Statek opuścił Ushuaia w Argentynie 11 listopada 2007 r. podczas 19-dniowego rejsu, którego celem było prześledzenie trasy XX-wiecznego odkrywcy Ernesta Shackletona przez Drake Passage (obszar typowo burzliwy z wzburzonym morzem). Po zwiedzeniu Falklandów i Wyspy Południowej Gruzji, 23 listopada 2007 r. odkrywca uderzył w niezidentyfikowany, zanurzony obiekt w cieśninie Bransfield w pobliżu Wyspy Króla Jerzego na Oceanie Antarktycznym, w pobliżu Wysp Szetlandzkich Południowych. Obiekt, w który uderzył Eksplorator, spowodował powstanie otworu o wymiarach 10 na 4 cale (25 × 10 cm) na lewej burcie statku, co umożliwiło przedostanie się wody morskiej do wnętrza statku.
Jeden z pasażerów zgłosił wodę morską w kabinie około 03:00 UTC. Chociaż niektóre raporty wskazują, że nie było żadnego zauważalnego uderzenia, a przynajmniej nic więcej, niż normalne chrupanie lodu doświadczane podczas żeglowania po lodowatych wodach, inne raporty mówią, że był głośny huk. Niektóre raporty wskazują również, że statek dryfował w górę lodową na prawej burcie, podczas gdy załoga oceniała uszkodzenia spowodowane pierwotnym uderzeniem w lewą burtę statku.
Mayday call został ogłoszony przez statek o 04:24 UTC, a akcje ratownicze zostały szybko skoordynowane przez Prefekturę Marynarki Wojennej (Coast Guard Corps) Republiki Argentyny oraz Centrum Poszukiwania i Ratownictwa Marynarki Wojennej Chile. Chile wysłało lodołamacz Almirante Viel oraz pobliskie statki handlowe, w tym MN Ushuaia, National Geographic Endeavor oraz norweski statek Coastal Express MS Nordnorge, który w tym czasie działał jako pasażerski statek wycieczkowy. Do godziny 07:30 UTC, wszyscy 91 pasażerowie, 9 przewodników i 54 załogi z ponad 14 krajów opuścili statek i przenieśli się na tratwy ratunkowe, gdzie dryfowali przez trzy do czterech godzin, aż zostali odebrani przez norweski statek MS Nordnorge, który przybył na miejsce do godziny 10:00 UTC. Uważa się, że Explorer zatonął około 19:00 UTC. Przypadkowo, wcześniej w 2007, MS Nordnorge był zaangażowany w innym ratownictwa antarktycznego, kiedy ewakuował 294 pasażerów z siostrzanym statkiem, MS Nordkapp, kiedy Nordkapp biegał na lądzie na Wyspie Oszustwa, część tych samych odległych archipelagu Wysp Szetlandzkich Południowych.
Niektórzy z uratowanych przez Nordnorge zostali przewiezieni do chilijskiej stacji Eduardo Frei Montalva na King George Island. Później, w sobotę 24 listopada i niedzielę 25 listopada 2007 r., samolotem transportowym C-130 Hercules przewieziono je do Punta Arenas w Chile w dwóch oddzielnych lotach. Około 70 osób, które przeżyły, zostało przewiezionych do urugwajskiej bazy Artigas. Odkrywca zatonął w ciągu 20 godzin od uderzenia w nieznany, zanurzony obiekt, który według doniesień był lodem.
