Sanger przeszedł na emeryturę w 1983 roku do swojego domu, "Far Leys", w Swaffham Bulbeck pod Cambridge.
W 1992 roku, Wellcome Trust i Medical Research Council założyli Centrum Sangera (obecnie Instytut Sangera), nazwane jego imieniem. Instytut znajduje się na kampusie Wellcome Trust Genome niedaleko Hinxton, zaledwie kilka mil od domu Sangera. John Sulston, dyrektor założyciel, zapytał Sangera, czy ośrodek mógłby zostać nazwany na jego cześć. Sanger zgodził się, ale ostrzegł, "Lepiej żeby było dobrze". Zostało ono otwarte przez samego Sangera 4 października 1993 roku, z obsadą liczącą mniej niż 50 osób. Instytut ma teraz wiodącą rolę w sekwencjonowaniu ludzkiego genomu. Instytut liczy obecnie ponad 900 osób i jest jednym z największych ośrodków badań genomowych na świecie.
Choć nadal nie lubi przemocy, stracił religijną wiarę kwakrów i nazywa siebie agnostykiem. W wywiadzie opublikowanym w gazecie Times w 2000 roku Sanger jest cytowany jako powiedzenie: "Mój ojciec był oddanym kwakrem, a ja zostałem wychowany na kwakra, i dla nich prawda jest bardzo ważna. Odwróciłem się od tych przekonań - oczywiście szuka się prawdy, ale trzeba mieć na to jakieś dowody. Nawet gdybym chciał wierzyć w Boga, byłoby to dla mnie bardzo trudne. Musiałbym zobaczyć dowód".
Odrzucił ofertę rycerstwa, ponieważ nie chciał, by zwracano się do niego "Sir", ale przyjął później OrderZasługi.
W 2007 roku Brytyjskie Towarzystwo Biochemiczne otrzymało od Wellcome Trust grant na skatalogowanie i zachowanie 35 zeszytów laboratoryjnych, w których Sanger nagrywał swoje niezwykłe badania w latach 1944-1983. Zgłaszając tę sprawę, czasopismo Science odnotowało, że Sanger, "najbardziej bezpośrednia osoba, jaką można było spotkać", spędzał teraz swój czas w ogrodzie w domu w Cambridgeshire.
Śmierć
Sanger zmarł 19 listopada 2013 roku w swoim domu w Cambridge, w Anglii, w wieku 95 lat. Jego biografia naukowa jest obecnie pisana do publikacji w 2014 roku.
