Metanogeny to mikroorganizmy, które wytwarzają metan jako produkt uboczny w warunkach anoksycznych. Organizmy te to archaiki, inna domena niż bakterie. Powszechnie występują na terenach podmokłych, gdzie wytwarzają gaz bagienny.
Metanogeny są również powszechne w układach pokarmowych zwierząt, takich jak przeżuwacze i ludzie. Metan jest często wybijany.
W osadach morskich metan jest produkowany, gdy siarczany są niskie. Dzieje się to poniżej górnych warstw. Populacje metanogeniczne archaiczne odgrywają ważną rolę w beztlenowym oczyszczaniu ścieków. Niektóre metanogeny to ekstremofile, występujące w takich środowiskach jak gorące źródła i podwodne kominy hydrotermiczne, a także w "stałej" skale skorupy ziemskiej, kilometry pod powierzchnią ziemi.
Metanogeny przekształcają kwas octowy w metan w procesie fermentacji. Nie należy ich mylić z metanotrofami, które zużywają metan na swoje zapotrzebowanie na węgiel i energię.