Główny kompleks zgodności tkankowej, czyli MHC, to cząsteczka znajdująca się na zewnątrz komórek odpornościowych, takich jak białe krwinki. Jest on kodowany przez dużą rodzinę genów u wszystkich kręgowców.
Funkcją cząsteczek MHC jest wyczuwanie obcych antygenów, a więc obecności "obcych" białek. Wiążą one fragmenty peptydów z patogenów na swojej powierzchni komórkowej. Gdy już tam się znajdą, fragmenty te są rozpoznawane przez limfocyty T. Odporność adaptacyjna zależy od tej reakcji.
Dwie właściwości cząsteczek MHC utrudniają patogenom unikanie odpowiedzi immunologicznej.
1. MHC jest poligeniczny. Istnieje kilka różnych genów, tak że każdy człowiek lub zwierzę ma zestaw cząsteczek MHC, które wiążą nieco inne zakresy peptydów.
2. Geny MHC są wysoce polimorficzne. Oznacza to, że w populacji występuje wiele wariantów alleli każdego genu. Polimorfizm jest tak wysoki, że w populacji mieszanej nie ma dwóch osobników z dokładnie takim samym zestawem genów i cząsteczek MHC, z wyjątkiem identycznych bliźniąt.
Wewnątrz populacji, obecność wielu różnych alleli oznacza, że prawie zawsze znajdzie się osobnik ze specyficzną cząsteczką MHC zdolną do załadowania właściwego peptydu w celu rozpoznania konkretnego mikroba. Ewolucja polimorfizmu MHC oznacza, że populacja nie ulegnie nowemu lub zmutowanemu patogenowi, ponieważ przynajmniej niektóre osobniki będą w stanie rozwinąć odpowiednią odpowiedź immunologiczną, by pokonać patogen. Różnice w cząsteczkach MHC są wynikiem dziedziczenia różnych cząsteczek MHC.
Przeszczepy są ograniczone do tych, które wywołują najmniejszą reakcję systemu MHC w testach zgodności tkankowej.
Choroba autoimmunologiczna występuje wtedy, gdy komórki odpornościowe nie rozpoznają cząsteczek MHC innych komórek i zaczynają atakować własny organizm.