Według spisu powszechnego z 2000 roku, w hrabstwie mieszkało 49 832 osób, 21 294 gospodarstw domowych i 15 672 rodzin. Gęstość zaludnienia wynosiła 103 osoby na milę kwadratową (40/km²). Było 24,452 jednostek mieszkaniowych przy średniej gęstości 50 na milę kwadratową (19/km²). Skład rasowy hrabstwa był następujący: 87.27% białych, 8.83% czarnych lub afroamerykańskich, 0.27% rdzennych Amerykanów, 1.17% Azjatów, 0.02% wyspiarzy z Pacyfiku, 0.96% przedstawicieli innych ras i 1.47% przedstawicieli dwóch lub więcej ras. 5.09% populacji to Latynosi lub Latynoski jakiejkolwiek rasy. 90.1% mówiło po angielsku, 5.0% po hiszpańsku i 1.2% po niemiecku jako swoim pierwszym języku.
1,8% populacji określiło się jako osoby o pochodzeniu zachodnioindyjskim.
W 2000 r. było 21 294 gospodarstw domowych, z czego 21,10% zamieszkiwały dzieci poniżej 18 roku życia, 62,80% stanowiły małżeństwa mieszkające razem, 8,10% kobieta prowadząca gospodarstwo domowe bez męża, a 26,40% gospodarstwa niespokrewnione. 21,60% wszystkich gospodarstw domowych stanowiły osoby mieszkające samotnie, a w 12,00% mieszkała samotnie osoba w wieku 65 lat i więcej. Średnia wielkość gospodarstwa domowego wynosiła 2,32, a średnia wielkość rodziny 2,67.
W powiecie populacja była rozproszona z 17,90% poniżej 18 roku życia, 4,80% od 18 do 24 roku życia, 20,30% od 25 do 44 roku życia, 28,30% od 45 do 64 roku życia i 28,60% w wieku 65 lat i więcej. Mediana wieku wynosiła 50 lat. Na każde 100 kobiet przypadało 92,10 mężczyzn. Na 100 kobiet w wieku 18 lat i więcej przypadało 89,90 mężczyzn.
Mediana dochodu dla gospodarstwa domowego w hrabstwie wynosiła $40,214, a mediana dochodu dla rodziny wynosiła $45,625. Mężczyźni mieli medianę dochodu w wysokości $31,184 w porównaniu do $24,865 dla kobiet. Dochód na jednego mieszkańca w hrabstwie wynosił $21,879. Około 6,70% rodzin i 8,70% populacji znajdowało się poniżej progu ubóstwa, w tym 15,70% osób poniżej 18 roku życia i 4,40% osób w wieku 65 lat lub starszych.
Hrabstwo Flagler zostało uznane przez Biuro Spisu Powszechnego USA za najszybciej rozwijające się hrabstwo w kraju w latach 2000-2005, zmiana wyniosła 53,3%, a liczba ludności szacowana na 1 lipca 2005 roku wynosiła 76,410.
