Pod koniec 1999 roku, Jimmy Wales zaczął myśleć o encyklopedii online zbudowanej przez wolontariuszy. W styczniu 2000 roku zatrudnił Larry'ego Sangera do zarządzania nią. Projekt ruszył w sieci 9 marca 2000 roku. Do listopada 2000 roku opublikowano tylko dwa pełne artykuły.
Od samego początku Nupedia była encyklopedią o wolnej treści. Bomis, firma Jimmy'ego Walesa, zamierzała zarabiać pieniądze z reklam na stronie Nupedii. Na początku projekt używał licencji, którą wymyślili Wales i Sanger. Później zaczął używać licencji Nupedia Open Content License. W styczniu 2001 roku przeszedł na licencję GNU Free Documentation License. Stało się tak, ponieważ Richard Stallman i Fundacja Wolnego Oprogramowania powiedzieli, że powinni to zrobić.
Również w styczniu 2001 roku, Nupedia uruchomiła Wikipedię. Na początku nie miała to być encyklopedia. Był to raczej projekt poboczny, pozwalający ludziom pracować nad artykułami dla Nupedii, zanim zostaną one poddane wzajemnej weryfikacji. W miarę jak Wikipedia stawała się coraz większa i przyciągała nowych użytkowników, zaczęła działać bez Nupedii. Jednak to Larry Sanger jako pierwszy kierował pracami w Wikipedii. Stało się tak, ponieważ był on głównym redaktorem Nupedii.
Wikipedia doprowadziła do stopniowego zamknięcia Nupedii. W grudniu 2001 roku Jimmy Wales postanowił przestać płacić Sangerowi. Sanger opuścił wtedy zarówno Nupedię, jak i Wikipedię. Po odejściu Sangera, Nupedia stała się jeszcze mniej zauważalna niż Wikipedia. Ponieważ Nupedia była coraz rzadziej używana, czasami pojawiał się pomysł zamiany jej artykułów na artykuły Wikipedii. Nigdy jednak tego nie zrobiono. Po jej zamknięciu, artykuły z Nupedii zostały przeniesione do Wikipedii.
