Po śmierci ich ojca, cesarza Huayna Capac, i ich starszego brata, Ninan Cuyochi, który był spadkobiercą, imperium zostało podzielone między dwóch żyjących braci, Huáscara i Atahualpę. Huascar otrzymał jego większą część ze stolicą w
Cusco, a Atahualpa północną część, w tym
Quito (obecnie stolica Ekwadoru). Przez kilka lat obaj bracia panowali bez problemów. Ale Huascar zażądał, by Atahuallpa złożył mu przysięgę. Atahuallpa odmówił i rozpoczęła się wojna domowa.
Ostateczna bitwa miała miejsce pod Quipaipan, gdzie Huascar został pojmany. Atahuallpa odpoczywał w mieście Cajamarca w Andach ze swoją armią liczącą 80 000 żołnierzy w drodze na południe i do Cusco, aby objąć tron.
W tym czasie hiszpański konkwistador Francisco Pizarro założył w lipcu 1532 roku miasto Piura, pierwszą hiszpańską osadę w Peru. Po dwóch miesiącach marszu Pizarro dotarł do Cajamarca z zaledwie 168 ludźmi pod swoją komendą i wysłał Hernando de Soto, zakonnika Vicente de Valverde i miejscowego tłumacza Felipillo, aby porozmawiali z Atahuallpą o obecności Hiszpanów.
Hiszpańscy wysłannicy wrócili do Pizarro, który przygotował atak z zaskoczenia przeciwko armii Atahuallpy w bitwie pod Cajamarca 16 listopada 1532 roku.
Zgodnie z hiszpańskim prawem Hiszpanie oficjalnie wypowiedzieli wojnę Inkom. Kiedy Atahuallpa zapytał chłodno kapłana Valverde, jakim autorytetem on i jego ludzie mogą mówić takie rzeczy, Valverde ofiarował mu Biblię, mówiąc, że autorytet pochodzi od słów w niej zawartych. Zbadał ją, a następnie zapytał, dlaczego ona do niego nie przemawia. Następnie rzucił ją na ziemię. To dało Hiszpanom pretekst, którego potrzebowali, by wypowiedzieć Inkom wojnę. Otworzyli ogień i w ciągu dwóch godzin zginęło ponad dwa tysiące inkaskich żołnierzy. Hiszpanie następnie uwięzili Atahuallpę w Świątyni Słońca.
Atahuallpa wciąż nie mógł uwierzyć, że Hiszpanie zamierzają przejąć kontrolę nad jego królestwem. Sądził, że jeśli da im złoto i srebro, których szukali, to odejdą. W zamian za uwolnienie zgodził się wypełnić duży pokój złotem i obiecał Hiszpanom dwa razy tyle w srebrze. Mimo że był oszołomiony ofertą, Pizarro nie miał zamiaru uwolnić Inki, ponieważ potrzebował wpływu władcy na tubylców, by utrzymać porządek w otaczającym go kraju.
Ale wtedy Pizarro postanowił go stracić, ponieważ obawiał się, że może zostać uwolniony przez inkaskiego generała. Pizarro zorganizował pozorowany proces i uznał Atahuallpę za winnego buntu przeciwko Hiszpanom i zamordowania Huáscara, własnego brata. Atahuallpa został skazany na egzekucję przez spalenie. Był przerażony, ponieważ Inkowie wierzyli, że dusza nie będzie mogła przejść do życia pozagrobowego, jeśli ciało zostanie spalone. Brat Vicente de Valverde, który wcześniej ofiarował Atahuallpie Biblię, interweniował ponownie, mówiąc Atahuallpie, że jeśli zgodzi się przejść na chrześcijaństwo, przekona resztę do złagodzenia wyroku. Atahualpa zgodził się przyjąć chrzest w wierze chrześcijańskiej. Nadano mu imię Juan Santos Atahualpa, a następnie uduszono go garotą zamiast spalić. Atahuallpa zmarł 29 sierpnia 1533 roku. Następcą Atahuallpy został jego brat, marionetkowy Inca Tupac Huallpa, a później kolejny brat Manco Inca Yupanqui.
