Łuk fabularny Bionicle z lat 2001-2008 został umiejscowiony w świecie fantasy naukowej, zamieszkałym głównie przez częściowo organiczne, częściowo maszynowe istoty w podziemnym świecie, który istnieje w masywnych kopułach pod ziemią. Ten świat (nazywany "Wszechświatem Matorańskim") i jego rasy były niegdyś chronione przez Wielkiego Ducha o nazwie Mata Nui, dopóki nie został wrzucony w wieczny sen przez złego Makuta Teridaxa i Bractwo Makuta. Świat Matoran zaczął się rozpadać. Ale maska życia, która była przechowywana wewnątrz Mata Nui, została wysłana w kosmos, aby znaleźć nową planetę. Maska wylądowała na planecie Bara Magna, a maska stworzyła małe ciało.
Rok 2009 rozpoczął zupełnie nową sagę o linii fabularnej, pozostawiając za sobą poprzednie lata i otwierając się na nowsze możliwości, jak Mata Nui, po wygnaniu przez Makutę Teridax, rozbija się na tajemniczej, jałowej planecie, zwanej Bara Magna. Tutaj staje się centrum tej historii i tworzy nowych sojuszników, gdy próbuje znaleźć sposób na uratowanie Matoran i Toa od tyranicznej władzy Makuta Teridaxa.
2001 - Pytanie o maski
Historia zaczyna się od sześciu Toa Mata: Tahu, Lewa, Gali, Kopaka, Pohatu i Onua, przybywających na wyspę znaną jako Wyspa Mata Nui, nie pamiętając niczego poza ich nazwami. Odkryli oni, że mieszkańcy, mieszkańcy wioski Matoran, stoją w obliczu ciągłych ataków zarażonych Rahi, dzikich bestii kontrolowanych przez potężny wpływ Makuta Teridax poprzez użycie zainfekowanych masek Kanohi, co spowodowało wojnę trwającą około 1000 lat. Po wyszukaniu i znalezieniu licznych masek Kanohi, Toa każdy z nich otrzymuje maskę Golden Kanohi o ogromnej mocy i sam szuka Makuty. Po zakwestionowaniu wściekłych krabów Manas i Shadow Toa (złe doppelganger jak iluzoryczne repliki Toa ), Toa skonfrontować Makuta i pokonać go, łącząc swoje siły elementarne.
2002 - Rój Bohroka
Po jego porażce, Makuta uwolnił starożytnego Bohroka. Bohrok to zrobotyzowane drony, które zostały zaprojektowane, aby "oczyścić" wyspę Mata Nui do stanu "w dawnych czasach". Bohrok zaczął przedzierać się przez wioski na wyspie, zmuszając Matorana do ucieczki. Jeden z pomysłowych Matoran Ziemi, Nuparu, buduje potężny pojazd zwany Boxorem, wykonany z części uszkodzonego Bohroka, aby walczyć z rojami. Toa, nieświadomy przeznaczenia Bohroka, zebrał Kranę Bohroka (stwory maskujące, które funkcjonują jak ich mózgi), aby stawić czoła Bohrokowym Królom, Bahragom: Cahdok i Gahdok. Pokonane Cahdok i Gahdok są zapieczętowane w więzieniu stworzonym przez elementarne siły Toa. Następnie Toa Mata zostają wystawieni na działanie substancji zwanej Energizowanym Protodermisem, która przekształca ich, dając im nową zbroję i broń. Zmienili nazwę na "Toa Nuva".
2003 - Strajk Bohrok-Kala i maska światła
Po pokonaniu Cahdok i Gahdok, roje Bohrok zostają zatrzymane i zwrócone do swoich uli. Jednak sześć nowych elit Bohrok, zwanych Bohrok-Kal, pojawiło się w celu uwolnienia Bahragów. Następnie przystąpiły one do kradzieży mocy Toa Nuva, które są kluczem do złamania pieczęci. Na skraju klęski, Toa wepchnęli wszystkie swoje moce do Bohrok-Kala, przeciążając je i pokonując.
Wkrótce potem, dwóch Matoran, Takua i Jaller, odkryło Maskę Światła Kanohi. Mieli za zadanie przemierzyć wyspę Mata Nui, aby odnaleźć Toa Światła. Tymczasem Makuta stworzył i wysłał sześć stworzeń zwanych Rahkshi, aby znaleźć maskę i zatrzymać nadejście Toa Światła. Rahkshi rozdarł się przez Mata Nui, niszcząc wioski Ta-Koro i Onu-Koro. Rahkshi zostali zatrzymani przez Toa, ale nie przed zabiciem Jallera. Śmierć Jallera sprawiła, że Takua zdał sobie sprawę, że jest Toa Światła i założył maskę, aby stać się Toa Takanuva. Takanuva poszedł do konfrontacji Makuta i, podczas ich walki, obaj wpadli do puli protodermy, srebrzystej substancji z mocą, aby zmienić lub zniszczyć istotę, i zostały połączone razem w istocie Takutanuva. Następnie Takutanuva otworzyła drzwi do miasta Metru Nui, umożliwiając przejście Matoran i Toa. Wykorzystując część swojej energii życiowej, ożywił Jallera, trzymając jednocześnie otwarte drzwi. Użycie energii było jednak zbyt wielkie i Takutanuva została zmiażdżona przez drzwi, zdając się zabijać zarówno Takanuvę, jak i Teridaxa, pozostawiając jedynie Maskę Światła Takanuvy. Takanuva został natychmiast ożywiony, gdy jego maska została użyta do aktywacji nadajnika do Metru Nui. Następnie Matoran przygotował się do powrotu do wyspiarskiego miasta Metru Nui.
2004 - Legendy Metru Nui
Gdy Matoran przygotowywał się do podróży do Metru Nui, Turaga (wiejska starszyzna) ujawniła, że kiedyś byli Toa, walcząc w Metru Nui z takimi zagrożeniami jak stworzenie z roślin Morbuzakh i kontrolowane przez Dume-controlled Vahki oddziały egzekucyjne. Oni, jako Matoran, zostali przekształceni w Toa Metru przez kamienie Toa zawierające moc złożoną w ofierze przez Toa Lhikan. Ich misją było odnalezienie sześciu Wielkich Dysków i pokonanie Morbuzakh, roślinnego zagrożenia, które groziło zniszczeniem miasta. Kiedy to zrobili, zostali jednak zdradzeni przez Dume'a, Turaga z miasta. Później odkryli, że Makuta Teridax przyjął przebranie Dume'a i przejął kontrolę nad Vahki (robotami ochrony porządku publicznego). Jego planem było uśpienie Matorana, wymazanie ich wspomnień i obudzenie ich "jako ich zdobywcy". Toa uciekł, ale został zaatakowany przez Teridax. Łącząc swoje siły żywiołów, byli w stanie zapieczętować Teridaxa w więzieniu skrystalizowanej protodermy. Toa wyruszyli na nową wyspę, która później będzie znana jako Mata Nui, przysięgając wrócić, by uratować Matoran.
2005 - Sieć Cieni (Web of Shadows)
Oni wracają. Jednak na wyspie panował zły król Sidorak i jego wicekról Roodaka, z podstępnymi pająkami o imieniu Visorak. Toa zostały wkrótce schwytane i zmutowane w bestialskiego Toa Hordika. Aby powrócić do normy, Toa szukał legendarnego Rahi Keetongu. Toa Vakama zdradził jednak drugiego Toa i dołączył do Sidoraka, który uczynił go przywódcą Visoraka. Drugi Toa stawił czoła hordzie Visoraka w wielkiej bitwie i przekonał Vakamę, by do nich dołączył. Następnie Vakama nakazał Visorakowi być wolnym. Keetongu następnie zabił Sidoraka, którego Roodaka i Vakama zdradzili. Szóstka Toa następnie pokonała Roodakę wszystkimi sześcioma swoimi żywiołowymi mocami. Miało to jednak efekt uboczny w postaci uwolnienia Makuty, ponieważ Roodaka niósł ze sobą fragment swojego więzienia. Toa uderzył ją z tego powodu. Po przywróceniu przez Keetongu, Toa Metru sprowadził Matorana na nową wyspę. Kiedy poświęcili swoją moc, aby obudzić Matoran, stali się Turaga, a później założyli nowe wioski na tej wyspie zwanej Mata Nui.
2006 - Wyspa Zagłady
Toa Nuva dowiedział się, że Mata Nui nie tylko spał, ale i umierał. Aby go uratować, muszą udać się na wyspę Voya Nui i poszukać tajemniczego Kanohi Ignika, Maski Życia. Toa Nuva wyruszają w tę przygodę, ale szybko zostają wzięci do niewoli przez sześciu nowych i potężnych wrogów, Piraka: Zaktann, Hakann, Vezok, Thok, Reidak i Avak. Poszukiwali maski dla swoich własnych mrocznych celów. Kiedy Toa nie wrócił, grupa sześciu Matoran poszła za nimi. Jaller, Hahli, Hewkii, Nuparu, Kongu i Matoro uciekli na wyspę w kanistrach Toa, ale w trakcie podróży śruby światła z Czerwonej Gwiazdy przekształciły ich w Toa Inika. Po przybyciu dowiadują się o Pirace i o tym, jak zniewolili miejscowego Matorana, udając fałszywego Toa, aby Matoran zbudował dla nich fortecę. Z pomocą małego Matoran Resistance i starożytnego strażnika Aksonna, Toa Inika mogli uwolnić Toa Nuva, znaleźć świątynię maski i walczyć z Piraką oraz innymi strzegącymi jej istotami. W końcu zwyciężyli z Kanohi. Ale Maska Życia posiadała własną wolę i w ostatniej chwili omija ich wszystkich, pędząc w głąb morza.
2007 - Morze ciemności
W pogoni za Maską Życia Toa Inika zszedł do wody po otrzymaniu tajemniczej wskazówki "uratuj zatopione miasto" od nieznanego Matorana, który uratował Hahli przed utonięciem kosztem jego śmierci z powodu choroby dekompresyjnej.[14] Wybuch energii z Maski Życia przekształcił Toa Inika w formy oddychające wodą. Odkryli oni zamieszkałą wioskę Mahri Nui, która oderwała się od Voya Nui i zatonęła tysiąc lat temu. Wioska była zagrożona przez starożytnych watażków znanych jako Barraki, którzy zostali zmutowani przez pobliskie wody mutageniczne zwane "Dołkiem". Toa, teraz znany jako Toa Mahri, stanął przeciwko Barraki, aby przetrwać. Jednakże, zanim Toa odzyskał maskę, Wielki Duch umarł. Zdając sobie sprawę, że jest jeszcze nadzieja, Toa Matoro popędził do jądra wszechświata i poświęcił swoje życie, aby ożywić Mata Nui. W ostatnich chwilach swojego życia Toa Matoro wykorzystał moc Maski, aby teleportować Toa Mahri z powrotem do Metru Nui i pozwolić im ponownie oddychać powietrzem. Życie Wielkiego Ducha zostało uratowane, ale wciąż trzeba go było obudzić.
2008 - Ostatnia bitwa
Po otrzymaniu nowej zbroi i broni od Artakhy, Toa Nuva przybył do Karda Nui, rdzenia wszechświata. Tam stanęli twarzą w twarz z Makutą, który próbował przemienić ludność Aw-Matoran - Matoran Światła - w Cienisty Matoran. Toa Nuva pomogło przybycie Takanuvy, która dzięki atakowi pijawki cienia potrafi teraz kontrolować Światło i Cień, oraz Toa Ignika, który sam jest Maską Życia. Kanohi Ignika stworzył ciało dla siebie, ponieważ chciał zobaczyć, jak to jest być żywą istotą. Swoimi połączonymi siłami dotarli do struktury w centrum Karda Nui zwanej Codrex, gdzie Toa Ignika musiał poświęcić swoje nowe ciało, aby obudzić Mata Nui. Takanuva, z pomocą pozostałego nieskorumpowanego Aw-Matorana, przywrócił Cienisty Matoran do swoich poprzednich stanów. Wkrótce potem Toa uciekli z rdzenia, zanim burza energetyczna wywołana przebudzeniem Mata Nui mogła ich zniszczyć. Makuta jednak nie udało się uciec i wszyscy zginęli. W Metru Nui, przebudzenie Mata Nui było obchodzone, ale świętowanie zostało przerwane, gdy okazało się, że Teridax przejął ciało Mata Nui, objawione jako wszechświat Matoran. Uwięziony w Masce Życia duch Mata Nui, wysłał go w przestrzeń kosmiczną, aby dawny Wielki Duch nie mógł zakłócić jego kontroli nad wszechświatem.
2009 - Legenda odrodzona
Historia Bionicle kontynuowana jest po wygnaniu Mata Nui z jego ciała przez Makuta Teridaxa na planetę zwaną Bara Magna. Z wyjątkiem kilku gatunków dzikich zwierząt, Bara Magna jest jałową, pustynną planetą, która utrzymuje tylko kilka zasobów, więc każde plemię na tej planecie ma kilku wojowników, zwanych Glatorianami, do walki o nich. Zasoby te, takie jak żywność i woda, są odpowiednio rozmieszczone. Mieszkańcy tego świata są znani jako Agori. Agori razem tworzą sześć różnych plemion, z których każde jest powiązane z danym regionem. Po tym jak Maska Życia wyląduje na Bara Magna, tworzy ona ciało, z którego Mata Nui może korzystać. Następnie Mata Nui łączy się z kilkoma Glatorianami, aby pokonać połączone siły Skrall i Łowców Kości, dwa główne zagrożenia dla wiosek, i szukać sposobu na powrót do swojego ciała. Z pomocą swoich nowych przyjaciół Glatorian i Agori zdradza zdrajcę znanego jako Metus i pokonuje Skrall i Bone Hunters. Pomaga zjednoczyć wioski świata, zabierając wszystkie gigantyczne kawałki robota i łącząc je w duże prototypowe ciało robota, ciało takie jak to, w którym znajduje się Wszechświat Matoran.
2010 - Journey's End
Po pokonaniu Skrall i zobaczeniu jak reszta wiosek się jednoczy, Mata Nui staje przed wyzwaniem odebrania swojego starego ciała z Teridaxu. Dowiaduje się, że został on stworzony przez Wielkie Istoty na planecie Spherus Magna, która obecnie podzielona jest na księżyc dżungli (Bota Magna), księżyc oceaniczny (Aqua Magna) i pozostałą planetę pustynną (Bara Magna), w wyniku wojny domowej. Mata Nui dowiaduje się również, że zanim został zbudowany, był tam poprzedni robot, którego Agori używają jako swojego domu. Agori z Tesary o imieniu Tarduk pomaga Mata Nui, pokazując mu starożytne źródło energii, które mogło zasilić starego robota.
W tej ostatniej podróży, dwóch bohaterów wraca, aby zakończyć walkę: Tahu, powrócił do swojej pierwotnej formy, by nosić potężną Złotą Zbroję, i Takanuva. Pomaga im Gresh. Walczą z władcą Skakdi, Nektannem, aby pokonać Makutę i jego armię; hordy Rahkshi, uzbrojone w wizję ciepła; i Skrall.
Historia toczy się dalej, gdy zarówno siły Wszechświata Matoran, jak i Glatorian stają w obliczu nadchodzącego ataku Skakdiego, Rahkshi i Skralla. Złota zbroja, rozproszona przez podmuch Makuty, jest zbierana przez Tahu, Gresh i Takanuva od wielu wrogów. Tahu pokonuje władcę Skakdiego, Nektanna, a następnie zdejmuje zbroję, która spala każdego Rahkshi Kraata na Bara Magna.
Teridax twierdzi, że zniszczy Bara Magna za pomocą energii grawitacyjnej, dopóki Mata Nui nie wepchnie ręki do góry, powodując, że Teridax wyśle falę energetyczną na księżyce powyżej. Mata Nui popycha Teridaxa z powrotem do jednego z księżyców, zielonego księżyca Bota Magna, którego uderzenie niszczy jego główny procesor, co zabija Teridaxa. Mata Nui opłakuje wtedy brata, którego mógł mieć w głowie.
Finał kończy się, gdy Mata Nui wykorzystuje swoją siłę i moc Maski Życia, aby ponownie połączyć Spherus Magna, uzdrowić tych, którzy zostali zmutowani przez Pit Mutagen, przywrócić życie na planecie i zrekonstruować zniszczone cechy geograficzne. Napięcie powoduje, że jego rdzeń mocy rozprasza się, niszcząc prototyp robota. Kiedy Glatorian i Toa odkrywają Ignika nietkniętego w miejscu, w którym znajdowała się Mata Nui, Mata Nui rozmawia z nimi z Maski Życia. Mówi im, że przyszłość jest ich własna i ich do zbudowania. Następnie pozostaje uśpiony w Igniki. Agori, Matoran, Toa, Glatorian i wszyscy inni rozpoczynają nowe życie na Spherus Magna.
Przyszłość Bionicle
Bionicle toyline zakończył się pod koniec 2009 roku, po tym jak zestawy z 2010 roku zostały sfinalizowane i zastąpione latem 2010 roku przez Hero Factory, motyw Lego, który jest kompatybilny z zestawami Bionicle. Ale mimo to, historia ta jest kontynuowana w serialach Grega Farshteya pisanych online na BIONICLEstory.com.
