Region Bourgogne-Franche-Comté jest szóstym co do wielkości regionem Francji o powierzchni 47,783.3 km2 (18,449 m2). Znajduje się w północno-wschodniej Francji i graniczy na północy z regionem Grand Est, na zachodzie z regionami Île-de-France i Centre-Val de Loire, na południu z regionem Auvergne-Rhône-Alpes, a na wschodzie ze Szwajcarią (kantony Vaud, Neuchâtel i Jura).
Odległości z Besançon, stolicy regionu, do innych miast są:
- Paryż, stolica kraju, 410 km (255 mil);
- Bordeaux, 729 km (453 mi);
- Tuluza, 762 km (473 min.);
- Marsylia, 538 km (334 min.);
- Lyon, 227 km (141 mi);
- Montpellier, 523 km (325 mi);
- Nicea, 694 km (431 mil).
Rzeki
Główne rzeki w regionie to Saona i jej dopływ Doubs. Rzeka Loara przepływa przez południowo-zachodnią część regionu, w Nevers. Rzeka Sekwana ma swój początek w departamencie Côte-d'Or.
Góry
W regionie znajdują się trzy główne pasma górskie:
- Góry Wogezy są w północno-wschodniej części regionu i jego najwyższy punkt w Bourgogne-Franche-Comté jest Ballon de Servance, 1.216 m (3.990 stóp) wysokości.
- Góry Jura są wzdłuż wschodnich granic, tutaj jest Crêt Pela, najwyższy punkt w Bourgogne-Franche-Comté z 1,495 m (4,905 ft).
- Góry Morvan znajdują się w centrum zachodniej części; najwyższym punktem jest Haut-Folin, 901 m (2,956 ft) wysokości.
Crêt Pela (46°24′50″N 6°1′19″E / 46.41389°N 6.02194°E / 46.41389; 6.02194 (Crêt Pela)), na 1.495 m (4.905 ft), jest najwyższym szczytem regionu Bourgogne-Franche-Comté. Znajduje się w paśmie górskim Jura.
Najwyższy punkt różnych departamentów w regionie Bourgogne-Franche-Comté są:
| Dział | Góra | Elewacja |
| Côte-d'Or | Mont de Gien | 721 m (2,365 ft) |
| Doubs | Mont d'Or | 1,461 m (4,793 ft) |
| Jura | Kęs Pela | 1,495 m (4,905 ft) |
| Nièvre | Mont Préneley | 855 m (2,805 ft) |
| Haute-Saône | Ballon de Servance | 1.216 m (3.990 ft) |
| Saône-et-Loire | Haut-Folin | 901 m (2,956 ft) |
| Yonne | Bois de la Pérouse | 607 m (1,991 ft) |
| Territoire de Belfort | Ballon d'Alsace | 1,247 m (4,091 ft) |