Wilhelm Roux (9 czerwca 1850 w Jenie - 15 września 1924 w Halle) był niemieckim zoologiem, anatomem i pionierem embriologii eksperymentalnej.
Przez dziesięć lat pracował w Breslau (obecnie Wrocław), a w 1879 r. został dyrektorem własnego Instytutu Embriologii. W latach 1889-95 był profesorem w Innsbrucku w Austrii, a następnie przyjął stanowisko profesora w Instytucie Anatomicznym Uniwersytetu w Halle, które piastował do 1921 r.
Badania Roux opierały się na pojęciu Entwicklungsmechanik lub mechaniki rozwoju. Jego metodologia polegała na ingerencji w rozwijające się embriony i obserwowaniu rezultatów. Badania Roux były prowadzone głównie na żabich jajach w celu zbadania najwcześniejszych struktur w rozwoju płazów. Jego celem było pokazanie procesów darwinowskich działających na poziomie komórkowym.
W 1888 roku Roux opublikował wyniki serii eksperymentów z wadami, w których wziął 2 i 4 komórkowe embriony żaby i zabił połowę komórek każdego embrionu gorącą igłą. Zgłosił, że wyrosły one na pół-embriony i domyślił się, że oddzielna funkcja tych dwóch komórek została już określona. To doprowadziło go do wysunięcia teorii "mozaiki": po kilku podziałach komórkowych embrion byłby jak mozaika, w której każda komórka odgrywałaby swoją własną, niepowtarzalną rolę w całym projekcie.
Po kilku latach teoria Roux została obalona przez badania jego kolegi Hansa Driescha, a później, z większą precyzją, Hans Spemann wykazał, że z reguły wnioski Driescha były poprawne, ale że wyniki takie jak Roux mogą być uzyskane po interwencji w pewnych płaszczyznach. Pomimo tej wczesnej wpadki Roux pionierska metodologia mechaniczna miała okazać się najbardziej owocna w biologii XX wieku.
W niezwykłej pracy Roux uświadomił sobie znaczenie liniowej struktury chromosomów. Ich podział na dwie równe podłużne połówki zapewniał, że każda komórka potomna otrzyma taki sam zestaw chromosomów. Dlatego też chromosomy były nośnikami dziedziczności. Było to ważne wydarzenie w cytogenetyce.