W fazie pucharowej, drużyny grają ze sobą w dwóch etapach na zasadzie dom-wyjazd, z wyjątkiem jednomeczowego finału. Mechanizm losowania dla każdej rundy jest następujący:
- W losowaniu rundy 16 ośmiu zwycięzców grup jest rozstawionych, a ośmiu wicemistrzów grup nie jest rozstawionych. Drużyny rozstawione są losowane przeciwko drużynom nierozstawionym, przy czym drużyny rozstawione są gospodarzami drugiego etapu. Drużyny z tej samej grupy lub tego samego stowarzyszenia nie mogą być losowane przeciwko sobie.
- W losowaniu ćwierćfinałów i następnych nie ma podziału na grupy, a drużyny z tej samej grupy lub tego samego związku mogą być wylosowane przeciwko sobie.
Runda 16
Losowanie rundy 16 odbędzie się 17 grudnia 2018 roku. Pierwsze etapy rozgrywek zostaną rozegrane 12, 13, 19 i 20 lutego, a drugie etapy 5, 6, 12 i 13 marca 2019 roku.
Ćwierćfinały
Losowanie ćwierćfinałów odbędzie się 15 marca 2019 roku. Pierwsze etapy rozgrywek odbędą się 9 i 10 kwietnia, a drugie etapy 16 i 17 kwietnia 2019 r.
Półfinały
Losowanie półfinałów odbędzie się 19 kwietnia 2019 roku. Pierwsze etapy zostaną rozegrane 30 kwietnia i 1 maja, a drugie etapy 7 i 8 maja 2019 r.
Finał
Finał zostanie rozegrany 1 czerwca 2019 r. na stadionie Wanda Metropolitano w Madrycie. Drużyna "domowa" (dla celów administracyjnych) zostanie wyłoniona w dodatkowym losowaniu, które odbędzie się po losowaniu półfinałów.