Naruto Uzumaki
Tytułowy bohater, który jest członkiem Zespołu 7 i Jinchuriki z Kurama Dziewięć Ogonów, z ambicjami zostania Hokage, aby zdobyć szacunek mieszkańców i chronić wszystkich. W trakcie serii, ujawniony jako potomek Asura Otsutsuki, którego chakrę i wytrzymałość odziedziczył, Naruto zaprzyjaźnia się z wieloma obcymi i ludźmi Konohy i w końcu zyskuje spory pozytywny wpływ na ich życie do punktu, w którym zyskuje światową sławę. Naruto w końcu osiąga swoje marzenie o zostaniu Hokage i założeniu rodziny z Hinatą Hyuga i ich dziećmi Boruto i Himawari.
Sasuke Uchiha
Deuteragonista serii, który jest członkiem Zespołu 7 i ocalałym członkiem klanu Uchiha, potężnego klanu ninja wywodzącego się od Indry Otsutsuki, znanego z oczu Sharingana. Jedynym pragnieniem Sasuke jest pomszczenie swojego klanu, co ostatecznie prowadzi go do odwrócenia się od Ukrytego Liścia po poznaniu prawdy aż do Czwartej Wielkiej Wojny Ninja. Po wydarzeniach z Boruto, straciwszy rękę, Sasuke stał się wędrownym mścicielem badającym wpływ klanu Otsutsuki na świat, jednocześnie pomagając Konohagakure.
Sakura Haruno
Jedna z przyjaciółek Naruto i żeńska członkini Drużyny 7, służąca jako medyk ninja grupy po tym, jak została wyszkolona przez Tsunade. Sakura początkowo była zauroczona Sasuke, a jednocześnie niechętnie odnosiła się do Naruto, stopniowo postrzegając go jako przyjaciela, a w końcu poślubiła Sasuke i wychowała ich córkę Saradę.
Kakashi Hatake
Przywódca i sensei Drużyny 7/Team Kakashi, wcześniej uczeń ojca Naruto - Minato i zdobywca sharigana od swojego kolegi z drużyny - Obito Uchiha. Po Czwartej Wielkiej Wojnie Ninja, Kakashi został Szóstym Hokage i rządził Konohą przez wiele lat, zanim abdykował na rzecz Naruto.
Sai
Ninja, który zajął miejsce Sasuke w Drużynie Kakashiego w części II, zdolny do ożywiania jego rysunków. Początkowo wychowywany jako pozbawiony emocji dron przez nadzorcę Fundacji, Danzo Shimurę, Sai zaczyna stawać się bardziej społeczny jak on, Naruto i Sakura osiągają porozumienie. W epilogu serii, Sai kończy się małżeństwem z Yamanaką i wychowywaniem syna Inojina obok swojej żony Ino.
Yamato
Członek ANBU, który stał się drugorzędnym przywódcą w Drużynie Kakashiego. Ujawnił, że stracił swoją oryginalną tożsamość w wyniku eksperymentów Orochimaru, które przeprowadził na nim w dzieciństwie, aby odtworzyć styl drewna Hashiramy. Ze względu na posiadanie komórek Hashiramy, Yamato okazał się niezbędny do ujarzmienia Dziewięciu Ogonów, gdy Naruto miał zostać pochłonięty przez chakrę ogoniastej bestii.
Hidden Leaf Village
Iruka Umino
Instruktor w Akademii Ninja, który stracił rodziców na rzecz Kuramy w dzieciństwie, co sprawiło, że czuł się niezręcznie będąc nauczycielem Naruto, pomimo decyzji Trzeciego Hokage, ze względu na ich podobne pochodzenie. Iruka kończy jako pierwsza osoba, która uznała Naruto, stając się dla chłopca postacią ojca.
Konohamaru Sarutobi
Wnuk Trzeciego Hokage, który patrzy na Naruto jako mentora w tym dążeniu do zostania Hokage, naśladując jego etykę pracy, determinację i charakterystyczne jutsu, takie jak Rasengan i Sexy Jutsu, wśród wielu innych technik. Konohamaru nalega jednak, że będzie on tylko stać się Hokage po Naruto został Hokage pierwszy. Przez wydarzenia z epilogu serii, Konohamaru awansował do rangi jonina i stał się mentorem dla syna Naruto, Boruto.
Hinata Hyuga
Jedna z przyjaciółek Naruto i członkini klanu Hyuga, potężnego klanu ninja wywodzącego się od Hamury Otsutsuki, znanego z posiadania oczu Byakugana. Choć była pierworodną córką głównego domu, nieśmiałość Hinaty i jej niezdolność do bronienia się spowodowały, że została wyrzucona przez ojca Hiashi i zastąpiona młodszą siostrą Hanabi. Hinata została umieszczona w opiece Kurenai Yuhi, stając się jej uczniem gennin obok Kiba Inuzaka i Shino Abarame jako członkowie zespołu 8. Hinata również stopniowo rozwijała uczucia do Naruto, którego własna determinacja zainspirowała ją do zdobycia zaufania do siebie, zanim w końcu wyznała mu miłość. Hinata poślubia Naruto i mają dwoje dzieci przez epilog serii.
Zespół Asuma
Wcześniej znani jako Drużyna 10, składają się z syna Trzeciego Hokage, Asamy Sarutobiego i jego trzech uczniów: Shikamaru Nara, rywala Sakury, Ino Yamanaki i Choji Akimichi. Shikamaru i jego przyjaciele są również obecni spadkobiercy moniker "Ino-Shika-Cho", ich klany są bliskimi sojusznikami. Podczas części II, Asuma zostaje zabity przez członka Akatsuki, Hidana, a Shikamaru mści się na swoim mentorze, stając się liderem grupy. W epilogu serii, honorując swoją obietnicę opiekowania się córką Asumy, Mirai Sarutobi, Shikamaru i jego przyjaciele pobrali się i wychowują swoje dzieci: Shikadai Nara, Chocho Akimichi i Inojin Yamanaka jako następna grupa "Ino-Shika-Cho".
Team Guy
Drużyna ninja składająca się z rywala Kakashiego, Might Guya i jego trzech uczniów: Rock Lee, kuzynki Hinaty, Neji Hyugi i Tenten. Są o rok starsi od pozostałych genninów Ukrytego Liścia, ponieważ Guy chciał poczekać rok, zanim będą mogli przystąpić do testu na awans w randze ninja i zostać Chuninem. Pod koniec serii, Neji poświęcił się, aby uratować Naruto i Hinatę, podczas gdy cirital szkody Guy wziął w jego ostatecznym ataku zmusił go do wcześniejszej emerytury.
Jiraiya
Mentor Naruto i jeden z Trzech Legendarnych Sanninów, uczniów Trzeciego Hokage, który zyskał niesławę dzięki przeżyciu w walce z Hanzo Salamandry Ukrytego Deszczu. Jest również znany jako "Mędrzec Ropuch" za to, że nauczył się Sage jutsu z dróg Mt. Myobu, po tym jak został poinformowany przez starszego, że jego uczeń stanie się zbawcą świata, a także "perwersyjny mędrzec" przez Naruto za to, że jest otwarcie lubieżnym autorem serii bestsellerowych powieści romansowych dla dorosłych. Napisał również epicką "Tale of the Gutsy Ninja", z Naruto nazwany na cześć swojego bohatera. Podczas części I, wziął Naruto jako swojego ucznia przed opuszczeniem go w części II, by zbadać Akatsuki i nauczyć się, że jest prowadzony przez jego byłego ucznia Nagato. Jiraiya umiera walcząc podczas wysyłania wiadomości, aby dać Ukrytemu Liściowi szansę przeciwko Nagato, wierząc, że Naruto jest dzieckiem z przepowiedni Starszej Ropuchy.
Hokage
Termin Hokage odnosi się do tytułu przywódcy Konohagakure, w sumie jest ich siedmiu w całej serii, których podobizny są wyryte w formacji skalnej górującej nad Konohagakure.
- Hashirama Senju, Pierwszy Hokage, jest współzałożycielem Konohagakure i byłym przywódcą klanu Senju. Doświadczywszy w dzieciństwie okresu Walczących Państw, Hashirama chciał zakończyć konflikt i nawiązał przyjaźń z Madarą Uchiha, zanim młodzi uznali ich za wrogów. Później Hashirama przekonał Madarę, by ich klany zawarły pokój podczas poszukiwania Konohy. Hashirama później zmarł, będąc dwukrotnie wskrzeszony przez Orochimaru w całej serii.
- Tobirama Senju, Drugi Hokagem jest młodszym bratem Hashiramy i nauczycielem Hiruzena Sarutobi, który był uważany za Hokage, który stworzył infrastrukturę Ukrytego Liścia wraz z różnymi jutsu, które obejmują Shadow Clone Jutsu i kontrowersyjne Reanimation Jutsu, które skończyło się poddane przez Orochimaru.
- Hiruzen Sarutobi, Trzeci Hokage, jest pierwszym Hokage przedstawionym w serii. W całej serii, działa jako źródło mądrości dla młodszych pokoleń; i od początku, jest jedną z niewielu postaci, które traktują Naruto jako osobę, a nie jinchuriki. Jest także mentorem Legendarnego Sannina, zabitego przez swojego krnąbrnego ucznia podczas używania Pieczęci Śmierci Żniwiarza, by uwięzić jego duszę i jego trzech poprzedników w żołądku żniwiarza wraz z częścią duszy Orochimaru. Podczas Czwartej Wielkiej Wojny Ninja, Orochimaru uwalnia duszę Hiruzena z Pieczęci Śmierci i wskrzesza go, by Sasuke mógł potwierdzić wydarzenia związane z masakrą klanu Uchiha. Później bierze udział w walce z Obito i Madarą wraz z innymi wskrzeszonymi Hokage, zanim zostanie uśpiony po porażce Kaguyi.
- Minato Namikaze, Czwarty Hokage, jest ojcem Naruto Uzumaki, który jest także nauczycielem Kakashiego i uczniem Jiraiyi, który udoskonalił teleportacyjne Jutsu Tobiramy "Latający Bóg Gromu". Przed rozpoczęciem serii, po walce z Tobi, Minato sączy chakrę Yin Kuramy, aby osłabić bestię, która ma zostać zapieczętowana w ciele Naruto w akcie ofiarnym, aby tylko jego syn miał dostęp do chakry yang Dziewięć Ogonów. Ożywiony lata później jako Jinchuriki Dziewięciu Ogonów przez Orochimaru, Minato połączył się z Naruto i ostatecznie przeniósł chakrę yin Dziewięciu Ogonów do swojego syna przed powrotem w zaświaty.
- Tsunade, Piąta Hokage, jest Hokage przez większość serii, będąc wyglądem Trzeciej Hokage i członkiem klanu Senju przez jej dziadka Hashiramę, który posiada nadludzką siłę i używa techniki transformacji, aby utrzymać jej młody wygląd. Tsunade początkowo nie chciała mieć żadnego związku z Hokage, ponieważ jej młodszy brat Nawaki i jej chłopak Dan Kato obaj zginęli realizując to marzenie. Ale odzyskuje wiarę po spotkaniu z Naruto Uzumaki i staje się Hokage podczas przekazywania jej umiejętności do Sakury i Ino. Pod koniec serii, Tsunade przechodzi na emeryturę pod koniec Czwartej Wielkiej Wojny Ninja i nadaje tytuł Hokage Kakashiemu.
Danzo Shimura
Mieszkaniec Ukrytego Liścia, przywódca Fundacji, tajnej organizacji, która w tajemnicy czuwa nad bezpieczeństwem jego wioski, a także nad jego osobistym celem zostania Hokage. Uważając Hiruzena i jego następców za słabych, Danzo doprowadził do wielu wydarzeń, w tym do masakry Uchiha, zwerbowania Orochimaru do przeszczepienia mu prawego ramienia z wieloma oczami Sharingana i komórkami Hashiramy. Choć Danzo został mianowany p.o. kandydata na Szóstego Hokage podczas śpiączki Tsunade, został śmiertelnie ranny przez Sasuke, a jego śmierć doprowadziła do rozwiązania Fundacji w następstwie Czwartej Wielkiej Wojny Ninja.
Antagoniści
Zabuza Momochi
Jeden z pierwszych przeciwników Naruto i były członek Siedmiu Mieczników Ukrytej Mgły, grupy ninja, którzy w walce używają szczególnie dużych mieczy. Znany z tego, że zabił całą swoją klasę w ramach rytuału ukończenia szkoły, Zabuza posiada wielki miecz zwany Ostrzem Kata, który potrafi naprawiać się poprzez wchłanianie żelaza z krwi. Zabuza i jego uczeń Haku, posiadacz Ice-Style Kekkei Genkai, kończy się zbójecki ninja po nieudanym zamachu stanu z czwartego Mizukage i stać najemnych zabójców do finansowania innej próby pod zatrudnieniem szefa przestępczości nazwie Gato. Ale spotkanie z Team 7, a zdradzony przez Gato, spowodowało śmierć Zabuzy, jak on i Haku zostały wskrzeszone przez Kabuto podczas czwartej Wielkiej Wojny Ninja.
Orochimaru
Przestępca, który służył jako główny czarny charakter w części I, pokrzywdzony uczeń Hiruzena, który wcześniej dołączył do Akatsuki i związał się z Danzo. Pragnienie Orochimaru do nieśmiertelności, aby móc nauczyć się każdego istniejącego justu, doprowadziło go do eksperymentowania na swoich kolegach ninja, zanim założył własną wioskę ninja, Wioskę Ukrytego Dźwięku, jako osobiste laboratorium, w którym kontynuował swoją pracę, gromadząc jednocześnie osobistą armię do zniszczenia Konohy. Jego technika nieśmiertelności polega na przenoszeniu swojej świadomości między różnymi ciałami gospodarzy co kilka lat, a jego intencją jest zdobycie ciała Sasuke Uchiha, co jest jego motywacją przez większość serii. Po zakończeniu części II, pod nadzorem Yamato, Orochimaru wyrzekł się swojej osobistej wojny przeciwko Wiosce Ukrytego Liścia, tworząc Mitsuki.
Kabuto Yakushi
Prawa ręka i szpieg Orochimaru, biegły w medycznym ninjutsu na tyle, by manipulować komórkami. Kabuto był początkowo infiltratorem Fundacji, który nie pamiętał swojej przeszłości i został przyjęty przez Orochimaru, gdy Danzo uznał go za zagrożenie dla bezpieczeństwa, Kabuto wykorzystuje swoje umiejętności do zbierania informacji na temat różnych grup w imieniu Orochimaru. Po tym jak Orochimaru został pokonany, Kabuto decyduje się zostać mistrzem swojego przeznaczenia poprzez opanowanie Snake Sage jutsu, podczas gdy integruje niektóre ze szczątków Orochimaru do swojego ciała wraz z próbkami DNA Sound Five, Jugo, Suigetsu i Karin. Kabuto doskonali również Reanimation Jutsu, wymuszając sojusz z Tobi i Sasuke jako zapłatę za jego powierzchnie. Ale Kabuto kończy się pokonany i ponownie oceniając swoje wybory życiowe, jak on decyduje się uratować Sasuke. W następstwie wojny, obserwowany przez Ukryty Liść, Kabuto powrócił do prowadzenia sierocińca, w którym przebywał jako dziecko wraz ze swoim adoptowanym bratem Urushi.
Itachi Uchiha
Wywodzący się z Ukrytego Liścia ninja, który dołączył do Akatsuki po wymordowaniu swojego klanu, został przedstawiony jako czarny charakter. Jednak po sekcji zwłok okazuje się, że Itachi jest lojalny wobec Ukrytego Liścia i zabił swoją rodzinę tylko dlatego, że grozili zamachem stanu na rozkaz Danzo, a Tobi mu pomagał. Itachi przyjmuje zadanie pod warunkiem, że Sasuke zostanie oszczędzony, planując, że Sasuke go zabije. Itachi utrzymuje swoją lojalność wobec Ukrytego Liścia, potajemnie szpiegując Akatsuki, będąc partnerem Kisame, gdy był członkiem.
Akatsuki
Główna siła antagonistyczna drugiej części serii Naruto, została założona przez uczniów Jiraiyi - Yahiko, Nagato i Konan - jako grupa pokojowa w Ukrytym Deszczu, zanim tragedia zaaranżowana przez Danzo pozwoliła Tobiemu przemianować ją na najemników złożonych z nieuczciwych ninja. Akatsuki, z Nagato teraz jako lider zakładający, że ich celem jest zmuszenie wszystkich do zrozumienia cierpienia w imię prawdziwego pokoju, działa na Projekt Madary Tsuki no Me (Oko Księżyca), aby nakarmić ogoniaste bestie do posągu Gedo i rzucić nieskończone Tsukiyomi, aby podporządkować sobie całą ludzkość.
- Nagato, znany głównie pod pseudonimem Pain z oczami Madary wszczepionymi mu, gdy był dzieckiem, jest figurantem Akatsuki i partnerem Konana. Ból", który jest najczęściej widziany w serii i używany jest Deva Path, który jest w rzeczywistości trupem Nagato zmarłego przyjaciela Yahiko, który był liderem założycielskim Akatsuki z nimi i Konan jest sierotami wojennymi, które nauczyły się ninjutsu od Jiraiya. Po tym jak został okaleczony po śmierci Yahiko, Nagato używa sześciu zmodyfikowanych ciał znanych jako Sześć Ścieżek Bólu jako zastępców, z których każdy używa jednej szóstej jego pełnej mocy. Po zabiciu Jiraiyi, Nagato poprowadził atak na Ukryty Liść z Naruto pokonując jego Ścieżki i udaje mu się przywrócić wiarę Nagato w nauki Jiraiyi, gdy poświęca się by użyć jutsu Tobi przeznaczonego na wskrzeszenie Madary. Tobi później bezcześci miejsce spoczynku Nagato, by zdobyć Rinnegana, którego później odzyskał Madara, a Kabuto ożywił Nagato podczas Czwartej Wielkiej Wojny Ninja, zanim został zapieczętowany przez Itachiego.
- Konan, jedyna kobieta wśród członków Akatski i przyjaciółka Nagato z dzieciństwa. Będąc pod opieką Jiraiyi, Konan nauczyła się wykorzystywać swój naturalny talent do origami, używając go jako kluczowego elementu w swoim stylu walki. Po śmierci Nagato, Konan wycofuje swoją pozycję z Akatsuki, a później walczy z Tobim, gdy ten przychodzi po oczy Rinnegana, ostatecznie ginąc po tym, jak jej samobójczy atak się nie powiódł.
- Kisame Hoshigaki, nieuczciwy ninja z Wioski Ukrytej Mgły, który jest partnerem Itachi Uchiha. Jako jeden z Siedmiu Mieczników Mgły, Kisame używa żywego miecza zwanego Skórą Rekina, który pochłania nieopisane ilości chakry przeciwnika i przenosi ją na Kisame, dając mu nieskończoną ilość wytrzymałości. Jego powodem dołączenia do Akatsuki było zobaczyć świat bez kłamstw, później idzie po Killer Bee przed jego misja zmieniła się na infiltrację przed popełnia samobójstwo po złapaniu podczas wysyłania lokalizacji jinchurikis do Tobi.
- Sasori, nieuczciwy ninja marionetkowy z Ukrytego Piasku, znany jako "Sasori z Czerwonego Piasku" dzięki swojemu talentowi do tworzenia trucizn. Wychowywany przez babcię Chiyo po tym, jak jego rodzice zostali zabici przez ojca Kakashiego, Sakumo Hatake, obsesja Sasoriego na punkcie robienia rzeczy, które trwają wiecznie, pozwoliła mu opracować sposób przekształcania ludzkich zwłok w marionetki, których zdolności może wykorzystać za życia. Sasoei opuścił swoją wioskę, porywając Trzeciego Kazekage i uczynił go swoją główną bronią po zasznurowaniu jego żelaznego piasku trucizną. Sasori później przekształcił własne ciało w marionetkę, która ukrywa się w jego opancerzonym ciele marionetki Hiruko, stając się zasadniczo śmiertelny podczas kontrolowania setek marionetek na raz. Po dołączeniu do Akatsuki, Sasori został sparowany z Orochimaru, a następnie Deidara jak uchwycić Gaara więc One Tail może być wydobyte z niego. Ale Sasori w końcu ginie, a jego ciało marionetki zostaje wykorzystane przez Kankuro.
- Deidara, nieuczciwy ninja z Ukrytego Kamienia, który zarabiał na życie jako terrorystyczny zamachowiec na zlecenie, używając glinianych materiałów wybuchowych, zanim Itachi Uchiha zmusił go do wstąpienia do Akatsuki. Mimo że przyłączył się do organizacji, będąc partnerem Sasoriego, a następnie Tobiego, Deidara nabrał urazu do klanu Uchiha w ogóle, ponieważ czuje, że ich oczy Sharingana patrzą z góry na jego dzieło. Po odegraniu pewnej roli w schwytaniu Gaary i schwytaniu Trzech Ogonów, Deidara walczy z Sasuke i wysadza się w powietrze w ostatecznej próbie zabicia przeciwnika. Deidera zostaje później wskrzeszony przez Kabuto podczas Czwartej Wielkiej Wojny Ninja, zanim zostanie pokonany przez Kankuro.
- Hidan, sadomasochistyczny ninja z Wioski Ukrytego Wrzącej Wody, uzbrojony w kosę i partnerujący Kakuzu. Jako członek kultu śmierci znanego jako Droga Jashina, Hidan stał się nieśmiertelny podczas rozwijania rytualnych technik, które pozwalają mu na zamordowanie przeciwnika poprzez zadawanie śmiertelnych obrażeń samemu sobie. Hidan stał się wrogiem Shikamaru po zamordowaniu Asamy, co skończyło się tym, że został rozczłonkowany i pochowany w lesie rodziny Nara.
- Kakuzu, ninja z Wioski Ukrytego Wodospadu i partner Hidana. Żyjąc za czasów Pierwszego Hokage, Kakuzu opanował zakazane jutsu, które sprawia, że jego ciało jest utrzymywane razem przez czarne zagrożenia i asymiluje do pięciu serc, co przedłuża jego życie w nieskończoność. Podczas gdy chciwość kazała mu służyć jako skarbnik Akatsuki i łowca nagród, zabił większość swoich partnerów, zanim został sparowany z nieśmiertelnym Hidanem. Serca Kakuzu są systematycznie niszczone podczas jego walki z ninja Ukrytego Liścia, z Kakashim kończącym go po tym, jak Naruto zostawia jego ostatnie serce na skraju porażki. Kakuzu zostaje później wskrzeszony podczas Czwartej Wielkiej Wojny Ninja, po czym zostaje zapieczętowany.
Obito Uchiha
Znany również jako Tobi, jest prawdziwym przywódcą Akatsuki, głównym antagonistą przez większość części II. Podobnie jak Naruto, jako dziecko podczas Trzeciej Wielkiej Wojny Ninja, oddał swoje lewe oko koledze z drużyny Kakashiemu, gdy wydawało się, że jest bliski śmierci. Pomimo jego pozornego upadku, Obito został uratowany przez Madarę, który zastąpił uszkodzone części jego ciała protezami Zetsu, jednocześnie warunkując go, aby stał się jego uczniem, ninja aranżując Obito, aby był świadkiem śmierci Rin Nohara jako ofiary wojny przez niechętnego Kakashiego, aby złamać jego ducha. Dochodząc do wniosku, że może on używać Ogoniaste Bestie zniszczyć obecną rzeczywistość i stworzyć utopię, Obito podejmuje imię Madary i manipulował wydarzeniami, które pozwoliły na stworzenie obecnego z Akatsuki i atak Dziewięciu Ogonów na Wioskę Ukrytego Opuszczenia z przekory wobec swojego byłego mentora Minato. Poza tym, że jest w stanie używać swojego prawego Sharingana do manipulowania Kamui w sposób, który sprawiał wrażenie, że jest on niematerialny i teleportować się na duże odległości, Obito może używać ataków Stylu Drewna, ponieważ jego protezy posiadają komórki Hashiramy. Po pokonaniu i przywróceniu wiary w świat, odzyskując sharingana, którego dał Kakashiemu, Obito umiera chroniąc Drużynę 7 przed Kaguyą i pozostaje wśród żywych na tyle długo, by pomóc Kakashiemu w duchu.
Madara Uchiha
Jeden ze współzałożycieli Wioski Ukrytego Liścia wraz ze swoim przyjacielem z dzieciństwa i śmiertelnym wrogiem Hashiramą Senju. Później okazało się, że obaj są reinkarnacjami przodków założycieli swoich klanów - Indry i Asury - przed Sasuke i Naruto. Madara jest mściwym i aroganckim cynikiem, który żywił urazę do Senju za zabicie jego braci podczas okresu Walczących Państw, ostatecznie akceptując ofertę pokojową Hashiramy, zanim ostatecznie rozczarował się do niego, ponieważ zdał sobie sprawę, że nie ma dla niego miejsca w Wiosce Ukrytego Liścia. To wpłynęło na Madarę, aby spróbować zniszczyć Ukryty Liść za pomocą Dziewięciu Ogonów, zanim został pokonany przez Hashiramę, udając swoją śmierć i używając krwi Hashiramy, aby obudzić swojego Rinnegana i przywołać Statuetkę Gedo, aby przedłużyć swoje życie. Madara w końcu umiera po tym, jak uczynił Obito Uchihę swoim agentem. Przeszczepił swojego Rinnegana Nagato, by ten zachował go na wypadek planowanego zmartwychwstania. Mimo kilku niepowodzeń, Madara zmartwychwstaje i zmienia się w Ten Tails jinchuriki, by zrealizować swój plan, zanim zostanie zdradzony przez Black Zetsu i uczyniony naczyniem dla Kaguyi. Choć uwolniony po ponownym zapieczętowaniu Kaguyi, męka ta sprawiła, że Madara znalazł się na skraju śmierci i umiera, ostatecznie pogodzony z Hashiramą.
Kaguya Otsutsuki
Główna antagonistka serii Naruto i członkini głównej rodziny klanu Otsutsuki, rasy obcych ninja, której potomkami są Senju, Uchiha i Hyuga. Postanowiwszy chronić świat, a nie żywić się nim jak jej krewni, Kaguya staje się przedłużeniem Boskiego Drzewa świata, ustanawiając swój ideał światowego pokoju. Jednak Kaguya w końcu traci zaufanie do ludzkości, gdy przekształca niektórych ludzi zasymilowanych przez Boskie Drzewo w swoją osobistą armię Białych Zetsu, by bronić się przed swoimi krewnymi, co prowadzi do konfrontacji z jej pół-ludzkimi synami bliźniakami, Hagoromo i Hamurą, gdy dowiadują się, że odziedziczyli jej chakrę. Kaguya zakończyła się połączeniem z Boskim Drzewem i przekształceniem go w Dziesięć Ogonów, zanim została zapieczętowana na księżycu, gdy została schwytana przez Hagoromo i zredukowana do przypominającego zwłoki posągu Gedo, podczas gdy jej wyekstrahowana chakra została podzielona na dziewięć Ogoniastych Bestii. Ale Kaguya stworzyła Black Zetsu w ostatniej sekundzie, by zorganizować jej powrót przez Indrę i klan Uchiha, a Madara Uchiha ostatecznie stał się jej naczyniem, służąc jej celowi. Ale Naruto i Sasuke, z pomocą swojego zespołu, udaje się ponownie zapieczętować Kaguyę z ogoniastymi bestiami i Madarą wydobytymi z jej ciała.
- Zetsu, jedyny nieludzki członek Akatsuki, który służy jako ich szpieg i któremu powierzono zadanie pozbywania się zmarłych członków Akatsuki lub tych, których organizacja nie chce znaleźć. Zetsu składa się z dwóch istot, z których pierwsza to cieniopodobny symbiont znany jako Black Zetsu, stworzony przez Kaguyę, by manipulować jej wnukiem Indrą i jego potomkami, zanim Madara zamanifestował Rinnegana, który miał służyć jako środek do uwolnienia Kaguyi. Black Zetsu udawał konstrukt Madary, podczas gdy był związany z White Zetsu, jednym z tysięcy byłych ludzi, którzy zostali zasymilowani w Statui Gedo jako roślinopodobni żołnierze-drony. Po tym jak Biały Zetsu został zabity przez Sasuke podczas Czwartej Wielkiej Wojny Ninja, Czarny Zetsu ostatecznie przyczepił się do Obito, a następnie do Madary, zanim został zapieczętowany wraz z Kaguyą.
- Tobi, znany również jako "Gurguru", jest Białym Zetsu, który służył jako egzoszkielet Obito podczas radzenia sobie z jego nowym ciałem i służył jako inspiracja dla przebrania Tobi Obito. Tobi bierze udział w Czwartej Wielkiej Wojnie Ninja, osłaniając Yamato, by uzyskać dostęp do jego Stylu Drewna, po czym wyrzuca go, gdy Madarze udaje się rzucić Nieskończone Tsukiyomi. Ostatnio widziano go, jak rozpada się po odwołaniu jutsu, a jego były jeniec jest jedynym świadkiem jego śmierci.