Flamsteed jest również pamiętany z powodu swoich konfliktów z Isaakiem Newtonem, ówczesnym prezesem Royal Society. Flamsteed odmawiał publikowania prac zleconych przez króla, więc w 1712 roku Newton i Edmond Halley opublikowali wstępną wersję Historia Coelestis Britannica Flamsteeda. Uczynili to bez podania nazwiska autora.
Kilka lat później Flamsteedowi udało się kupić wiele egzemplarzy tej książki i publicznie spalił je przed Królewskim Obserwatorium. Jednak numeryczne oznaczenia gwiazd w tej książce są nadal używane i znane jako oznaczenia Flamsteeda.
W 1725 roku ukazała się pośmiertnie własna wersja Historia Coelestis Britannica Flamsteeda, zredagowana przez jego żonę Margaret. Zawierała ona obserwacje Flamsteeda i zawierała katalog 2935 gwiazd, o wiele dokładniejszy niż jakakolwiek wcześniejsza praca. Uznano to za pierwszy znaczący wkład Obserwatorium w Greenwich. W 1729 roku jego żona opublikowała Atlas Coelestis, wspomagana przez Josepha Crosthwaita i Abrahama Sharpa, którzy byli odpowiedzialni za stronę techniczną.