na podkładach Will Champion zagrał na perkusji, a Martin na pianinie. Została ona nagrana w małym drewnianym pokoju. Guy Berryman nagrał bas, a następnie gitarzysta Jonny Buckland dodał sekcję gitarową. Podczas nagrywania fortepianowej części utworu zespół użył dwóch mikrofonów. Nelson, który chciał zachować prostotę utworu, wybrał do miksowania mikrofon, który miał pełniejsze brzmienie.
"Trouble" został zmiksowany w Nowym Jorku przez amerykańskiego inżyniera miksu Michaela Brauera. Pierwsza zmiksowana wersja została odesłana do zespołu i Nelsona. Nie była ona jednak tak dobra, jak sobie tego życzyli i musiała być zmiksowana ponownie. Nelson znalazł w tej wersji kilka problemów. Mimo to nie obwiniał Brauera, ponieważ nie był on obecny podczas miksowania. Wynikało to z faktu, że w tym czasie nagrywali płytę.
