Protein Data Bank
Protein Data Bank (PDB) jest zbiorem informacji o trójwymiarowej (3-D) strukturze dużych cząsteczek biologicznych, takich jak białka i kwasy nukleinowe. Biolodzy i biochemicy z całego świata przesyłają dane. Większość danych pochodzi z krystalografii rentgenowskiej lub spektroskopii NMR. Każdy może uzyskać dostęp do PDB za darmo online. PDB zarządzany jest przez Worldwide Protein Data Bank, wwPDB.
PDB jest przydatna dla naukowców badających biologię strukturalną i genomikę strukturalną. Wielu naukowców musi przesyłać swoje informacje do bazy danych. Główne czasopisma naukowe i niektóre agencje finansujące, takie jak National Institutes of Health w Stanach Zjednoczonych, mają zasady nakazujące naukowcom przesyłanie danych do PDB. PDB posiada oryginalne lub pierwotne dane. Setki innych baz danych ponownie wykorzystują te dane. Te wtórne bazy danych organizują informacje w różny sposób. Na przykład, zarówno SCOP jak i CATH umieszczają struktury w grupach zorganizowanych według typu struktury i pomysłów na to, jak są one powiązane na drodze ewolucji. Ontologia genów umieszcza dane w grupach opartych na genach.
Powiązane strony
- Baza danych ruchów molekularnych
- The Worldwide Protein Data Bank (wwPDB) - strona macierzysta dla hostów regionalnych (poniżej)
- RCSB Protein Data Bank (USA)
- PDBe (Europa)
- PDBj (Japonia)
- BMRB, Bank Danych Biologicznego Rezonansu Magnetycznego (USA)
- Dokumentacja wwPDB - dokumentacja dotycząca formatów plików PDB i PDBML
- Patrząc na struktury - Wprowadzenie do krystalografii RCSB
- PDBsum Home Page - Wyciąga dane z innych baz danych o strukturach PDB.
- Nucleic Acid Database, NDB - lustro PDB przeznaczone specjalnie do wyszukiwania kwasów nukleinowych
- Szkolenie wprowadzające do PDB sponsorowane przez PDB
Pytania i odpowiedzi
P: Czym jest Bank Danych Białek (PDB)?
O: Protein Data Bank (PDB) to zbiór informacji na temat trójwymiarowej (3-D) struktury dużych cząsteczek biologicznych, takich jak białka i kwasy nukleinowe.
P: Skąd pochodzą dane zawarte w PDB?
O: Większość danych pochodzi z krystalografii rentgenowskiej lub spektroskopii NMR.
P: Kto przesyła dane do PDB?
O: Dane przesyłają biolodzy i biochemicy z całego świata.
P: Czy każdy może uzyskać dostęp do PDB?
O: Tak, każdy może uzyskać dostęp do PDB za darmo online.
P: Kto zarządza PDB?
O: PDB jest zarządzany przez Worldwide Protein Data Bank (wwPDB).
P: Dlaczego PDB jest przydatny dla naukowców?
O: PDB jest przydatny dla naukowców badających biologię strukturalną i genomikę strukturalną.
P: Kto przesyła informacje do PDB?
O: Wielu naukowców musi przesyłać swoje informacje do bazy danych. Główne czasopisma naukowe i niektóre agencje finansujące, takie jak National Institutes of Health w Stanach Zjednoczonych, mają zasady nakazujące naukowcom przesyłanie danych do PDB.
