Większość dzisiejszych "dzikich" koni, takich jak amerykański mustang czy australijski brumby, to zdziczałe konie pochodzące od udomowionych zwierząt, które uciekły i przystosowały się do życia na wolności. W przeciwieństwie do nich, koń Przewalskiego nigdy nie został udomowiony i do dziś pozostaje prawdziwie dzikim zwierzęciem.
Koń Przewalskiego jest jednym z trzech znanych podgatunków Equus ferus, pozostałe to koń domowy, Equus ferus caballus i wymarły tarpan, Equus ferus ferus. Koń Przewalskiego jest jedynym prawdziwie dzikim "koniem" na świecie. Istnieje jeszcze wiele innych dzikich zwierząt koniowatych, w tym trzy gatunki zebry i różne podgatunki dzikiego osła afrykańskiego, onager (w tym dziki osioł mongolski) i kiang.
Stosunek do konia domowego
Chociaż koń Przewalskiego może hybrydyzować z końmi domowymi, dając płodne potomstwo, posiada dodatkową parę chromosomów.
"Badania mitochondrialnego DNA wykazały, że koń Przewalskiego nie jest przodkiem współczesnych koni domowych. Istnieje] szereg stałych różnic w ich wyglądzie. Konie Przewalskiego, w przeciwieństwie do koni domowych, zrzucają włosy z ogona i grzywy raz do roku. Jest więc jasne, że konie Przewalskiego i konie domowe są bardzo blisko spokrewnione i w przeszłości krzyżowały się ze sobą, ale stała różnica w liczbie chromosomów między nimi wskazuje, że są to odrębne populacje".