Został wybrany bez konkursu jako jedyny kandydat i 3 grudnia 1976 r. został prezydentem Irlandii.
Po 1982 roku ludzie uważali, że był bardzo dobrym i uczciwym prezydentem. Wcześniej był spisywany na straty jako nudny i nieciekawy. W 1982 roku Taoiseach, Garret FitzGerald z Fine Gael, przegrał głosowanie w Dáil Eireann. Dr Fitzgerald poprosił o rozpisanie wyborów powszechnych. Jako prezydent nie musiał się na to zgodzić, a dr Fitzgerald musiałby zrezygnować. Oznaczało to, że Dáil Éireann może wybrać Charlesa Haugheya na Taoiseacha. Hillery uważał, że nowe wybory są najlepszym rozwiązaniem, ale wielu ludzi z własnej partii prezydenta próbowało go przekonać, że jest inaczej.
Prezydent Hillery odmówił rozmowy z jakimikolwiek politykami partii opozycyjnych, ale kiedy Charles Haughey, który był liderem opozycji, zadzwonił do Biura Prezydenta, zagroził, że zakończy karierę oficera armii, który odpowiedział i odmówił na wyraźne polecenie Hillery'ego, aby połączyć rozmowę z prezydentem. Hillery zadzwonił do irlandzkiej armii szefa sztabu następnego dnia i jako głównodowodzący armii nakazał szefowi sztabu upewnić się, że żaden polityk nigdy nie ingerował w karierę młodego oficera armii.
W 1983 roku Hillery został ponownie wybrany bez sprzeciwu. Hillery opuścił urząd w 1990 r. (pełnił go maksymalnie przez dwie kadencje), powszechnie oklaskiwany za swoją prawość, uczciwość i oddanie obowiązkom. Jednak ponownie wkroczył do życia publicznego w 2002 roku podczas drugiego referendum w sprawie Traktatu Nicejskiego, kiedy to namawiał do głosowania na "tak". Referendum zakończyło się wynikiem pozytywnym.